PDB-7byk: Crystal structure of the Legionella pneumophila LegK7 effector kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7byk

タイトル

Crystal structure of the Legionella pneumophila LegK7 effector kinase

要素

LegK7

キーワード

TRANSFERASE / Protein kinase / Legionella pneumophila

機能・相同性

Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / Uncharacterized protein / Protein kinase domain containing protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Park, S.C. / Kim, T.H. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Activation of the Legionella pneumophila LegK7 Effector Kinase by the Host MOB1 Protein.
著者: Park, S.C. / Cho, S.Y. / Kim, T.H. / Ko, K.Y. / Song, W.S. / Kang, S.G. / Lee, G.S. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2020年4月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7byk.cif.gz	433.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7byk.ent.gz	297.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7byk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7byk_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7byk_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	7byk_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	7byk_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/7byk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/7byk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3q10-2 6ih7-d 1b73-1 3k31-d 1qat-2 3qc0-1 4bmr-d 1qat-1 4tlg-2 6ih1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LegK7

B: LegK7

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LegK7

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LegK7

登録者が定義した集合体
55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.996, 74.198, 201.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 0 through 10 or (resid 11...	A	A	0 - 93	6 - 99
1	2	GLU	GLU	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 0 through 10 or (resid 11...	A	A	103 - 178	109 - 184
1	3	ASN	ASN	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 0 through 10 or (resid 11...	A	A	192 - 469	198 - 475
2	4	PRO	PRO	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 0 through 90 or (resid 91...	B	B	0 - 93	6 - 99
2	5	GLU	GLU	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 0 through 90 or (resid 91...	B	B	103 - 178	109 - 184
2	6	ASN	ASN	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 0 through 90 or (resid 91...	B	B	192 - 469	198 - 475

#1: タンパク質	LegK7 分子量: 55399.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: DI026_09185 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A4T1L9X4, UniProt: Q5ZU83*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 600, imidazole, calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→30 Å / Num. obs: 30648 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 54.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1478 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.65→29.22 Å / SU ML: 0.3729 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.9822

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2526	1442	4.82 %
R_work	0.2047	-	-
obs	0.2071	29917	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7064	0	0	20	7084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0043	7234
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6797	9838
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0448	1105
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	1284
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0253	4360

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.74	0.3118	158	0.2726	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.74-2.85	0.3112	143	0.2616	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.85-2.98	0.3404	130	0.2619	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.98-3.14	0.3297	128	0.2589	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.14-3.34	0.3366	151	0.2465	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.34-3.6	0.2855	127	0.2248	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.6-3.96	0.264	163	0.2002	2843	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.96-4.53	0.1989	150	0.1633	2863	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.53-5.7	0.2165	148	0.1725	2892	X-RAY DIFFRACTION	99.84
5.7-29.22	0.213	144	0.1894	3022	X-RAY DIFFRACTION	99.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.23269584792	1.32103420439	0.609714761512	2.47472540417	-0.0148440494064	1.62260243118	0.102079346861	0.0207112399063	-0.154686100075	-0.143587265681	-0.0713229475345	0.157115707918	0.148326493231	-0.0560858660136	-0.0441158604076	0.384125120536	-0.0484521333734	0.0261377724925	0.437327467834	-0.036908852076	0.347060710449	-38.2374826907	-2.10740383325	-14.5548243273
2	4.02404295534	-1.58109763071	-2.16698091834	1.4723107366	2.05303478403	2.02359637001	-0.0224002999588	0.205554622321	0.312519939979	-0.174814672201	0.0824593507442	-0.0606629389978	-0.0536420808108	0.171681279621	-0.0757260688769	0.436840180153	-0.113072013324	-0.0237359177989	0.453049777498	0.0793924767726	0.40401075512	-20.1085646458	8.20367746318	-20.6994342268
3	1.55145910337	-0.282200377401	-0.105789066329	1.66972577511	-0.838699929969	2.17727969358	-0.0519060127978	0.472615383679	-0.172002525793	-0.256475148416	-0.0920258580839	-0.0330953477767	0.282249888059	-0.0675214726654	0.138783306914	0.522775389259	-0.03667623108	0.0396522408037	0.736152152254	-0.145532296183	0.451882422786	-7.9859893231	-1.29941507068	-39.8069042487
4	3.73463603604	0.406929837953	0.270291331626	3.97061335056	-0.125236046974	2.25301210004	0.00150194632964	-0.302190755885	0.377051654895	-0.0137800729078	-0.0345420400717	-0.416105536859	-0.179053123612	0.324574472837	0.0410125232934	0.451538772166	-0.10694480676	-0.0432405698935	0.46866446695	0.0286182589077	0.447369004357	3.6986083913	-32.3373082444	-12.2871314
5	3.26809953711	-2.53067500992	1.71330839271	4.33228190983	-0.68898814066	1.03509865997	-0.0147949764866	-0.55661873309	-0.447235905901	-0.340105614055	0.0847216030926	0.188127061779	0.0855878294385	0.007600758886	-0.0407793688206	0.469205583835	-0.0678473289615	-0.029677575426	0.476447053218	0.00113180732628	0.573113976748	-11.4500704775	-50.6266513401	-16.2964123975
6	3.54244268061	-0.798028427798	1.29075372766	2.37994319105	-1.82702864478	1.67328559306	-0.097113053235	0.17772470735	0.0909718707779	0.0581727150626	0.0697183680205	0.133870850689	-0.0885179321182	-0.137678205744	0.00982389783835	0.415714726951	-0.0435874171665	0.0253994124034	0.384406221441	-0.00724792084977	0.331342638535	-19.1168037729	-36.3840560407	-24.3393674938
7	2.47799281985	0.154456709543	-0.0793716827031	2.29208393793	-0.252924202408	1.6223485703	-0.193507092342	1.19674957205	0.0681929614596	-0.568253080406	0.255209243565	0.0122826896171	0.165014883781	-0.100125464494	0.0235637969022	0.53654352581	-0.0377967061927	0.0118994922145	0.827720277755	0.041824618607	0.402881274624	-18.0715740003	-41.4382338372	-43.5545074765
8	1.2093867666	-0.33496483586	0.598048644555	2.04775670597	-0.688141367679	3.2438337656	0.0424269897286	1.40587099372	0.737872093793	-0.376371018812	0.35782336926	0.560782827706	-0.302005188641	-0.640498209023	-0.302535844825	0.575011070043	0.139324628074	-0.0493805725294	0.95765559602	0.401701664049	0.844103040655	-33.3669459956	-26.248026083	-39.8867133324

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 174 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 175 through 276 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 277 through 469 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 168 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 169 through 216 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 217 through 322 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 323 through 383 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 384 through 469 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)