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- PDB-7byd: Crystal structure of SN45 TCR in complex with lipopeptide-bound M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7byd
タイトルCrystal structure of SN45 TCR in complex with lipopeptide-bound Mamu-B*05104
要素
  • (SN45 T cell receptor ...) x 2
  • B protein
  • Beta-2-microglobulin
  • GLY-GLY-ALA-ILE
キーワードIMMUNE SYSTEM / Major histocompatibility complex class 1 / T cell receptor / lipopeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / structural molecule activity / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / MYRISTIC ACID / B protein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.80003270022 Å
データ登録者Morita, D. / Sugita, M. / Iwashita, C.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H05791 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K19563 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02852 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04805 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K07172 日本
引用ジャーナル: Int.Immunol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the ternary complex of TCR, MHC class I and lipopeptides.
著者: Morita, D. / Iwashita, C. / Mizutani, T. / Mori, N. / Mikami, B. / Sugita, M.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B protein
B: Beta-2-microglobulin
C: GLY-GLY-ALA-ILE
D: SN45 T cell receptor alpha chain
E: SN45 T cell receptor beta chain
F: B protein
G: Beta-2-microglobulin
H: GLY-GLY-ALA-ILE
I: SN45 T cell receptor alpha chain
J: SN45 T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,02738
ポリマ－187,72510
非ポリマー3,30128
水90150
1
A: B protein
B: Beta-2-microglobulin
C: GLY-GLY-ALA-ILE
D: SN45 T cell receptor alpha chain
E: SN45 T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,45718
ポリマ－93,8635
非ポリマー1,59513
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: B protein
G: Beta-2-microglobulin
H: GLY-GLY-ALA-ILE
I: SN45 T cell receptor alpha chain
J: SN45 T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,56920
ポリマ－93,8635
非ポリマー1,70715
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.937, 95.071, 123.352
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.894, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYPROPROchain 'A'AA1 - 2761 - 276
221GLYGLYPROPROchain 'F'FF1 - 2761 - 276
132ALAALAMETMETchain 'B'BB0 - 991 - 100
242ALAALAMETMETchain 'G'GG0 - 991 - 100
153GLYGLYILEILEchain 'C'CC2 - 51 - 4
263GLYGLYILEILEchain 'H'HH2 - 51 - 4
174ALAALAASPASPchain 'D'DD1 - 1371 - 137
184VALVALPROPROchain 'D'DD142 - 197142 - 197
294ALAALAASPASPchain 'I'II1 - 1371 - 137
2104VALVALPROPROchain 'I'II142 - 197142 - 197
1115ASPASPASNASNchain 'E'EE1 - 571 - 57
1125PROPROSERSERchain 'E'EE61 - 22061 - 220
1135TRPTRPALAALAchain 'E'EE225 - 245225 - 245
2145ASPASPASNASNchain 'J'JJ1 - 571 - 57
2155PROPROSERSERchain 'J'JJ61 - 22061 - 220
2165TRPTRPALAALAchain 'J'JJ225 - 245225 - 245

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AFBG

#1: タンパク質 B protein / MHC class I antigen / MHC-class I protein


分子量: 31919.164 Da / 分子数: 2 / 変異: R149E,K198E,D244E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: Mamu-B, B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2ZHY7
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11731.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6V7J5

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド GLY-GLY-ALA-ILE


分子量: 316.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)

-
SN45 T cell receptor ... , 2種, 4分子 DIEJ

#4: タンパク質 SN45 T cell receptor alpha chain


分子量: 21809.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 SN45 T cell receptor beta chain


分子量: 28086.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 78分子

#6: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium iodide, 0.1 M Bis-Tris-propane pH 6.5 and 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 48069 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 51.1104457323 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 12.02
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.492 / Num. unique obs: 7672

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IWG, 2NW2

6iwg

2nw2


解像度: 2.80003270022→41.9633912528 Å / SU ML: 0.417444186972 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36364223881 / 位相誤差: 26.0969432362
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249628129727 2393 5.00229942723 %
Rwork0.185170315463 45445 -
obs0.188415640165 47838 99.7643427666 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.6531146715 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.80003270022→41.9633912528 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13174 0 45 50 13269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012150577354213616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4594377007218454
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07387020164941908
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007748876253822423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.53498465535010
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.85720.3814136822161370.3057001285242598X-RAY DIFFRACTION99.9634502924
2.8572-2.91930.3520124906681420.2851369073472704X-RAY DIFFRACTION99.9648753073
2.9193-2.98720.3255618526811400.2428543999742658X-RAY DIFFRACTION99.9642729546
2.9872-3.06190.3438181094621410.22984830622675X-RAY DIFFRACTION99.9290276792
3.0619-3.14460.2914579325791400.227105078492653X-RAY DIFFRACTION99.9642090193
3.1446-3.23710.3147662711410.2141083066392694X-RAY DIFFRACTION99.9647390691
3.2371-3.34160.2834250821611400.2085271150392658X-RAY DIFFRACTION99.9285714286
3.3416-3.46090.2692237570111400.1997742122862645X-RAY DIFFRACTION99.8565794191
3.4609-3.59940.2358141000341400.1836108388712661X-RAY DIFFRACTION99.8930099857
3.5994-3.76320.24891370291400.17576828842671X-RAY DIFFRACTION99.8579040853
3.7632-3.96140.2276524211141420.1717771229372703X-RAY DIFFRACTION99.8245614035
3.9614-4.20940.2410810516461410.168791352012663X-RAY DIFFRACTION99.7155049787
4.2094-4.5340.2266983467971400.1509573984612666X-RAY DIFFRACTION99.3978037549
4.534-4.98970.1640481080021400.1408788266992669X-RAY DIFFRACTION99.6806245564
4.9897-5.71010.2148042669551420.1608609393322686X-RAY DIFFRACTION99.8587570621
5.7101-7.18830.2788020938691420.191476862702X-RAY DIFFRACTION99.6845425868
7.1883-41.96310.2288019981491450.1764415930832739X-RAY DIFFRACTION98.5982905983

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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