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- PDB-7by4: Tetanus neurotoxin receptor binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7by4
タイトルTetanus neurotoxin receptor binding domain
要素Tetanus toxin
キーワードTOXIN / Tetanus neurotoxin receptor binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / symbiont-mediated suppression of host exocytosis / transmembrane protein transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis ...tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / symbiont-mediated suppression of host exocytosis / transmembrane protein transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium tetani (破傷風菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zhang, C.M. / Imoto, Y. / Inoue, T.
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2021
タイトル: Structural flexibility of the tetanus neurotoxin revealed by crystallographic and solution scattering analyses.
著者: Zhang, C.M. / Imoto, Y. / Hikima, T. / Inoue, T.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetanus toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0364
ポリマ－51,7111
非ポリマー3243
水9,404522
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.705, 79.387, 89.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tetanus toxin / Tentoxylysin


分子量: 51711.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium tetani (strain Massachusetts / E88) (破傷風菌)
株: Massachusetts / E88 / 遺伝子: tetX, CTC_p60 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04958, tentoxilysin
#2: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.1 M Pottasium chloride 22.5% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 75134 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique obs: 3415 / CC1/2: 0.795 / CC star: 0.941 / Rpim(I) all: 0.255 / Rrim(I) all: 0.562 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
pointlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AF9

1af9


解像度: 1.5→44.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.062
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.163 3750 5 %Random
Rwork0.122 ---
all0.122 ---
obs0.122 71315 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3565 0 21 522 4108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0123995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.6295470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.975512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95823.524210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.52815700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3211519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023147
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.22687
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2920.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2680.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2320.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.651.9531946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2662.9312492
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7092.3582049
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7053.3912978
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.04529.3336331
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.46333995
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5390.1922590.1524850X-RAY DIFFRACTION90.956
1.539-1.5810.1912840.1315072X-RAY DIFFRACTION97.6659
1.581-1.6270.1862710.1145076X-RAY DIFFRACTION100
1.627-1.6770.1622680.0984899X-RAY DIFFRACTION100
1.677-1.7320.162490.0894763X-RAY DIFFRACTION100
1.732-1.7920.1532470.0914643X-RAY DIFFRACTION100
1.792-1.860.1462110.0844477X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.9360.1762160.1054178X-RAY DIFFRACTION96.4866
1.936-2.0220.1572040.0994127X-RAY DIFFRACTION100
2.022-2.120.1461960.0973967X-RAY DIFFRACTION99.976
2.12-2.2350.1481950.1083475X-RAY DIFFRACTION92.3038
2.235-2.370.1641640.1153232X-RAY DIFFRACTION90.2471
2.37-2.5340.1631830.1223366X-RAY DIFFRACTION100
2.534-2.7360.1761730.133149X-RAY DIFFRACTION100
2.736-2.9970.1491480.1342900X-RAY DIFFRACTION100
2.997-3.350.1511410.1322644X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.8660.167970.1322004X-RAY DIFFRACTION85.0607
3.866-4.7290.1671220.1211978X-RAY DIFFRACTION99.0566
4.729-6.6670.153790.1481590X-RAY DIFFRACTION99.9401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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