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万見
- PDB-7bxy: mRNA interferase from Bacillus cereus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bxy
タイトルmRNA interferase from Bacillus cereus
要素mRNA interferase
キーワードHYDROLASE / mRNA interferase
機能・相同性mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / mRNA interferase
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Kang, S.M.
資金援助1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: mRNA interferase from Bacillus cereus
著者: Kang, S.M.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA interferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9901
ポリマ－12,9901
非ポリマー00
水1,54986
1
A: mRNA interferase

A: mRNA interferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9802
ポリマ－25,9802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_767-x+2,-x+y+1,-z+7/31
Buried area2890 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.648, 60.648, 76.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 mRNA interferase


分子量: 12990.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア)
遺伝子: ndoA, A6E21_26500, A9485_14350, ACS95_12765, AT267_05875, AT272_01830, AT274_27885, AWW71_24810, B1995_17895, B2J90_01430, B4077_0233, B4079_4082, B4082_4620, B4088_0025, BACERE00183_ ...遺伝子: ndoA, A6E21_26500, A9485_14350, ACS95_12765, AT267_05875, AT272_01830, AT274_27885, AWW71_24810, B1995_17895, B2J90_01430, B4077_0233, B4079_4082, B4082_4620, B4088_0025, BACERE00183_00384, BACERE00184_01021, BACERE00185_00762, BACERE00191_00063, BC05F1_00266, BC067498_00234, BC141101_05148, BC2903_38150, BcrFT9_00246, BCRIVMBC845_00478, BG03_4879, BHL25_17845, BHL27_05940, BHL35_14900, BJR07_22055, BKK44_23145, BLX06_29915, C6Y54_07400, CEW46_16915, CJ306_01400, CN284_23940, CN290_26025, CN307_30430, CN415_21275, CN431_00035, CN490_24970, CN909_30810, CN950_27630, CN980_28290, CNQ78_21155, COC58_26245, COD14_00505, COD18_21020, COD86_27525, COD94_16985, COE18_25465, COI98_15170, COJ27_20485, COJ45_22815, CON05_27270, CON22_19380, CQZ91_26535, CV717_25730, CW365_02650, DR116_0030920, E0M29_20970, EDC93_113101, F2Y18_23305, FC691_26725, FC692_09555, FC695_10780, FHG65_28905, SAMN04487767_13815, SAMN05878494_5153, TU62_23120, TU68_19155, WR52_01230
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A063CKW3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.899995 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.899995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 12876 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.57 % / Biso Wilson estimate: 37.95 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.74
反射 シェル解像度: 1.98→2.1 Å / Num. unique obs: 3402 / CC1/2: 0.918

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→43.25 Å / SU ML: 0.1906 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.4902
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 1165 9.95 %
Rwork0.1894 --
obs0.1931 11713 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→43.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数911 0 0 86 997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10771246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0676152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6661570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.070.25311370.2071220X-RAY DIFFRACTION94.24
2.07-2.170.21841440.20591303X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.310.22461430.19981318X-RAY DIFFRACTION99.93
2.31-2.490.24021440.20671302X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.740.24841440.21061315X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.140.25721490.22391331X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.950.25211470.18721340X-RAY DIFFRACTION100
3.95-43.250.18681570.16491419X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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