PDB-7bxw: Crystal structure ofF RTT109 FROM Candida albicans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bxw

タイトル

Crystal structure ofF RTT109 FROM Candida albicans

要素

Histone acetyltransferase RTT109

キーワード

TRANSFERASE / HISTONE / ACETYLATION / DNA REPLICATION / NUCLEOSOME ASSEMBLY / DNA DAMAGE

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of phenotypic switching / negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / histone H3K56 acetyltransferase activity / phenotypic switching / filamentous growth / histone H3 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77629297561 Å

データ登録者

Lei, J.H. / Chen, Y.P. / Lu, D.R. / Su, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure ofF RTT109 FROM Candida albicans
著者: Su, D. / Hu, Q.

履歴

登録	2020年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bxw.cif.gz	177.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bxw.ent.gz	114.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bxw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bxw_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bxw_full_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示
XML形式データ	7bxw_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	7bxw_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bxw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7bx0-d 4fhe-d 2vus-4 1xgd-d 6joj-d 2vut-2 4bg4-2 5jt8-1 4hsb-d 6exf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone acetyltransferase RTT109

ヘテロ分子

42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.479, 69.564, 54.59
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 114.705, 90.0
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Histone acetyltransferase RTT109 分子量: 42028.785 Da / 分子数: 1 / 変異: S321L,S336L,S339L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: RTT109, CAALFM_CR00410WA, CaO19.7491 / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5AAJ8, histone acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド分子量: 59.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 15-20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: 77 / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.975 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.975 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 33152 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.0078106624 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.802 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 252953

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.77-1.8	7.1	0.298	1599	0.959	0.117	0.321	0.494	96.1
1.8-1.83	7.6	0.259	1648	0.969	0.099	0.277	0.507	97.3
1.83-1.87	7.7	0.224	1627	0.977	0.085	0.24	0.555	97.3
1.87-1.91	7.6	0.204	1618	0.981	0.078	0.219	0.575	97.9
1.91-1.95	7.7	0.185	1649	0.981	0.071	0.198	0.629	97.9
1.95-1.99	7.6	0.17	1628	0.986	0.065	0.182	0.634	97.9
1.99-2.04	7.2	0.151	1657	0.987	0.059	0.163	0.694	97.6
2.04-2.1	7.5	0.146	1637	0.989	0.056	0.156	0.71	98
2.1-2.16	8	0.136	1649	0.99	0.051	0.145	0.803	98.2
2.16-2.23	7.9	0.121	1643	0.991	0.045	0.13	0.82	98.3
2.23-2.31	7.8	0.117	1646	0.991	0.044	0.125	0.833	98.4
2.31-2.4	7.6	0.107	1663	0.992	0.041	0.115	0.844	98.8
2.4-2.51	7.2	0.097	1662	0.994	0.038	0.105	0.866	98.9
2.51-2.64	7.9	0.095	1664	0.993	0.036	0.101	0.887	99.2
2.64-2.81	8	0.087	1681	0.996	0.032	0.093	0.896	98.8
2.81-3.03	7.9	0.077	1678	0.996	0.029	0.082	0.979	99.1
3.03-3.33	7.3	0.071	1681	0.995	0.028	0.077	1.113	99.4
3.33-3.81	8.1	0.066	1685	0.997	0.024	0.07	1.087	99.6
3.81-4.8	7.5	0.062	1697	0.997	0.023	0.066	0.996	99.7
4.8-50	7.6	0.059	1740	0.996	0.022	0.063	1.027	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692+SVN	精密化
HKL-2000	V1.0	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77629297561→49.5934705553 Å / SU ML: 0.150737498595 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38249054184 / 位相誤差: 20.9278720425

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201180048755	1684	5.08009291381 %
R_work	0.162715104119	31465	-
obs	0.164712564487	33149	98.0536575265 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.5105658116 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77629297561→49.5934705553 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2556	0	8	282	2846

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0134773642446	2707
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.39257329281	3673
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0579216328439	404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00724300433389	466
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2935638653	1019

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7763-1.8286	0.245948217218	128	0.19459542967	2435	X-RAY DIFFRACTION	91.7651271035
1.8286-1.8876	0.229416352169	135	0.18228578825	2592	X-RAY DIFFRACTION	97.6369495166
1.8876-1.9551	0.222831288825	139	0.179576072158	2606	X-RAY DIFFRACTION	97.8609625668
1.9551-2.0333	0.247645429424	127	0.180636564906	2611	X-RAY DIFFRACTION	97.6810560114
2.0333-2.1259	0.227803291657	138	0.179622888903	2626	X-RAY DIFFRACTION	98.327997154
2.1259-2.238	0.22197671793	127	0.162288094303	2626	X-RAY DIFFRACTION	98.0064079744
2.238-2.3782	0.176654074545	146	0.165425035405	2635	X-RAY DIFFRACTION	98.8272921109
2.3782-2.5618	0.198181335203	147	0.161952845289	2608	X-RAY DIFFRACTION	98.7809250627
2.5618-2.8196	0.19521354665	125	0.171871885838	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.0126939351
2.8196-3.2275	0.216911321233	157	0.169413780297	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.3307502642
3.2275-4.066	0.203240729671	149	0.152179837518	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.5758218452
4.066-49.59	0.172484689734	166	0.147733438411	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.7573656846

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関連情報:EMDBヘッダ

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