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万見
- PDB-7bx2: The solution NMR structure of VV14 peptide in the presence of Deu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bx2
タイトルThe solution NMR structure of VV14 peptide in the presence of Deuterated SDS micelle.
要素VAL-LYS-TRP-VAL-LYS-LYS-VAL-VAL-LYS-TRP-VAL-LYS-LYS-VAL
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / STRUCTURE FROM CYANA 2.1 / Antimicrobial peptide / SDS micelle / alpha helix.
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Bhunia, A. / Mohid, S.A. / Chowdhury, N.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)EMR/2017/003457 インド
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2021
タイトル: Effect of Secondary Structure and Side Chain Length of Hydrophobic Amino Acid Residues on the Antimicrobial Activity and Toxicity of 14-Residue-Long de novo AMPs.
著者: Pandit, G. / Chowdhury, N. / Abdul Mohid, S. / Bidkar, A.P. / Bhunia, A. / Chatterjee, S.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VAL-LYS-TRP-VAL-LYS-LYS-VAL-VAL-LYS-TRP-VAL-LYS-LYS-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7601
ポリマ－1,7601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1820 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VAL-LYS-TRP-VAL-LYS-LYS-VAL-VAL-LYS-TRP-VAL-LYS-LYS-VAL


分子量: 1760.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM 1H VAL-LYS-TRP-VAL-LYS-LYS-VAL-VAL-LYS-TRP-VAL-LYS-LYS-VAL, 90% H2O/10% D2O
Label: 1mM_VV14_peptide / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM
構成要素: VAL-LYS-TRP-VAL-LYS-LYS-VAL-VAL-LYS-TRP-VAL-LYS-LYS-VAL
Isotopic labeling: 1H
試料状態詳細: 1mM VV14 peptide in 10mM Sodium phosphate buffer. / イオン強度: 0 Not defined / Ionic strength err: 0 / Label: Conditions_1 / pH: 4.5 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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