PDB-6hne: Peptide-membrane interaction between targeting and lysis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hne

タイトル

Peptide-membrane interaction between targeting and lysis

要素

GLY-LEU-PHE-ASP-ILE-VAL-LYS-LYS-VAL-LEU-LYS-LEU-LEU-LYS-NHE

キーワード

CELL CYCLE / PROTEIN

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Schneider, G. / Blatter, M. / Mueller, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Peptide-membrane interaction between targeting and lysis
著者: Blatter, M. / Schneider, G.

履歴

登録	2018年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hne.cif.gz	92 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hne.ent.gz	63 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hne.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hne_validation.pdf.gz	405.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hne_full_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示
XML形式データ	6hne_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	6hne_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/6hne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/6hne	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hngC 6hnhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dza-d 6gik-d 1t52-d 6otb-d 1t55-d 2n6i-d 5z5w-d 7bx2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 34314Peptide-membrane interaction between targeting and lysis

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GLY-LEU-PHE-ASP-ILE-VAL-LYS-LYS-VAL-LEU-LYS-LEU-LEU-LYS-NHE

1.62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 30	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	GLY-LEU-PHE-ASP-ILE-VAL-LYS-LYS-VAL-LEU-LYS-LEU-LEU-LYS-NHE 分子量: 1616.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 10 mM peptide, trifluoroethanol/water / Label: nat.abundance / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料	濃度: 10 mM / 構成要素: peptide / Isotopic labeling: none
試料状態	イオン強度: 0 mM / Label: 1 / pH: 5 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 291 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3.97	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
Sparky		Goddard	chemical shift assignment
Amber		Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 6

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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