PDB-7bwx: Crystal structure of ice-binding protein from an Antarctic ascomy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bwx

タイトル

Crystal structure of ice-binding protein from an Antarctic ascomycete, Antarctomyces psychrotrophicus.

要素

Ice-binding protein isoform1a

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN / BETA-SOLENOID / RIGHT-HANDED BETA-HELIX

機能・相同性

Ice-binding protein / Ice-binding-like / Ice-binding protein isoform1a

機能・相同性情報

生物種

Antarctomyces psychrotrophicus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.904 Å

データ登録者

Yamauchi, A. / Arai, T. / Kondo, H. / Tsuda, S.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: An Ice-Binding Protein from an Antarctic Ascomycete Is Fine-Tuned to Bind to Specific Water Molecules Located in the Ice Prism Planes.
著者: Yamauchi, A. / Arai, T. / Kondo, H. / Sasaki, Y.C. / Tsuda, S.

履歴

登録	2020年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bwx.cif.gz	266.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bwx.ent.gz	204.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bwx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bwx_validation.pdf.gz	489.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bwx_full_validation.pdf.gz	494.2 KB	表示
XML形式データ	7bwx_validation.xml.gz	59 KB	表示
CIF形式データ	7bwx_validation.cif.gz	90.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bwx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bwyC 3wp9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bwy-1 5j7j-d 2w4d-3 3ro1-d 2w4d-2 2xqq-1 7bwy-3 5xu5-1 6dad-2 2y8u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ice-binding protein isoform1a

B: Ice-binding protein isoform1a

C: Ice-binding protein isoform1a

D: Ice-binding protein isoform1a

E: Ice-binding protein isoform1a

F: Ice-binding protein isoform1a

ヘテロ分子

135 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Ice-binding protein isoform1a

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ice-binding protein isoform1a

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ice-binding protein isoform1a

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ice-binding protein isoform1a

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Ice-binding protein isoform1a

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Ice-binding protein isoform1a

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.427, 207.281, 100.784
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ice-binding protein isoform1a 分子量: 22276.666 Da / 分子数: 6 / 変異: N55D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Antarctomyces psychrotrophicus (菌類) 遺伝子: ibp / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A2Z6DSM4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 0.1 M HEPES-NaOH pH 8.6, 0.95 M ammonium sulfate and 0.1 M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.62 Å / Num. obs: 141990 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.45 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 20446 / CC_1/2: 0.888 / R_pim(I) all: 0.197 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WP9

3wp9

解像度: 1.904→47.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.002 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1641	7119	5.016 %	Random selection
R_work	0.1351	-	-	-
all	0.137	-	-	-
obs	0.1366	141916	99.889 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.482 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.481 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.916 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.435 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.904→47.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8442	0	72	1534	10048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	8614
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.695	1.617	11812
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.538	1.562	17926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.204	5	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.994	26.122	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.629	15	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	3.676	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	7418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	4353
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.14	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.099	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.951	1.846	4866
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.947	1.846	4865
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.959	2.75	6072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.959	2.751	6073
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.075	2.153	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.074	2.154	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.535	3.118	5740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.534	3.119	5741
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.661	25.227	9592
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.147	23.678	9026

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.904-1.953	0.216	534	0.194	9787	X-RAY DIFFRACTION	99.1927
1.953-2.007	0.195	526	0.174	9584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.007-2.065	0.202	493	0.16	9396	X-RAY DIFFRACTION	99.9899
2.065-2.129	0.177	475	0.151	9078	X-RAY DIFFRACTION	99.9895
2.129-2.198	0.17	461	0.141	8855	X-RAY DIFFRACTION	99.9785
2.198-2.276	0.173	460	0.134	8525	X-RAY DIFFRACTION	99.9889
2.276-2.361	0.169	421	0.126	8250	X-RAY DIFFRACTION	99.9885
2.361-2.458	0.162	446	0.126	7979	X-RAY DIFFRACTION	99.9881
2.458-2.567	0.16	396	0.124	7602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.567-2.692	0.169	385	0.124	7323	X-RAY DIFFRACTION	99.9741
2.692-2.838	0.171	369	0.126	6961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.838-3.01	0.151	318	0.125	6631	X-RAY DIFFRACTION	99.9856
3.01-3.217	0.164	343	0.136	6201	X-RAY DIFFRACTION	99.9694
3.217-3.475	0.154	293	0.136	5839	X-RAY DIFFRACTION	99.9674
3.475-3.806	0.146	264	0.126	5356	X-RAY DIFFRACTION	99.9289
3.806-4.255	0.136	265	0.117	4853	X-RAY DIFFRACTION	99.9219
4.255-4.911	0.127	219	0.108	4317	X-RAY DIFFRACTION	99.6923
4.911-6.012	0.15	195	0.133	3687	X-RAY DIFFRACTION	99.7687
6.012-8.488	0.186	163	0.155	2895	X-RAY DIFFRACTION	99.8368
8.488-47.62	0.196	93	0.184	1678	X-RAY DIFFRACTION	98.663

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