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- PDB-7bwv: Crystal structure of S. thermophilus NFeoB E67A bound to GDP.AlF4- -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bwv
タイトルCrystal structure of S. thermophilus NFeoB E67A bound to GDP.AlF4-
要素Ferrous iron transport protein B
キーワードHYDROLASE / HAS-GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrous iron transmembrane transporter activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain ...: / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / GTP binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ferrous iron transport protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Batra, S. / Prakash, B.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of S. thermophilus NFeoB E67A bound to GDP.AlF4-
著者: Batra, S. / Prakash, B.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron transport protein B
B: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,67815
ポリマ－61,1132
非ポリマー1,56413
水3,063170
1
A: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4148
ポリマ－30,5571
非ポリマー8577
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11750 Å2
手法PISA
2
B: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2647
ポリマ－30,5571
非ポリマー7076
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.699, 73.614, 156.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 76 or (resid 77...
21(chain B and (resid 1 through 44 or (resid 45...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETSERSER(chain A and (resid 1 through 76 or (resid 77...AA1 - 767 - 82
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 1 through 76 or (resid 77...AA7783
13METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 76 or (resid 77...AA1 - 2567 - 262
14METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 76 or (resid 77...AA1 - 2567 - 262
15METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 76 or (resid 77...AA1 - 2567 - 262
21METMETLYSLYS(chain B and (resid 1 through 44 or (resid 45...BB1 - 447 - 50
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 1 through 44 or (resid 45...BB4551
23METMETCYSCYS(chain B and (resid 1 through 44 or (resid 45...BB1 - 2557 - 261
24METMETCYSCYS(chain B and (resid 1 through 44 or (resid 45...BB1 - 2557 - 261
25METMETCYSCYS(chain B and (resid 1 through 44 or (resid 45...BB1 - 2557 - 261
26METMETCYSCYS(chain B and (resid 1 through 44 or (resid 45...BB1 - 2557 - 261
27METMETCYSCYS(chain B and (resid 1 through 44 or (resid 45...BB1 - 2557 - 261

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ferrous iron transport protein B


分子量: 30556.613 Da / 分子数: 2 / 断片: GTP binding domain / 変異: E67A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: feoB, stu0608 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli DH5alpha (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5M586

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非ポリマー , 8種, 183分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 7mg/ml protein with equal volume of 100mM Tris-8.0, 50mM Ammonium chloride, 30% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→48.7 Å / Num. obs: 24365 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 20.2 / Num. measured all: 328219 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.35-2.4112.70.842204517310.850.2420.8763.498.4
10.5-48.79.40.02731363330.9990.0090.02857.398.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.61 Å46.51 Å
Translation4.61 Å46.51 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SS8

3ss8


解像度: 2.35→35.63 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 1214 5 %
Rwork0.1932 23072 -
obs0.1951 24286 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.63 Å2 / Biso mean: 40.8489 Å2 / Biso min: 16.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→35.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3820 0 90 170 4080
Biso mean--40.26 38.12 -
残基数----498
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1480X-RAY DIFFRACTION4.571TORSIONAL
12B1480X-RAY DIFFRACTION4.571TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.440.32171330.23742521265499
2.44-2.550.31851310.220724932624100
2.55-2.690.29841330.234525302663100
2.69-2.860.2891340.22225342668100
2.86-3.080.28811330.229425322665100
3.08-3.380.26941340.21425562690100
3.38-3.870.20731350.181825712706100
3.87-4.880.19091380.152826162754100
4.88-35.630.17491430.177927192862100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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