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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bwt | ||||||
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タイトル | SopD-Rab8 complex structure | ||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / vesicle-mediated transport in synapse / regulation of protein transport / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / protein secretion by the type III secretion system / trans-Golgi network transport vesicle ...neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / vesicle-mediated transport in synapse / regulation of protein transport / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / protein secretion by the type III secretion system / trans-Golgi network transport vesicle / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / protein localization to cilium / non-motile cilium / vesicle docking involved in exocytosis / TBC/RABGAPs / ciliary membrane / host cell cytosol / ciliary base / Golgi organization / exocytosis / host cell membrane / : / protein secretion / cilium assembly / phagocytic vesicle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / protein tyrosine kinase binding / axonogenesis / small monomeric GTPase / ciliary basal body / trans-Golgi network membrane / regulation of autophagy / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / cilium / small GTPase binding / autophagy / cellular response to insulin stimulus / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / synaptic vesicle / midbody / dendritic spine / postsynaptic density / endosome membrane / endosome / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / neuronal cell body / glutamatergic synapse / GTP binding / host cell plasma membrane / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jiang, K. / Tong, M. / Chen, Z. / Gao, X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Salmonella effector protein SopD targets Rab8 to positively and negatively modulate the inflammatory response. 著者: Lian, H. / Jiang, K. / Tong, M. / Chen, Z. / Liu, X. / Galan, J.E. / Gao, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38228.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: sopD, SBOV29801, AAK29_13240, AAP89_06495, ABO94_24435, AF480_02445, AF488_02240, AF489_05350, AIC76_09490, AU613_09175, AXR84_08085, AXU58_01945, C2253_22770, CD48_09420, CE87_05150, ...遺伝子: sopD, SBOV29801, AAK29_13240, AAP89_06495, ABO94_24435, AF480_02445, AF488_02240, AF489_05350, AIC76_09490, AU613_09175, AXR84_08085, AXU58_01945, C2253_22770, CD48_09420, CE87_05150, CET98_05145, CQG18_13610, CVR97_12855, D4369_11200, D4380_01675, D4401_11680, D4E62_16310, D6360_15635, D7F20_20305, D7H43_13345, DJ388_17735, DKJ11_15155, DKU57_07540, DLM31_16580, DNV30_17025, DO698_06770, DOJ90_21490, DOQ88_13235, DPJ93_05695, DQ848_11540, DRM14_13800, DSF69_15975, DSR36_07735, DUW48_07630, EBO41_08190, EBP31_13605, EGU67_16485, EHB24_07065, EHC98_13260, EIW53_11070, GW08_01930, JO10_05155, LZ63_05365, NCTC13348_04477, NG18_06005, NU83_05435, QA89_11160, QB40_04780, QD15_03440, RJ78_02245, SAMEA4398682_00981, Y934_05005, YG50_06290, YI33_24045, YR17_16440, ZB89_12730, ZC54_04780 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20875.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 133分子 ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-GDP / | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.22 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.05M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 11.5% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→57.33 Å / Num. obs: 36383 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 68.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 19.32 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 5694 / CC1/2: 0.566 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5CPC,4LHW 解像度: 2.3→57.33 Å / SU ML: 0.3308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3886
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→57.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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