PDB-7bwt: SopD-Rab8 complex structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bwt

タイトル

SopD-Rab8 complex structure

要素

Ras-related protein Rab-8A
SPI-1 type III secretion system effector SopD

キーワード

PROTEIN BINDING / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / regulation of protein transport / vesicle-mediated transport in synapse / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / protein secretion by the type III secretion system / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / trans-Golgi network transport vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Jiang, K. / Tong, M. / Chen, Z. / Gao, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: The Salmonella effector protein SopD targets Rab8 to positively and negatively modulate the inflammatory response.
著者: Lian, H. / Jiang, K. / Tong, M. / Chen, Z. / Liu, X. / Galan, J.E. / Gao, X.

履歴

登録	2020年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年5月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7bwt.ent.gz	169.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7bwt_validation.pdf.gz	847.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bwt_full_validation.pdf.gz	852.3 KB	表示
XML形式データ	7bwt_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	7bwt_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bwt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4lhwS 5cpcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5l8e-2 6kv9-1 4c20-1 5w7d-d 4zkf-d 1dfa-d 5nig-d 6p4x-5 5wt1-1 3u9r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SPI-1 type III secretion system effector SopD

B: Ras-related protein Rab-8A

ヘテロ分子

60.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.660, 114.660, 107.066
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	SPI-1 type III secretion system effector SopD / Secreted protein in the Sop family transferred to eukaryotic cells 分子量: 38228.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: sopD, SBOV29801, AAK29_13240, AAP89_06495, ABO94_24435, AF480_02445, AF488_02240, AF489_05350, AIC76_09490, AU613_09175, AXR84_08085, AXU58_01945, C2253_22770, CD48_09420, CE87_05150, ...遺伝子: sopD, SBOV29801, AAK29_13240, AAP89_06495, ABO94_24435, AF480_02445, AF488_02240, AF489_05350, AIC76_09490, AU613_09175, AXR84_08085, AXU58_01945, C2253_22770, CD48_09420, CE87_05150, CET98_05145, CQG18_13610, CVR97_12855, D4369_11200, D4380_01675, D4401_11680, D4E62_16310, D6360_15635, D7F20_20305, D7H43_13345, DJ388_17735, DKJ11_15155, DKU57_07540, DLM31_16580, DNV30_17025, DO698_06770, DOJ90_21490, DOQ88_13235, DPJ93_05695, DQ848_11540, DRM14_13800, DSF69_15975, DSR36_07735, DUW48_07630, EBO41_08190, EBP31_13605, EGU67_16485, EHB24_07065, EHC98_13260, EIW53_11070, GW08_01930, JO10_05155, LZ63_05365, NCTC13348_04477, NG18_06005, NU83_05435, QA89_11160, QB40_04780, QD15_03440, RJ78_02245, SAMEA4398682_00981, Y934_05005, YG50_06290, YI33_24045, YR17_16440, ZB89_12730, ZC54_04780 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K1V7S2, UniProt: P40722*PLUS
#2: タンパク質	Ras-related protein Rab-8A / Oncogene c-mel 分子量: 20875.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB8A, MEL, RAB8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61006

#1: タンパク質

SPI-1 type III secretion system effector SopD / Secreted protein in the Sop family transferred to eukaryotic cells

分子量: 38228.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現)

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: sopD, SBOV29801, AAK29_13240, AAP89_06495, ABO94_24435, AF480_02445, AF488_02240, AF489_05350, AIC76_09490, AU613_09175, AXR84_08085, AXU58_01945, C2253_22770, CD48_09420, CE87_05150, ...
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K1V7S2, UniProt: P40722*PLUS

#2: タンパク質

Ras-related protein Rab-8A / Oncogene c-mel

分子量: 20875.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB8A, MEL, RAB8 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61006

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非ポリマー , 5種, 133分子

#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.05M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 11.5% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→57.33 Å / Num. obs: 36383 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 68.22 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 19.32
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 5694 / CC_1/2: 0.566

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CPC,4LHW

5cpc

4lhw

解像度: 2.3→57.33 Å / SU ML: 0.3308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3886

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2147	3836	5.54 %
R_work	0.1883	-	-
obs	0.1898	36321	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→57.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3715	0	97	120	3932

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	3871
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5864	5193
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0437	566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	653
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.8667	519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3551	120	0.379	1993	X-RAY DIFFRACTION	81.55
2.33-2.36	0.4249	139	0.359	2338	X-RAY DIFFRACTION	97.14
2.36-2.39	0.3836	142	0.3437	2425	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.39-2.43	0.3285	144	0.3183	2445	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.43-2.46	0.3077	142	0.3165	2345	X-RAY DIFFRACTION	97.53
2.46-2.5	0.3433	140	0.3159	2459	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.5-2.54	0.3059	148	0.2835	2469	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.54-2.59	0.3249	138	0.2521	2430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.63	0.2486	140	0.2407	2417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.68	0.2518	141	0.2307	2470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.74	0.2603	140	0.2187	2442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.8	0.2521	148	0.2197	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.86	0.2696	138	0.2343	2435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.94	0.2473	148	0.2305	2415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.01	0.2906	144	0.2362	2472	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.1	0.2746	141	0.2227	2422	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.2	0.2517	146	0.2201	2477	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.32	0.2221	140	0.2164	2429	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.45	0.2514	137	0.1995	2412	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.61	0.2308	144	0.1912	2470	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.8	0.1883	150	0.187	2423	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.04	0.1847	148	0.1668	2451	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.35	0.1889	148	0.1536	2450	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-4.78	0.1538	134	0.1427	2452	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.79-5.47	0.1761	142	0.1582	2438	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.48-6.89	0.232	142	0.1927	2444	X-RAY DIFFRACTION	99.88
6.9-57.33	0.1913	152	0.1556	2446	X-RAY DIFFRACTION	99.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.97730571378	-2.07722185589	0.522399656031	4.10454937011	-0.282912260914	5.57151524275	-0.013358518475	0.556809862327	0.374524529362	-0.421024387699	0.351557878006	0.715075612369	-0.313022323734	-0.661293101611	-0.342977348105	0.764365095007	-0.0658449023664	0.0412883181774	1.02583099244	0.280952824922	1.13517240917	1.36797518183	-15.4649161852	10.1719995313
2	5.81741031329	-2.23086190672	-1.59110721898	1.83887990593	0.00688133830619	5.63943550493	0.110290772696	-0.146298707116	0.295305754015	0.32534364593	-0.0272403569565	0.299727104594	-0.0906401317897	-0.123640673274	-0.0548023307475	0.704260725046	-0.14156349975	0.0492159139306	0.468091086815	0.0209747158574	0.653986097394	25.1441578223	-15.8743464454	12.6741908347
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4	3.45491355669	0.178492306995	0.249638318597	6.98441716812	2.573582734	3.37430526453	0.119610605045	0.041249915085	0.0545541015105	-0.447727314238	-0.00301835130318	-0.149757778199	-0.628216110068	0.170059591177	-0.130515309196	0.593006270991	-0.132635376574	0.0146633368121	0.525652485685	0.0135512688029	0.536569541522	55.264320277	0.55520680199	-2.11746977942
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 60 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 61 through 160 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 161 through 317 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 30 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 31 through 44 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 45 through 62 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 63 through 74 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 75 through 121 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 122 through 180 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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