[日本語] English
万見
- PDB-7bwk: Structure of DotL(656-783)-IcmS-IcmW-LvgA-VpdB(461-590) derived f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bwk
タイトルStructure of DotL(656-783)-IcmS-IcmW-LvgA-VpdB(461-590) derived from Legionella pneumophila
要素
  • Hypothetical virulence protein
  • IcmO (DotL)
  • IcmS
  • IcmW
  • PNPLA domain-containing protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Dot/Icm Type 4B Secretion System / effector recognition / Type 4B coupling protein complex-effector complex / DotL-IcmSW-LvgA / VpdB
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid catabolic process / protein transport / hydrolase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type IVb secretion, IcmS, effector-recruitment / : / Type IVb secretion, IcmS, effector-recruitment / IcmW / : / TraD/TraG, TraM recognition site / TraM recognition site of TraD and TraG / Patatin-like phospholipase domain / Patatin-like phospholipase / Patatin-like phospholipase (PNPLA) domain profile. ...Type IVb secretion, IcmS, effector-recruitment / : / Type IVb secretion, IcmS, effector-recruitment / IcmW / : / TraD/TraG, TraM recognition site / TraM recognition site of TraD and TraG / Patatin-like phospholipase domain / Patatin-like phospholipase / Patatin-like phospholipase (PNPLA) domain profile. / : / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 4 adapter protein IcmW / PNPLA domain-containing protein / Type 4 adapter protein LvgA / Type 4 coupling protein DotL / Type 4 adapter protein IcmS
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.801 Å
データ登録者Kim, H. / Kwak, M.J. / Oh, B.H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for effector protein recognition by the Dot/Icm Type IVB coupling protein complex.
著者: Kim, H. / Kubori, T. / Yamazaki, K. / Kwak, M.J. / Park, S.Y. / Nagai, H. / Vogel, J.P. / Oh, B.H.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: IcmO (DotL)
B: IcmS
C: IcmW
D: Hypothetical virulence protein
E: PNPLA domain-containing protein
F: IcmO (DotL)
G: IcmS
H: IcmW
I: Hypothetical virulence protein
J: PNPLA domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,25010
ポリマ－165,25010
非ポリマー00
水00
1
A: IcmO (DotL)
B: IcmS
C: IcmW
D: Hypothetical virulence protein
E: PNPLA domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6255
ポリマ－82,6255
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15830 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area29620 Å2
手法PISA
2
F: IcmO (DotL)
G: IcmS
H: IcmW
I: Hypothetical virulence protein
J: PNPLA domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6255
ポリマ－82,6255
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15700 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area29870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.992, 188.992, 170.252
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 IcmO (DotL)


分子量: 14215.950 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: icmO, lpg0446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZYC6
#2: タンパク質 IcmS


分子量: 12682.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: icmS, lpg0442 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZYD0
#3: タンパク質 IcmW


分子量: 17349.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: icmW, lpg2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZS31
#4: タンパク質 Hypothetical virulence protein


分子量: 23533.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg0525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZY48
#5: タンパク質 PNPLA domain-containing protein


分子量: 14842.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg1227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZW60

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM sodium cacodylate (pH 7.0) 1.8 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 75746 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 36.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.394 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 1165282
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.857.70.31137210.5570.1090.3310.26998.7
2.85-2.98.80.31137180.6720.1010.3280.28199.3
2.9-2.969.30.30337240.7290.0960.3190.29499
2.96-3.02100.29337200.8040.0890.3070.399.4
3.02-3.0810.70.27837180.8720.0810.290.31499.2
3.08-3.1511.60.26437450.9160.0740.2750.32899.4
3.15-3.2312.50.24537260.9490.0660.2540.34499.7
3.23-3.3213.40.21837430.9690.0560.2260.35999.6
3.32-3.4214.60.237650.980.050.2070.37799.7
3.42-3.5315.40.17537730.9890.0430.180.499.7
3.53-3.6516.40.15237400.9930.0360.1560.41199.6
3.65-3.816.50.13137700.9950.0310.1350.42499.6
3.8-3.97160.11737960.9960.0280.1210.43299.7
3.97-4.1817.90.137880.9970.0230.1030.44299.7
4.18-4.4420.80.08637950.9990.0180.0880.44799.9
4.44-4.7921.40.0838160.9990.0170.0820.44199.8
4.79-5.2721.10.08238280.9990.0170.0840.43299.7
5.27-6.0319.90.08638510.9990.0190.0880.42199.6
6.03-7.5918.80.07239070.9990.0160.0740.40999.6
7.59-5023.20.039410210.0080.040.40499.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X90

5x90


解像度: 2.801→47.248 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 3840 5.07 %
Rwork0.199 71845 -
obs0.2014 75685 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.08 Å2 / Biso mean: 26.2788 Å2 / Biso min: 3.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.801→47.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10652 0 0 0 10652
残基数----1342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01414676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3396643
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.801-2.83620.35211320.2923257098
2.8362-2.87350.33171200.2841263399
2.8735-2.91290.33161420.2809261499
2.9129-2.95450.32081400.2686262499
2.9545-2.99860.33551450.2601261899
2.9986-3.04540.29261510.2539261099
3.0454-3.09540.31061370.252263099
3.0954-3.14870.31631510.24532622100
3.1487-3.2060.28141280.23742637100
3.206-3.26760.29211340.23652648100
3.2676-3.33430.30261380.22652623100
3.3343-3.40680.28741390.22432654100
3.4068-3.4860.26121350.2122654100
3.486-3.57310.2481320.19832663100
3.5731-3.66970.22391650.18662601100
3.6697-3.77770.21461400.17622658100
3.7777-3.89950.23721410.17752658100
3.8995-4.03880.21571440.17432667100
4.0388-4.20050.19881420.16862644100
4.2005-4.39150.19951380.15372705100
4.3915-4.62280.18271450.15042662100
4.6228-4.91220.21721580.16292670100
4.9122-5.2910.20221650.16722690100
5.291-5.82260.19881310.17652708100
5.8226-6.66310.25271490.20372723100
6.6631-8.38720.22971400.17592778100
8.3872-47.2480.20641580.1729288199

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る