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万見
- PDB-7bwf: YoeB-YefM complex from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bwf
タイトルYoeB-YefM complex from Staphylococcus aureus
要素
  • (Antitoxin) x 2
  • Addiction module antitoxin RelB
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / Toxin-Antitoxin complex ribosome-dependent ribonuclease ribosome-independent ribonuclease Toxin inhibitor / TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA catabolic process / endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #330 / : / YefM-like domain / Toxin YoeB / YoeB-like toxin of bacterial type II toxin-antitoxin system / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / YefM-like fold / RelE-like ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #330 / : / YefM-like domain / Toxin YoeB / YoeB-like toxin of bacterial type II toxin-antitoxin system / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / YefM-like fold / RelE-like / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitoxin / Putative mRNA interferase YoeB
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lee, B.-J. / Eun, H.-J.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A2A1A19018526 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A5A2024425 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019 BK21 Plus Project for Medicine, Dentistry and Pharmacy 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the YoeBSa1-YefMSa1 complex from Staphylococcus aureus.
著者: Eun, H.-J. / Lee, K.-Y. / Kim, D.-G. / Im, D.S. / Lee, B.-J.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Addiction module antitoxin RelB
B: Antitoxin
C: Addiction module antitoxin RelB
D: Antitoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2364
ポリマ－41,2364
非ポリマー00
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Pull-down assay with hexahistidine tag
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10770 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area16980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.849, 67.849, 69.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Addiction module antitoxin RelB / Addiction module toxin Txe/YoeB family protein


分子量: 10325.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: M1K003_0948, SAKG03_24000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon plus / 参照: UniProt: A0A3A3ATA4
#2: タンパク質 Antitoxin


分子量: 10335.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: yefM, BTN44_14530, EP54_09735, EQ90_00255, HMPREF3211_00052, M1K003_0949, NCTC10654_02579, NCTC10702_03766, NCTC5664_01444, NCTC6133_03236, NCTC7988_02488, RK64_12840, SAKG03_24010
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon plus / 参照: UniProt: A0A0B4ND47
#3: タンパク質 Antitoxin


分子量: 10248.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: yefM, BTN44_14530, EP54_09735, EQ90_00255, HMPREF3211_00052, M1K003_0949, NCTC10654_02579, NCTC10702_03766, NCTC5664_01444, NCTC6133_03236, NCTC7988_02488, RK64_12840, SAKG03_24010
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon plus / 参照: UniProt: A0A0B4ND47
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.08 M sodium chloride, 0.02 M magnesium chloride hexahydrate, 0.04 M sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 40% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, and 0.012 M spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 38302 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1944 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A6Q

2a6q


解像度: 1.7→44.832 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 2077 5.43 %
Rwork0.2056 --
obs0.207 38271 97.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.07 Å2 / Biso mean: 43.0848 Å2 / Biso min: 18.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→44.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2886 0 0 174 3060
Biso mean---40.94 -
残基数----357
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.73930.35221400.3066244499
1.7393-1.78280.27511740.2751242799
1.7828-1.8310.3195960.272252299
1.831-1.88490.29611310.2647243399
1.8849-1.94570.29511320.2631244399
1.9457-2.01530.30991360.2458240498
2.0153-2.0960.25971520.2497244498
2.096-2.19140.2711510.238242998
2.1914-2.30690.27361210.2183242498
2.3069-2.45140.25121470.2101237497
2.4514-2.64070.2251540.2106236096
2.6407-2.90640.24031340.2095237596
2.9064-3.32680.21851340.2039238596
3.3268-4.1910.20331150.1789238595
4.191-44.8320.19051600.1728234596
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.3212 Å / Origin y: 9.135 Å / Origin z: 10.9917 Å
111213212223313233
T0.1336 Å2-0.0247 Å20.0174 Å2-0.1629 Å20.0087 Å2--0.1652 Å2
L1.1713 °20.3783 °20.6047 °2-0.8135 °20.3984 °2--1.4593 °2
S0.0521 Å °-0.0354 Å °-0.045 Å °-0.0221 Å °0.0906 Å °-0.0394 Å °0.0046 Å °0.0049 Å °-0.1225 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 88
2X-RAY DIFFRACTION1allB-8 - 83
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 88
4X-RAY DIFFRACTION1allD-7 - 83
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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