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万見
- PDB-7bw6: Varicella-zoster virus capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bw6
タイトルVaricella-zoster virus capsid
要素
  • Major capsid protein
  • Small capsomere-interacting protein
  • Triplex capsid protein 1
  • Triplex capsid protein 2
キーワードVIRUS / A-capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / viral capsid assembly / viral process / viral capsid / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein / Major capsid protein / Small capsomere-interacting protein / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang, P.Y. / Qi, J.X. / Liu, C.C. / Sun, J.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81673358 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the varicella-zoster virus A-capsid.
著者: Junqing Sun / Congcong Liu / Ruchao Peng / Fu-Kun Zhang / Zhou Tong / Sheng Liu / Yi Shi / Zhennan Zhao / Wen-Bo Zeng / George Fu Gao / Hong-Jie Shen / Xiaoming Yang / Minhua Luo / Jianxun Qi / Peiyi Wang /
要旨: Varicella-zoster virus (VZV), a member of the Alphaherpesvirinae subfamily, causes severe diseases in humans of all ages. The viral capsids play critical roles in herpesvirus infection, making them ...Varicella-zoster virus (VZV), a member of the Alphaherpesvirinae subfamily, causes severe diseases in humans of all ages. The viral capsids play critical roles in herpesvirus infection, making them potential antiviral targets. Here, we present the 3.7-Å-resolution structure of the VZV A-capsid and define the molecular determinants underpinning the assembly of this complicated viral machinery. Overall, the VZV capsid has a similar architecture to that of other known herpesviruses. The major capsid protein (MCP) assembles into pentons and hexons, forming extensive intra- and inter-capsomer interaction networks that are further secured by the small capsid protein (SCP) and the heterotriplex. The structure reveals a pocket beneath the floor of MCP that could potentially be targeted by antiviral inhibitors. In addition, we identified two alphaherpesvirus-specific structural features in SCP and Tri1 proteins. These observations highlight the divergence of different herpesviruses and provide an important basis for developing antiviral drugs.
履歴
登録2020年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30228
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30228
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Small capsomere-interacting protein
D: Major capsid protein
E: Small capsomere-interacting protein
F: Major capsid protein
G: Small capsomere-interacting protein
H: Major capsid protein
I: Small capsomere-interacting protein
J: Major capsid protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Major capsid protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Major capsid protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Major capsid protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Major capsid protein
S: Small capsomere-interacting protein
T: Major capsid protein
U: Small capsomere-interacting protein
V: Major capsid protein
W: Small capsomere-interacting protein
X: Major capsid protein
Y: Small capsomere-interacting protein
a: Major capsid protein
b: Small capsomere-interacting protein
c: Major capsid protein
d: Small capsomere-interacting protein
e: Major capsid protein
f: Small capsomere-interacting protein
g: Triplex capsid protein 2
h: Triplex capsid protein 2
i: Triplex capsid protein 1
j: Triplex capsid protein 2
k: Triplex capsid protein 2
l: Triplex capsid protein 1
m: Triplex capsid protein 2
n: Triplex capsid protein 2
o: Triplex capsid protein 1
p: Triplex capsid protein 2
q: Triplex capsid protein 2
r: Triplex capsid protein 1
s: Triplex capsid protein 2
t: Triplex capsid protein 2
w: Triplex capsid protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,463,28846
ポリマ－3,463,28846
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Small capsomere-interacting protein
D: Major capsid protein
E: Small capsomere-interacting protein
F: Major capsid protein
G: Small capsomere-interacting protein
H: Major capsid protein
I: Small capsomere-interacting protein
J: Major capsid protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Major capsid protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Major capsid protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Major capsid protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Major capsid protein
S: Small capsomere-interacting protein
T: Major capsid protein
U: Small capsomere-interacting protein
V: Major capsid protein
W: Small capsomere-interacting protein
X: Major capsid protein
Y: Small capsomere-interacting protein
a: Major capsid protein
b: Small capsomere-interacting protein
c: Major capsid protein
d: Small capsomere-interacting protein
e: Major capsid protein
f: Small capsomere-interacting protein
g: Triplex capsid protein 2
h: Triplex capsid protein 2
i: Triplex capsid protein 1
j: Triplex capsid protein 2
k: Triplex capsid protein 2
l: Triplex capsid protein 1
m: Triplex capsid protein 2
n: Triplex capsid protein 2
o: Triplex capsid protein 1
p: Triplex capsid protein 2
q: Triplex capsid protein 2
r: Triplex capsid protein 1
s: Triplex capsid protein 2
t: Triplex capsid protein 2
w: Triplex capsid protein 1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,797,2542760
ポリマ－207,797,2542760
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Small capsomere-interacting protein
D: Major capsid protein
E: Small capsomere-interacting protein
F: Major capsid protein
G: Small capsomere-interacting protein
H: Major capsid protein
I: Small capsomere-interacting protein
J: Major capsid protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Major capsid protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Major capsid protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Major capsid protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Major capsid protein
S: Small capsomere-interacting protein
T: Major capsid protein
U: Small capsomere-interacting protein
V: Major capsid protein
W: Small capsomere-interacting protein
X: Major capsid protein
Y: Small capsomere-interacting protein
a: Major capsid protein
b: Small capsomere-interacting protein
c: Major capsid protein
d: Small capsomere-interacting protein
e: Major capsid protein
f: Small capsomere-interacting protein
g: Triplex capsid protein 2
h: Triplex capsid protein 2
i: Triplex capsid protein 1
j: Triplex capsid protein 2
k: Triplex capsid protein 2
l: Triplex capsid protein 1
m: Triplex capsid protein 2
n: Triplex capsid protein 2
o: Triplex capsid protein 1
p: Triplex capsid protein 2
q: Triplex capsid protein 2
r: Triplex capsid protein 1
s: Triplex capsid protein 2
t: Triplex capsid protein 2
w: Triplex capsid protein 1
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 17.3 MDa, 230 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,316,438230
ポリマ－17,316,438230
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Small capsomere-interacting protein
D: Major capsid protein
E: Small capsomere-interacting protein
F: Major capsid protein
G: Small capsomere-interacting protein
H: Major capsid protein
I: Small capsomere-interacting protein
J: Major capsid protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Major capsid protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Major capsid protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Major capsid protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Major capsid protein
S: Small capsomere-interacting protein
T: Major capsid protein
U: Small capsomere-interacting protein
V: Major capsid protein
W: Small capsomere-interacting protein
X: Major capsid protein
Y: Small capsomere-interacting protein
a: Major capsid protein
b: Small capsomere-interacting protein
c: Major capsid protein
d: Small capsomere-interacting protein
e: Major capsid protein
f: Small capsomere-interacting protein
g: Triplex capsid protein 2
h: Triplex capsid protein 2
i: Triplex capsid protein 1
j: Triplex capsid protein 2
k: Triplex capsid protein 2
l: Triplex capsid protein 1
m: Triplex capsid protein 2
n: Triplex capsid protein 2
o: Triplex capsid protein 1
p: Triplex capsid protein 2
q: Triplex capsid protein 2
r: Triplex capsid protein 1
s: Triplex capsid protein 2
t: Triplex capsid protein 2
w: Triplex capsid protein 1
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 20.8 MDa, 276 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,779,725276
ポリマ－20,779,725276
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein / MCP / VP5


分子量: 155145.359 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
参照: UniProt: Q6QCL5
#2: タンパク質
Small capsomere-interacting protein / VP26


分子量: 24440.119 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
参照: UniProt: Q6QCN2
#3: タンパク質
Triplex capsid protein 2 / VP23


分子量: 34421.914 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
参照: UniProt: Q6QCL4
#4: タンパク質
Triplex capsid protein 1 / VP19c


分子量: 54028.180 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
参照: UniProt: Q6QCN5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human alphaherpesvirus 3 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 2 seconds before plunging

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 386.3 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5116 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 93 K / 最低温度: 81 K
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 26979
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正minimum defocus 0.5um,maximnum defocous 5um
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9PHENIX1.17モデル精密化realspace refinement and validation
10Coot0.8.9.2モデル精密化model validation
11RELION3.0.8初期オイラー角割当
12RELION3.0.8最終オイラー角割当
13RELION3.0.8分類local angular search range 3,sampling interval:0.5degree, +-4 pixel offset search.
14RELION3.0.8３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 94640
詳細: Images were low-pass to 15 angstrom to facilitated particle picking.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 311236 / クラス平均像の数: 5 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDPdb chain residue range
15ZZ8

5zz8

1174-482
25ZZ8

5zz8

218-316
35ZZ8

5zz8

A119-1393
45ZZ8

5zz8

b18-107
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 101.55 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0031213696
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5756291528
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041333619
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003338095
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.9956127825

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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