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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bvf | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in complex with ethambutol | |||||||||||||||
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![]() | TRANSFERASE / Mycobacterium tuberculosis / cell wall synthesis / drug target / ethambutol / arabinosyltransferase / EmbA / EmbB / EmbC / acyl carrier protein / arabinogalactan / lipoarabinomannan / drug resistance | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() arabinosyltransferase activity / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / cell wall / lipid A biosynthetic process / plasma membrane => GO:0005886 / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / acyl binding / acyl carrier activity / cell wall organization / membrane => GO:0016020 ...arabinosyltransferase activity / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / cell wall / lipid A biosynthetic process / plasma membrane => GO:0005886 / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / acyl binding / acyl carrier activity / cell wall organization / membrane => GO:0016020 / response to antibiotic / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | |||||||||||||||
![]() | Zhang, L. / Zhao, Y. / Gao, Y. / Wang, Q. / Li, J. / Besra, G.S. / Rao, Z. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of cell wall arabinosyltransferases with the anti-tuberculosis drug ethambutol. 著者: Lu Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Lijie Wu / Ruogu Gao / Qi Zhang / Yinan Wang / Chengyao Wu / Fangyu Wu / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / Wei Zhao / Ling Qin / Xiuna Yang ...著者: Lu Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Lijie Wu / Ruogu Gao / Qi Zhang / Yinan Wang / Chengyao Wu / Fangyu Wu / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / Wei Zhao / Ling Qin / Xiuna Yang / Manfu Wang / Yan Zhu / Bing Zhang / Lijun Bi / Xian'en Zhang / Haitao Yang / Luke W Guddat / Wenqing Xu / Quan Wang / Jun Li / Gurdyal S Besra / Zihe Rao / ![]() ![]() ![]() 要旨: The arabinosyltransferases EmbA, EmbB, and EmbC are involved in cell wall synthesis and are recognized as targets for the anti-tuberculosis drug ethambutol. In this study, we determined cryo- ...The arabinosyltransferases EmbA, EmbB, and EmbC are involved in cell wall synthesis and are recognized as targets for the anti-tuberculosis drug ethambutol. In this study, we determined cryo-electron microscopy and x-ray crystal structures of mycobacterial EmbA-EmbB and EmbC-EmbC complexes in the presence of their glycosyl donor and acceptor substrates and with ethambutol. These structures show how the donor and acceptor substrates bind in the active site and how ethambutol inhibits arabinosyltransferases by binding to the same site as both substrates in EmbB and EmbC. Most drug-resistant mutations are located near the ethambutol binding site. Collectively, our work provides a structural basis for understanding the biochemical function and inhibition of arabinosyltransferases and the development of new anti-tuberculosis agents. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 394.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 308.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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詳細 | The complete assembly should be tetramer. There should be 2 molecules of AcpM, however, only one was modeled due to low density. |
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要素
-Probable arabinosyltransferase ... , 2種, 2分子 BA
#1: タンパク質 | 分子量: 120332.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: embB, Rv3795, MTCY13D12.29 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P9WNL7, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの |
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#2: タンパク質 | 分子量: 116789.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: embA, Rv3794, MTCY13D12.28 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P9WNL9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの |
-タンパク質 , 1種, 1分子 P
#3: タンパク質 | 分子量: 10743.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0R0B3 |
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-非ポリマー , 4種, 5分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/95E.gif)
![](data/chem/img/DSL.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/95E.gif)
![](data/chem/img/DSL.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#5: 化合物 | ChemComp-95E / |
#6: 化合物 | ChemComp-DSL / |
#7: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was monodisperse. | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | ||||||||||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE | ||||||||||||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 78.6 K / 最低温度: 78.5 K / Residual tilt: 10 mradians | ||||||||||||||||||||||||||||
撮影 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 521803 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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