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万見
- PDB-7bv9: The NMR structure of the BEN domain from human NAC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bv9
タイトルThe NMR structure of the BEN domain from human NAC1
要素Nucleus accumbens-associated protein 1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / DNA-binding cancer stem cell
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / 細胞結合 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 ...DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / 細胞結合 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
BEN domain / BEN domain / BEN domain profile. / BEN / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleus accumbens-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Nagata, T. / Kobayashi, N. / Nakayama, N. / Obayashi, E. / Urano, T.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)25893136 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K07307 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H05878 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26440026 日本
引用
ジャーナル: Biomedicines / 年: 2020
タイトル: Nucleus Accumbens-Associated Protein 1 Binds DNA Directly through the BEN Domain in a Sequence-Specific Manner.
著者: Nakayama, N. / Sakashita, G. / Nagata, T. / Kobayashi, N. / Yoshida, H. / Park, S.Y. / Nariai, Y. / Kato, H. / Obayashi, E. / Nakayama, K. / Kyo, S. / Urano, T.
#1: ジャーナル: Arch. Biochem. Biophys. / 年: 2016
タイトル: Protein complex formation and intranuclear dynamics of NAC1 in cancer cells.
著者: Nakayama, N. / Kato, H. / Sakashita, G. / Nariai, Y. / Nakayama, K. / Kyo, S. / Urano, T.
#2: ジャーナル: Carcinogenesis / 年: 2012
タイトル: Nuclear localization signal in a cancer-related transcriptional regulator protein NAC1.
著者: Okazaki, K. / Nakayama, N. / Nariai, Y. / Nakayama, K. / Miyazaki, K. / Maruyama, R. / Kato, H. / Kosugi, S. / Urano, T. / Sakashita, G.
#3: ジャーナル: Pathol. Int. / 年: 2012
タイトル: Low expression of nucleus accumbens-associated protein 1 predicts poor prognosis for patients with pancreatic ductal adenocarcinoma.
著者: Nishi, T. / Maruyama, R. / Urano, T. / Nakayama, N. / Kawabata, Y. / Yano, S. / Yoshida, M. / Nakayama, K. / Miyazaki, K. / Takenaga, K. / Tanaka, T. / Tajima, Y.
履歴
登録2020年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_status
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleus accumbens-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6371
ポリマ－18,6371
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Nucleus accumbens-associated protein 1 / NAC-1 / BTB/POZ domain-containing protein 14B


分子量: 18637.480 Da / 分子数: 1 / 断片: BEN domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NACC1, BTBD14B, NAC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q96RE7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D C(CO)NH
181isotropic13D HBHA(CO)NH
191isotropic13D H(CCO)NH
1121isotropic13D CCH-TOCSY
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D (H)CCH-COSY
1141isotropic13D 1H-15N NOESY
1131isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 500 uM [U-13C; U-15N] BEN domain, 95% H2O/5% D2O / Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 500 uM / 構成要素: BEN domain / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 70 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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