[日本語] English
万見
- PDB-7bv7: INTS3 complexed with INTS6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bv7
タイトルINTS3 complexed with INTS6
要素
  • Integrator complex subunit 3
  • Integrator complex subunit 6
キーワードRECOMBINATION / DNA double strand break repair INTS3 INTS6 SSB1
機能・相同性
機能・相同性情報


SOSS complex / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mitotic G2/M transition checkpoint / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / double-strand break repair via homologous recombination / transmembrane signaling receptor activity ...SOSS complex / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mitotic G2/M transition checkpoint / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / double-strand break repair via homologous recombination / transmembrane signaling receptor activity / actin cytoskeleton / site of double-strand break / DNA repair / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Integrator complex subunit 3, N-terminal / Integrator complex subunit 3 / Integrator complex subunit 3 N-terminal / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45, C-terminal / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45 C-terminus / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrator complex subunit 3 / Integrator complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jia, Y. / Bharath, S.R. / Song, H.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the INTS3/INTS6 complex reveals the functional importance of INTS3 dimerization in DSB repair.
著者: Jia, Y. / Cheng, Z. / Bharath, S.R. / Sun, Q. / Su, N. / Huang, J. / Song, H.
履歴
登録2020年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Integrator complex subunit 3
B: Integrator complex subunit 3
C: Integrator complex subunit 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2443
ポリマ－111,2443
非ポリマー00
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.570, 126.030, 84.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Integrator complex subunit 3 / Int3 / SOSS complex subunit A / Sensor of single-strand DNA complex subunit A / Sensor of ssDNA subunit A


分子量: 50291.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS3, C1orf193, C1orf60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68E01
#2: タンパク質 Integrator complex subunit 6 / Int6 / DBI-1 / Protein DDX26 / Protein deleted in cancer 1 / DICE1


分子量: 10660.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS6, DBI1, DDX26, DDX26A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UL03
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.7 M Ammonium citrate pH 7.0 4% pentaerythritol ethoxylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.45 Å / Num. obs: 43480 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 4704 / CC1/2: 0.53

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→43.95 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 2124 4.89 %
Rwork0.2048 --
obs0.2069 43428 89.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.09 Å2 / Biso mean: 53.5158 Å2 / Biso min: 15.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→43.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6001 0 0 181 6182
Biso mean---48.15 -
残基数----758
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.460.30541340.25162850298493
2.46-2.520.28491670.24352782294992
2.52-2.590.29361220.24022841296392
2.59-2.660.27641540.23432819297392
2.66-2.750.31811490.23352779292891
2.75-2.850.25091340.21832809294392
2.85-2.960.26741280.20622781290991
2.96-3.090.28071550.20522795295091
3.09-3.260.23251400.20232747288790
3.26-3.460.22661490.1912720286989
3.46-3.730.23691450.18172709285488
3.73-4.10.23721530.17392676282988
4.1-4.70.20891340.17272640277485
4.7-5.910.2271380.20872664280287
5.92-43.950.26971220.23212692281485
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03380.5796-0.09521.97360.24062.0619-0.0487-0.060.62150.003-0.16350.8037-0.2712-0.48620.04870.22140.0601-0.04970.2789-0.09790.5463-24.262164.922222.5114
22.32280.4019-0.54524.29550.86531.0255-0.2515-0.0724-0.81890.6384-0.0719-0.10070.5696-0.06870.18440.74310.01330.16860.2709-0.02920.5444-2.222825.318117.099
30.5145-0.3877-0.55991.49570.18411.03710.26261.22380.0994-0.7716-0.5406-0.20190.25510.3820.20920.8180.30350.13681.50830.05130.553628.359149.9807-10.7069
43.0015-0.8887-1.06821.0055-0.77822.5750.16490.47840.0583-0.0817-0.2513-0.29620.12790.87730.02810.25320.04450.0050.6129-0.02320.257619.962450.91047.4283
51.5708-0.576-0.92772.01491.44553.8709-0.2941-0.3502-0.07330.68910.160.23770.40490.09520.11010.39220.0650.00290.2756-0.00030.2397-1.429657.660540.4465
62.6579-0.70510.32984.6553-1.40853.9508-0.00830.38420.2735-0.274-0.04670.27120.3141-0.2494-0.0070.3753-0.0454-0.03260.32940.07660.3575-7.700166.77495.4462
71.7672-0.2194-0.20932.4799-0.77984.09320.29760.37490.3529-0.1436-0.05480.5162-0.2502-0.7203-0.23410.3646-0.0023-0.04640.30820.10540.365-6.325774.99925.0367
82.3339-1.98731.19635.679-6.12137.58380.15880.46770.56590.4154-0.8063-1.6328-1.25250.80220.61160.5712-0.01760.02070.40840.10050.59011.579782.0644.4386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 595 through 850 )A595 - 850
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 851 through 972 )A851 - 972
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 583 through 667 )B583 - 667
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 668 through 781 )B668 - 781
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 782 through 972 )B782 - 972
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 808 through 827 )C808 - 827
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 828 through 860 )C828 - 860
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 861 through 881 )C861 - 881

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る