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万見
- PDB-7buz: Crystal structure of Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7buz
タイトルCrystal structure of Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
要素Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nucleotide Binding / Oxidoreductase Activity / Monodehydroascorbate Reductase (nadh) Activity / Flavin Adenine Dinucleotide Binding
機能・相同性FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Cenchrus americanus (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.288 Å
データ登録者Sonkar, K.S. / Arulandu, A. / Achary, M.M. / Reddy, M.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)No.BT/PR18774/BIC/101/454/2016 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
著者: Sonkar, K.S. / Arulandu, A.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
B: Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5846
ポリマ－93,6862
非ポリマー2,8984
水9,530529
1
A: Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2923
ポリマ－46,8431
非ポリマー1,4492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
2
B: Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2923
ポリマ－46,8431
非ポリマー1,4492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.572, 83.460, 132.872
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase


分子量: 46843.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cenchrus americanus (植物) / 遺伝子: MDHAR / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: monodehydroascorbate reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000
PH範囲: 6.2 - 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.288→70.675 Å / Num. obs: 41184 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 15.7 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 2.18
反射 シェル解像度: 2.288→2.327 Å / Num. unique obs: 41184 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.066

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
BUSTER2.10.3 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX1.15-3459-000モデル構築
BALBES1.0.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5jci

5jci


解像度: 2.288→70.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU R Cruickshank DPI: 0.328 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.37 / SU Rfree Blow DPI: 0.242 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.237
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 2052 4.98 %RANDOM
Rwork0.1868 ---
obs0.1898 41177 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 66.36 Å2 / Biso mean: 30.99 Å2 / Biso min: 13.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1979 Å20 Å20 Å2
2--5.0811 Å20 Å2
3----6.2791 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.288→70.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6496 0 160 529 7185
Biso mean--29.66 35.91 -
残基数----866
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2285SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1259HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6819HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion895SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6208SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6857HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9333HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.96
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2772 37 4.49 %
Rwork0.2245 787 -
all0.227 824 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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