PDB-7bq6: Crystal structure of Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bq6

タイトル

Crystal structure of Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase

要素

Pg protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nucleotide Binding / Oxidoreductase Activity / Monodehydroascorbate Reductase (nadh) Activity / Flavin Adenine Dinucleotide Binding

機能・相同性

ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

Cenchrus americanus (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Sonkar, K.S. / Arulandu, A. / Achary, M.M. / Reddy, M.K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Biochemical and structural characterization of a robust and thermostable ascorbate recycling monodehydroascorbate reductase (MDHAR) from stress adapted pearl millet.
著者: Sonkar, K.S. / Achary, V.M.M. / Sahoo, S. / Reddy, M.K. / Arockiasamy, A.

履歴

登録	2020年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bq6.cif.gz	194.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bq6.ent.gz	149.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bq6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bq6_validation.pdf.gz	713.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bq6_full_validation.pdf.gz	714.1 KB	表示
XML形式データ	7bq6_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	7bq6_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/7bq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/7bq6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bviC 5jciS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7btj-2 7buz-1 5jcn-2 7btj-4 7buz-2 5jcl-1 7bvi-1 7btj-3 5jck-d 4h4s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pg protein

ヘテロ分子

47.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.291, 92.090, 122.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Pg protein 分子量: 46843.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cenchrus americanus (植物) / 遺伝子: MDHAR / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: monodehydroascorbate reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M Ammonium acetate 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate 5.6 30 %w/v Polyethylene glycol 4,000 PH範囲: 5.6 - 6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月27日 / 詳細: insertion device(ID)
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→61.44 Å / Num. obs: 36259 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.2 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_rim(I) all: 0.132 / Net I/av σ(I): 2.09 / Net I/σ(I): 2.09
反射シェル	解像度: 1.894→1.926 Å / Num. unique obs: 1804 / CC_1/2: 0.707 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
ARP/wARP	7.6	モデル構築
BALBES	1.0.0	位相決定
PHENIX	1.15-3459-000	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5jci

5jci

解像度: 1.89→61.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.16 / SU R_free Blow DPI: 0.136 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.127

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	1761	4.86 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.165	36259	99 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.51 Å² / B_iso mean: 25.02 Å² / B_iso min: 10.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.0895 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.6325 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4569 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.89→61.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3256	0	65	652	3973
B_iso mean	-	-	20.75	38.94	-
残基数	-	-	-	-	433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1139	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	612	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	3408	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	440	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	4670	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	3408	HARMONIC	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	4630	HARMONIC	2	1
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.39
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				14.34

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.91 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2354	26	3.58 %
R_work	0.2109	700	-
all	0.2118	726	-
obs	-	-	99.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 6.4113 Å / Origin y: 18.9507 Å / Origin z: 151.933 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0173 Å²	-0.0069 Å²	-0.0016 Å²	-	-0.0184 Å²	-0.0051 Å²	-	-	0.0041 Å²
L	0.3478 °²	-0.0546 °²	0.0202 °²	-	0.2947 °²	-0.0268 °²	-	-	0.3751 °²
S	-0.0003 Å °	0.0002 Å °	-0.0238 Å °	-0.0158 Å °	0.0006 Å °	-0.0229 Å °	0.0283 Å °	-0.0067 Å °	-0.0003 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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