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- PDB-7buv: Eucommia ulmoides TPT3, crystal form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7buv
タイトルEucommia ulmoides TPT3, crystal form 2
要素FPS3
キーワードPLANT PROTEIN / Prenyltransferase / Polyisoprene
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Eucommia ulmoides (トチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kajiura, H. / Yoshizawa, T. / Tokumoto, Y. / Suzuki, N. / Takeno, S. / Takeno, K.J. / Yamashita, T. / Tanaka, S. / Kaneko, Y. / Fujiyama, K. ...Kajiura, H. / Yoshizawa, T. / Tokumoto, Y. / Suzuki, N. / Takeno, S. / Takeno, K.J. / Yamashita, T. / Tanaka, S. / Kaneko, Y. / Fujiyama, K. / Matsumura, H. / Nakazawa, Y.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H05732 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06094 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04735 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K16060 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structure-function studies of ultrahigh molecular weight isoprenes provide key insights into their biosynthesis.
著者: Kajiura, H. / Yoshizawa, T. / Tokumoto, Y. / Suzuki, N. / Takeno, S. / Takeno, K.J. / Yamashita, T. / Tanaka, S.I. / Kaneko, Y. / Fujiyama, K. / Matsumura, H. / Nakazawa, Y.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FPS3
B: FPS3
C: FPS3
D: FPS3
E: FPS3
F: FPS3
G: FPS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,3267
ポリマ－295,3267
非ポリマー00
水00
1
A: FPS3
B: FPS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3792
ポリマ－84,3792
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area32800 Å2
手法PISA
2
C: FPS3
D: FPS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3792
ポリマ－84,3792
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area31620 Å2
手法PISA
3
E: FPS3
F: FPS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3792
ポリマ－84,3792
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area32450 Å2
手法PISA
4
G: FPS3

G: FPS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3792
ポリマ－84,3792
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area3490 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area31900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.386, 131.060, 103.924
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.980, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEU(chain 'A' and (resid 6 through 20 or resid 28...AA6 - 2022 - 36
12THRTHRPROPRO(chain 'A' and (resid 6 through 20 or resid 28...AA28 - 4444 - 60
13LYSLYSGLUGLU(chain 'A' and (resid 6 through 20 or resid 28...AA47 - 6363 - 79
14SERSERMETMET(chain 'A' and (resid 6 through 20 or resid 28...AA74 - 10290 - 118
15PHEPHELEULEU(chain 'A' and (resid 6 through 20 or resid 28...AA115 - 213131 - 229
16LEULEUASPASP(chain 'A' and (resid 6 through 20 or resid 28...AA217 - 242233 - 258
17ASPASPILEILE(chain 'A' and (resid 6 through 20 or resid 28...AA246 - 250262 - 266
18ILEILEASPASP(chain 'A' and (resid 6 through 20 or resid 28...AA253 - 283269 - 299
19PROPROTHRTHR(chain 'A' and (resid 6 through 20 or resid 28...AA290 - 302306 - 318
110GLUGLULEULEU(chain 'A' and (resid 6 through 20 or resid 28...AA306 - 327322 - 343
111ASNASNARGARG(chain 'A' and (resid 6 through 20 or resid 28...AA329 - 346345 - 362
212SERSERLEULEU(chain 'B' and (resid 6 through 20 or resid 28...BB6 - 2022 - 36
213THRTHRPROPRO(chain 'B' and (resid 6 through 20 or resid 28...BB28 - 4444 - 60
214LYSLYSGLUGLU(chain 'B' and (resid 6 through 20 or resid 28...BB47 - 6363 - 79
215SERSERMETMET(chain 'B' and (resid 6 through 20 or resid 28...BB74 - 10290 - 118
216PHEPHELEULEU(chain 'B' and (resid 6 through 20 or resid 28...BB115 - 213131 - 229
217LEULEUASPASP(chain 'B' and (resid 6 through 20 or resid 28...BB217 - 242233 - 258
218ASPASPILEILE(chain 'B' and (resid 6 through 20 or resid 28...BB246 - 250262 - 266
219ILEILEASPASP(chain 'B' and (resid 6 through 20 or resid 28...BB253 - 283269 - 299
220PROPROTHRTHR(chain 'B' and (resid 6 through 20 or resid 28...BB290 - 302306 - 318
221GLUGLULEULEU(chain 'B' and (resid 6 through 20 or resid 28...BB306 - 327322 - 343
222ASNASNARGARG(chain 'B' and (resid 6 through 20 or resid 28...BB329 - 346345 - 362
323SERSERLEULEU(chain 'C' and (resid 6 through 20 or resid 28...CC6 - 2022 - 36
324THRTHRPROPRO(chain 'C' and (resid 6 through 20 or resid 28...CC28 - 4444 - 60
325LYSLYSGLUGLU(chain 'C' and (resid 6 through 20 or resid 28...CC47 - 6363 - 79
326SERSERMETMET(chain 'C' and (resid 6 through 20 or resid 28...CC74 - 10290 - 118
327PHEPHELEULEU(chain 'C' and (resid 6 through 20 or resid 28...CC115 - 213131 - 229
328LEULEUASPASP(chain 'C' and (resid 6 through 20 or resid 28...CC217 - 242233 - 258
329ASPASPILEILE(chain 'C' and (resid 6 through 20 or resid 28...CC246 - 250262 - 266
330ILEILEASPASP(chain 'C' and (resid 6 through 20 or resid 28...CC253 - 283269 - 299
331PROPROTHRTHR(chain 'C' and (resid 6 through 20 or resid 28...CC290 - 302306 - 318
332GLUGLULEULEU(chain 'C' and (resid 6 through 20 or resid 28...CC306 - 327322 - 343
333ASNASNARGARG(chain 'C' and (resid 6 through 20 or resid 28...CC329 - 346345 - 362
434SERSERLEULEU(chain 'D' and (resid 6 through 20 or resid 28...DD6 - 2022 - 36
435THRTHRPROPRO(chain 'D' and (resid 6 through 20 or resid 28...DD28 - 4444 - 60
436LYSLYSGLUGLU(chain 'D' and (resid 6 through 20 or resid 28...DD47 - 6363 - 79
437SERSERMETMET(chain 'D' and (resid 6 through 20 or resid 28...DD74 - 10290 - 118
438PHEPHELEULEU(chain 'D' and (resid 6 through 20 or resid 28...DD115 - 213131 - 229
439LEULEUASPASP(chain 'D' and (resid 6 through 20 or resid 28...DD217 - 242233 - 258
440ASPASPILEILE(chain 'D' and (resid 6 through 20 or resid 28...DD246 - 250262 - 266
441ILEILEASPASP(chain 'D' and (resid 6 through 20 or resid 28...DD253 - 283269 - 299
442PROPROTHRTHR(chain 'D' and (resid 6 through 20 or resid 28...DD290 - 302306 - 318
443GLUGLULEULEU(chain 'D' and (resid 6 through 20 or resid 28...DD306 - 327322 - 343
444ASNASNARGARG(chain 'D' and (resid 6 through 20 or resid 28...DD329 - 346345 - 362
545SERSERLEULEU(chain 'E' and (resid 6 through 20 or resid 28...EE6 - 2022 - 36
546THRTHRPROPRO(chain 'E' and (resid 6 through 20 or resid 28...EE28 - 4444 - 60
547LYSLYSGLUGLU(chain 'E' and (resid 6 through 20 or resid 28...EE47 - 6363 - 79
548SERSERMETMET(chain 'E' and (resid 6 through 20 or resid 28...EE74 - 10290 - 118
549PHEPHELEULEU(chain 'E' and (resid 6 through 20 or resid 28...EE115 - 213131 - 229
550LEULEUASPASP(chain 'E' and (resid 6 through 20 or resid 28...EE217 - 242233 - 258
551ASPASPILEILE(chain 'E' and (resid 6 through 20 or resid 28...EE246 - 250262 - 266
552ILEILEASPASP(chain 'E' and (resid 6 through 20 or resid 28...EE253 - 283269 - 299
553PROPROTHRTHR(chain 'E' and (resid 6 through 20 or resid 28...EE290 - 302306 - 318
554GLUGLULEULEU(chain 'E' and (resid 6 through 20 or resid 28...EE306 - 327322 - 343
555ASNASNARGARG(chain 'E' and (resid 6 through 20 or resid 28...EE329 - 346345 - 362
656SERSERLEULEU(chain 'F' and (resid 6 through 20 or resid 28...FF6 - 2022 - 36
657THRTHRPROPRO(chain 'F' and (resid 6 through 20 or resid 28...FF28 - 4444 - 60
658LYSLYSGLUGLU(chain 'F' and (resid 6 through 20 or resid 28...FF47 - 6363 - 79
659SERSERMETMET(chain 'F' and (resid 6 through 20 or resid 28...FF74 - 10290 - 118
660PHEPHELEULEU(chain 'F' and (resid 6 through 20 or resid 28...FF115 - 213131 - 229
661LEULEUASPASP(chain 'F' and (resid 6 through 20 or resid 28...FF217 - 242233 - 258
662ASPASPILEILE(chain 'F' and (resid 6 through 20 or resid 28...FF246 - 250262 - 266
663ILEILEASPASP(chain 'F' and (resid 6 through 20 or resid 28...FF253 - 283269 - 299
664PROPROTHRTHR(chain 'F' and (resid 6 through 20 or resid 28...FF290 - 302306 - 318
665GLUGLULEULEU(chain 'F' and (resid 6 through 20 or resid 28...FF306 - 327322 - 343
666ASNASNARGARG(chain 'F' and (resid 6 through 20 or resid 28...FF329 - 346345 - 362
767SERSERLEULEU(chain 'G' and (resid 6 through 20 or resid 28...GG6 - 2022 - 36
768THRTHRPROPRO(chain 'G' and (resid 6 through 20 or resid 28...GG28 - 4444 - 60
769LYSLYSGLUGLU(chain 'G' and (resid 6 through 20 or resid 28...GG47 - 6363 - 79
770SERSERMETMET(chain 'G' and (resid 6 through 20 or resid 28...GG74 - 10290 - 118
771PHEPHELEULEU(chain 'G' and (resid 6 through 20 or resid 28...GG115 - 213131 - 229
772LEULEUASPASP(chain 'G' and (resid 6 through 20 or resid 28...GG217 - 242233 - 258
773ASPASPILEILE(chain 'G' and (resid 6 through 20 or resid 28...GG246 - 250262 - 266
774ILEILEASPASP(chain 'G' and (resid 6 through 20 or resid 28...GG253 - 283269 - 299
775PROPROTHRTHR(chain 'G' and (resid 6 through 20 or resid 28...GG290 - 302306 - 318
776GLUGLULEULEU(chain 'G' and (resid 6 through 20 or resid 28...GG306 - 327322 - 343
777ASNASNARGARG(chain 'G' and (resid 6 through 20 or resid 28...GG329 - 346345 - 362

-
要素

#1: タンパク質
FPS3


分子量: 42189.465 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eucommia ulmoides (トチュウ) / 遺伝子: FPS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L3KPU1

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, DL-Malic acid, Risedronate, MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.19 Å / Num. obs: 43925 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 116.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.96
反射 シェル解像度: 3.3→3.418 Å / Num. unique obs: 4399 / CC1/2: 0.66

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KK2

4kk2


解像度: 3.3→48.19 Å / SU ML: 0.725 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.9623
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3043 2193 5 %
Rwork0.2816 41706 -
obs0.2828 43899 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18385 0 0 0 18385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003718724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.785425310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04352916
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00413149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5066944
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.370.49381380.40112613X-RAY DIFFRACTION99.93
3.37-3.450.38171370.3922609X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.540.45281360.39922575X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.630.41211380.36832615X-RAY DIFFRACTION99.96
3.63-3.740.38311350.35522577X-RAY DIFFRACTION100
3.74-3.860.35991370.33722600X-RAY DIFFRACTION100
3.86-40.30441370.33272597X-RAY DIFFRACTION99.96
4-4.160.36281370.32752618X-RAY DIFFRACTION99.93
4.16-4.350.35871370.30722590X-RAY DIFFRACTION99.93
4.35-4.580.31811350.28132577X-RAY DIFFRACTION100
4.58-4.860.31091390.27252626X-RAY DIFFRACTION99.96
4.86-5.240.27721370.28542608X-RAY DIFFRACTION99.96
5.24-5.760.37131370.30692614X-RAY DIFFRACTION100
5.76-6.60.31291380.31662617X-RAY DIFFRACTION100
6.6-8.30.24781390.23772635X-RAY DIFFRACTION100
8.3-48.190.19671360.18752635X-RAY DIFFRACTION98.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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