PDB-7bur: Chalcone synthase from Glycine max (L.) Merr (soybean) complexed ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bur

タイトル

Chalcone synthase from Glycine max (L.) Merr (soybean) complexed with naringenin

要素

Chalcone synthase 1

キーワード

TRANSFERASE / Isoflavonoid / Flavonoid / Soybean / PLANT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Imaizumi, R. / Mameda, R. / Takeshita, K. / Waki, T. / Kubo, H. / Sakai, N. / Nakata, S. / Takahashi, S. / Kataoka, K. / Yamamoto, M. ...

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of chalcone synthase, a key enzyme for isoflavonoid biosynthesis in soybean.
著者: Imaizumi, R. / Mameda, R. / Takeshita, K. / Kubo, H. / Sakai, N. / Nakata, S. / Takahashi, S. / Kataoka, K. / Yamamoto, M. / Nakayama, T. / Yamashita, S. / Waki, T.

履歴

登録	2020年4月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bur.cif.gz	190.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bur.ent.gz	143.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/7bur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/7bur	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7busC 6dxaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xes-2 6dxb-2 6dxe-d 1d6i-2 1i88-1 1xet-2 1bi5-1 6dxb-1 1cgz-1 1z1e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chalcone synthase 1

B: Chalcone synthase 1

ヘテロ分子

90.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.640, 97.990, 157.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chalcone synthase 1 / Naringenin-chalcone synthase 1 分子量: 44648.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: CHS1 / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P24826, chalcone synthase
#2: 化合物	ChemComp-NAR / NARINGENIN 分子量: 272.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂O₅
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate (pH 5.6).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→47.73 Å / Num. obs: 1023907 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.35 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.181 / R_rim(I) all: 0.188 / Net I/σ(I): 15.76
反射シェル	解像度: 1.82→1.93 Å / 冗長度: 12.72 % / R_merge(I) obs: 1.868 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / Num. unique obs: 12199 / CC_1/2: 0.705 / R_rim(I) all: 1.946 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DXA

6dxa

解像度: 1.82→47.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.826 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1926	3904	5.089 %
R_work	0.1506	-	-
all	0.153	-	-
obs	-	76721	99.927 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.319 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.821 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.561 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→47.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5978	0	92	731	6801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	6377
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.633	1.644	8678
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.39	1.573	14026
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.663	5	817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.283	22.893	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.881	15	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.644	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	829
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	5614
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	3077
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.147	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.988	2.517	3208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.975	2.516	3207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.691	3.764	4042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.696	3.764	4043
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.964	3.138	3169
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.954	3.133	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.861	4.511	4635
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.86	4.513	4636
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.786	33.038	7308
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.705	32.351	7105

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.82-1.868	0.343	288	0.298	5253	0.3	5568	0.766	0.778	99.5151	0.285
1.868-1.919	0.283	254	0.245	5196	0.247	5450	0.848	0.856	100	0.222
1.919-1.974	0.252	275	0.208	5043	0.21	5318	0.878	0.892	100	0.181
1.974-2.035	0.232	289	0.19	4887	0.192	5176	0.916	0.924	100	0.16
2.035-2.102	0.218	274	0.172	4730	0.175	5004	0.926	0.937	100	0.143
2.102-2.175	0.186	254	0.153	4596	0.154	4850	0.946	0.954	100	0.126
2.175-2.257	0.178	244	0.141	4443	0.143	4687	0.957	0.962	100	0.117
2.257-2.349	0.217	215	0.137	4296	0.141	4511	0.943	0.965	100	0.113
2.349-2.453	0.198	211	0.138	4136	0.141	4347	0.953	0.964	100	0.116
2.453-2.573	0.183	194	0.134	3946	0.137	4140	0.961	0.969	100	0.115
2.573-2.711	0.204	208	0.134	3753	0.137	3961	0.952	0.969	100	0.116
2.711-2.875	0.2	191	0.139	3595	0.142	3786	0.955	0.969	100	0.121
2.875-3.073	0.195	168	0.148	3346	0.15	3515	0.956	0.967	99.9715	0.133
3.073-3.318	0.189	176	0.156	3121	0.158	3297	0.962	0.966	100	0.145
3.318-3.633	0.186	161	0.156	2925	0.157	3086	0.969	0.974	100	0.149
3.633-4.059	0.166	123	0.131	2635	0.133	2758	0.975	0.979	100	0.129
4.059-4.681	0.134	123	0.109	2361	0.11	2484	0.981	0.984	100	0.113
4.681-5.719	0.154	107	0.133	2004	0.134	2111	0.982	0.984	100	0.136
5.719-8.031	0.177	89	0.155	1599	0.156	1688	0.976	0.977	100	0.158
8.031-47.735	0.234	60	0.158	953	0.161	1015	0.94	0.973	99.803	0.175

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関連情報:EMDBヘッダ

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