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- PDB-7bup: Crystal structure of PCNA from pathogenic yeast Candida albicans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bup
タイトルCrystal structure of PCNA from pathogenic yeast Candida albicans
要素Proliferating cell nuclear antigen
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA polymerase processivity factor activity / DNA replication / DNA repair / cell cycle control
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA replication lagging strand elongation / PCNA complex / UV-damage excision repair / error-free translesion synthesis / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / nuclear replication fork / regulation of DNA replication / error-prone translesion synthesis / mismatch repair ...mitotic DNA replication lagging strand elongation / PCNA complex / UV-damage excision repair / error-free translesion synthesis / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / nuclear replication fork / regulation of DNA replication / error-prone translesion synthesis / mismatch repair / translesion synthesis / site of double-strand break / chromatin / DNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans SC5314 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者sundaram, R. / Vasudevan, D.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2021
タイトル: Structural analyses of PCNA from the fungal pathogen Candida albicans identify three regions with species-specific conformations.
著者: Sundaram, R. / Manohar, K. / Patel, S.K. / Acharya, N. / Vasudevan, D.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: Proliferating cell nuclear antigen
C: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4123
ポリマ－90,4123
非ポリマー00
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Homotrimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area33580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.520, 78.910, 150.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen


分子量: 30137.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans SC5314 (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: POL30, orf19.4616, CAALFM_C401770WA / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5AMN0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 % / 解説: Prism
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 % V/V Glycerol 24 % PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月18日
放射モノクロメーター: Water-cooled DCM with Si (111) or Si(220) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38.17 Å / Num. obs: 26417 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 48.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/av σ(I): 14.7 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2611 / CC1/2: 0.85 / Rpim(I) all: 0.244 / Rrim(I) all: 0.345 / % possible all: 99.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.29データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLM7.2.1データ削減
MOLREP11.5.06位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YHR

4yhr


解像度: 2.7→38.17 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 1274 4.82 %
Rwork0.2191 --
obs0.2215 26417 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.09 Å2 / Biso mean: 48.1907 Å2 / Biso min: 27.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→38.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5738 0 0 64 5802
Biso mean---43.34 -
残基数----741
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.7-2.810.40191360.30832731
2.81-2.940.35111450.27832763
2.94-3.090.32491120.26422778
3.09-3.280.36061500.25082756
3.28-3.540.27571370.23322753
3.54-3.890.2471480.20762777
3.89-4.460.25541590.19852798
4.46-5.610.20761290.18022841
4.62-5.810.23651580.21462946

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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