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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bul | ||||||
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タイトル | Solution structure of the tandem PH and BSD1 domains of TFIIH p62 | ||||||
要素 | General transcription factor IIH subunit 1 | ||||||
キーワード | NUCLEAR PROTEIN / DNA repair factor / general transcription factor / nucleotide excision repair | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / nuclear thyroid hormone receptor binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping ...transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / nuclear thyroid hormone receptor binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase I Transcription Initiation / transcription by RNA polymerase I / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / hormone-mediated signaling pathway / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / NoRC negatively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription by RNA polymerase II / DNA repair / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Okuda, M. / Nishimura, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021 タイトル: Structural and dynamical insights into the PH domain of p62 in human TFIIH. 著者: Okuda, M. / Ekimoto, T. / Kurita, J.I. / Ikeguchi, M. / Nishimura, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bul.cif.gz | 984.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bul.ent.gz | 831.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bul.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/7bul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/7bul | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18348.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal three residues GSH are artifacts. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H1, BTF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32780 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | 詳細: 20 mM KPB, 5 mM d-DTT / イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 bar / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |