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万見
- PDB-7bu5: Crystal Structure of Human SLX4 and MUS81 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bu5
タイトルCrystal Structure of Human SLX4 and MUS81
要素
  • MUS81 endonuclease homolog (Yeast), isoform CRA_b
  • Structure-specific endonuclease subunit SLX4
キーワードHYDROLASE / HhH domain / SAP domain / Telomere
機能・相同性
機能・相同性情報


Slx1-Slx4 complex / positive regulation of t-circle formation / 3'-flap endonuclease activity / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly ...Slx1-Slx4 complex / positive regulation of t-circle formation / 3'-flap endonuclease activity / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / resolution of meiotic recombination intermediates / positive regulation of telomere maintenance / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / enzyme activator activity / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / cell junction / DNA replication / chromosome, telomeric region / DNA repair / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Structure-specific endonuclease subunit Slx4 / Slx4 endonuclease / Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain ...Structure-specific endonuclease subunit Slx4 / Slx4 endonuclease / Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Restriction endonuclease type II-like / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Crossover junction endonuclease MUS81 / Structure-specific endonuclease subunit SLX4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wan, B. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: SLX4 control MUS81 endonuclease function in telomere through an intermolecular SAP domain
著者: Wan, B. / Wu, J. / Lei, M.
履歴
登録2020年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MUS81 endonuclease homolog (Yeast), isoform CRA_b
B: Structure-specific endonuclease subunit SLX4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7774
ポリマ－18,6272
非ポリマー1502
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.118, 59.118, 86.425
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1726-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MUS81 endonuclease homolog (Yeast), isoform CRA_b / cDNA FLJ44872 fis / clone BRAMY2022320 / highly similar to Crossover junction endonuclease MUS81


分子量: 11407.146 Da / 分子数: 1 / 断片: HhH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUS81, hCG_23303 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3KX63
#2: タンパク質 Structure-specific endonuclease subunit SLX4 / BTB/POZ domain-containing protein 12


分子量: 7219.599 Da / 分子数: 1 / 断片: SAP domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLX4, BTBD12, KIAA1784, KIAA1987 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IY92
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 % / Mosaicity: 0.367 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 25% w/v PEG 3350, 0.1M SPG (succinic acid: sodium dihydrogen phosphate: glycine, 2: 7: 7)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97983 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 16333 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 19.8 / Num. measured all: 149691
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.869.30.25416241.0161100
1.86-1.949.30.17316131.0851100
1.94-2.039.30.1216041.0651100
2.03-2.139.30.08516461.0311100
2.13-2.279.40.06416291.0491100
2.27-2.449.30.05716260.9311100
2.44-2.699.20.05316420.9931100
2.69-3.089.10.0416411.0051100
3.08-3.889.20.02616541.0381100
3.88-508.20.02116541.036196.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→33.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.539 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 827 5.1 %RANDOM
Rwork0.1687 ---
obs0.1705 15476 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.68 Å2 / Biso mean: 36.653 Å2 / Biso min: 17.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å2-0.2 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→33.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1123 0 10 85 1218
Biso mean--54.48 45.79 -
残基数----133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0121159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0081.6761556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0065131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.63217.16274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.96215222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3081520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02894
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.51231159
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.842 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 71 -
Rwork0.154 1112 -
obs--98.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4094-0.0566-0.06790.00920.01520.0396-0.02820.0105-0.02060.00160.00230.0079-0.00980.01620.02590.0183-0.005-0.00770.02780.00910.0197-1.212516.216-0.8563
20.2055-0.0896-0.03160.26660.10010.07650.01790.01360.0040.023-0.0090.0031-0.0146-0.0071-0.00890.0226-0.0010.00440.01650.00470.005417.343420.0374-8.1146
30000000000000000.0073000.007300.0073000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2B1558 - 1606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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