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- PDB-7btu: Crystal structure of TrmO from P. areuginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7btu
タイトルCrystal structure of TrmO from P. areuginosa
要素Putative tRNA (Adenine(37)-N6)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyl-transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (L-threonylcarbamoyladenosine(37)-C2) methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation
類似検索 - 分子機能
TrmO, C-terminal / TrmO C-terminal domain / Uncharacterised protein family UPF0066, conserved site / TsaA-like domain signature. / TrmO-like, N-terminal domain / YaeB-like superfamily / YaeB, N-terminal domain superfamily / YaeB-like / tRNA-methyltransferase O / TsaA-like domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Fan, C.P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570762 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TrmO
著者: Fan, C.P.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative tRNA (Adenine(37)-N6)-methyltransferase
B: Putative tRNA (Adenine(37)-N6)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1072
ポリマ－53,1072
非ポリマー00
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.903, 70.723, 127.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTYRTYR(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA1 - 107 - 16
12SERSERILEILE(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA13 - 2119 - 27
13GLNGLNLEULEU(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA24 - 6130 - 67
14SERSERASPASP(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA84 - 12990 - 135
15PROPROASPASP(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA132 - 142138 - 148
16ASNASNILEILE(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA145 - 147151 - 153
17ALAALAGLNGLN(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA150 - 162156 - 168
18ARGARGALAALA(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA165 - 167171 - 173
19HISHISVALVAL(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA170 - 178176 - 184
110LEULEUGLUGLU(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA181 - 183187 - 189
111LEULEUALAALA(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA186 - 187192 - 193
112PROPROPROPRO(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA199205
113ARGARGALAALA(chain 'A' and (resid -3 or resid 1 through 11...AA202 - 228208 - 234
214METMETTYRTYR(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB1 - 107 - 16
215SERSERILEILE(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB13 - 2119 - 27
216GLNGLNLEULEU(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB24 - 6130 - 67
217SERSERASPASP(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB84 - 12990 - 135
218PROPROASPASP(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB132 - 142138 - 148
219ASNASNILEILE(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB145 - 147151 - 153
220ALAALAGLNGLN(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB150 - 162156 - 168
221ARGARGALAALA(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB165 - 167171 - 173
222HISHISVALVAL(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB170 - 178176 - 184
223LEULEUGLUGLU(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB181 - 183187 - 189
224LEULEUALAALA(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB186 - 187192 - 193
225PROPROPROPRO(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB199205
226ARGARGALAALA(chain 'B' and (resid -2 or resid 1 through 11...BB202 - 228208 - 234

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要素

#1: タンパク質 Putative tRNA (Adenine(37)-N6)-methyltransferase / TrmO / UPF0066 protein / tRNA (N6-threonylcarbamoyladenosine(37)-N6)-methyltransferase TrmO


分子量: 26553.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: rcsF, tsaA, tsaA_3, C0044_25415, CAZ10_20550, DT376_18640, DY930_12780, E4V10_08585, IPC1481_19460, IPC1509_00145, IPC47_19985, IPC669_23210, PAMH19_1683, RW109_RW109_02414
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A080VNW8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 1.2 M K2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→47.41 Å / Num. obs: 40832 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 22.79 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.18 / Rsym value: 0.173 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.91→1.95 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 1.398 / Num. unique obs: 2645 / CC1/2: 0.798 / Rpim(I) all: 0.4 / Rrim(I) all: 1.455 / Rsym value: 1.398 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XQB

1xqb


解像度: 1.91→47.41 Å / SU ML: 0.2172 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.7049
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 1988 4.88 %
Rwork0.1861 38757 -
obs0.1881 40745 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→47.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3253 0 0 306 3559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01533348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30664579
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0967507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.66472331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.960.33661490.2892656X-RAY DIFFRACTION98.46
1.96-2.010.24581530.21162730X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.070.24291490.2042699X-RAY DIFFRACTION99.82
2.07-2.140.29741350.20182756X-RAY DIFFRACTION99.97
2.14-2.210.24391490.19672758X-RAY DIFFRACTION99.9
2.21-2.30.25941530.20232692X-RAY DIFFRACTION99.89
2.3-2.40.22521250.17722781X-RAY DIFFRACTION99.93
2.4-2.530.21581270.18282779X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.690.2491290.18432766X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.90.24041400.19752766X-RAY DIFFRACTION99.79
2.9-3.190.25651360.18742804X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.650.20321400.17352801X-RAY DIFFRACTION99.93
3.65-4.60.18341510.15382810X-RAY DIFFRACTION99.36
4.6-47.410.21911520.19132959X-RAY DIFFRACTION99.33
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.090726645590.4540401439640.7274550025521.42819531753-0.2939880743741.782974476940.08946811483120.138863933541-0.195253047281-0.008860297014620.01749359076740.02633945917860.2446185039180.0444278009148-0.08925745084780.116801232870.0266401625816-0.01220145968830.126313941972-0.0208505528010.153689334593-7.09452851805-8.2917474024314.9253395038
25.010919088190.344389949901-0.3047531313254.106048806040.09639086085471.94512296912-0.195695161911-0.6062743048970.1152706349650.5539504983870.298021083447-0.363014972433-0.1917543444620.190010254312-0.08119139390640.3114386007260.0474604802767-0.02935235608070.345646342239-0.05668830644250.207102276432-18.07779008122.6804340899822.2396310065
31.320481959690.1845147156161.165729725190.285006794048-0.2370990816511.91303112399-0.03096996238380.1843680841530.00201990589781-0.0188101536539-0.00885167064712-0.0740713965581-0.07397809668980.3382558068770.03731296999120.1371034049730.00636681973520.01686774275230.216203250763-0.01363792592770.1668770194811.93511489690.10952261668217.1902805602
42.160138434781.608904033290.08476780322495.69377103150.1432926144443.712920373350.114833118970.07162284445040.1720967241110.279188470701-0.20502321468-0.0597599252003-0.8297225753610.2491654257670.06963154143380.284248231063-0.01627390533310.0007438014692650.188649434248-0.01373478446920.1518417758817.068112484797.9894111085332.6843585569
53.94087158876-2.451873441792.192755254494.88760945408-2.286735205173.442564333990.270647914443-0.174905798342-0.632062420103-0.05391026340860.07831425671970.2868305199590.4812439764730.0792114488761-0.1878004705240.236683682656-0.0338957468588-0.0305897844720.2342752363870.02027842722520.279432096979-21.1040104892-13.260039387920.0729561599
62.235391261260.2984034863770.1856814775931.92926033925-0.1264126236663.04384192666-0.0117793322785-0.06975321381710.000338262609421-0.0993926506919-0.02435067355330.136835000964-0.149997145849-0.1611518744730.008340767831360.1438512101030.00816814087377-0.0190964300530.1439860271090.01043497615850.165737177673-25.77512652074.457561808246.40675859047
76.18985166171-2.70077529857-2.467921851035.108589570522.121634368313.837397640210.08806340282880.739258277801-0.706196559495-0.0702706877342-0.04268496957030.4133042553190.213632850033-0.09906952323590.0002403705243790.3069813487240.0191577535511-0.1019915175520.252823617644-0.1302241396210.302571438043-14.1917730454-14.35062250922.06742981192
80.7295475103550.7733273134930.4647594033482.123649412630.2727037755512.30570371666-0.01227185391650.03506575291610.0453734997649-0.0104949687597-0.01744880241210.0937035111465-0.1479566547780.05941268904860.0267253297220.125803751383-0.00850808540349-0.01778270183140.1261155623380.003335127784540.152082580475-22.263427414.241559364137.95395632799
92.82944081431-1.860030251452.945203760931.10023237946-1.117983065853.812048408470.356119253670.7573096618070.00683681939899-0.351756340218-0.192937110255-0.08736856585110.1952810280791.03744908134-0.1082444124470.270243622709-0.00374363660940.01371005142580.3414461240.01133745230290.182434128583-12.02373253172.85654836737-9.91804923123
105.88610706449-0.894888162157-4.053939637284.61244605104-1.730771023328.147683247670.07799513137990.529079418017-0.11787445055-0.232539209485-0.0559725520660.492606596797-0.282483119248-1.087410699680.07291061556210.175322895260.0612489124641-0.03490993323760.2112129257690.006422982186590.24932327711-39.37574425729.54831037091-14.6189231423
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 61 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 188 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 189 through 230 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -2 through 8 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 9 through 61 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 62 through 95 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 96 through 138 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 139 through 160 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 161 through 174 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 175 through 188 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 189 through 229 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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