PDB-7btm: SDR protein/resistance protein NapW

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7btm

タイトル

SDR protein/resistance protein NapW

要素

Short chain dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SDR / Rossmann / Resistance / NADPH / ANTIBIOTIC

機能・相同性

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / Short chain dehydrogenase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces lusitanus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08311646214 Å

データ登録者

Wen, W.H. / Tang, G.L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Reductive inactivation of the hemiaminal pharmacophore for resistance against tetrahydroisoquinoline antibiotics.
著者: Wen, W.H. / Zhang, Y. / Zhang, Y.Y. / Yu, Q. / Jiang, C.C. / Tang, M.C. / Pu, J.Y. / Wu, L. / Zhao, Y.L. / Shi, T. / Zhou, J. / Tang, G.L.

履歴

登録	2020年4月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7btm.cif.gz	958.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7btm.ent.gz	699.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7btm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7btm_validation.pdf.gz	502.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7btm_full_validation.pdf.gz	523.3 KB	表示
XML形式データ	7btm_validation.xml.gz	90.5 KB	表示
CIF形式データ	7btm_validation.cif.gz	130.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7btm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7btm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bsxC 2qq5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7btm-4 7btm-2 7btm-3 3bw3-1 4ej7-4 4jax-6 3bw4-1 3adu-2 1goz-d 6ip4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short chain dehydrogenase

B: Short chain dehydrogenase

C: Short chain dehydrogenase

D: Short chain dehydrogenase

E: Short chain dehydrogenase

F: Short chain dehydrogenase

G: Short chain dehydrogenase

H: Short chain dehydrogenase

290 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short chain dehydrogenase

D: Short chain dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Short chain dehydrogenase

C: Short chain dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Short chain dehydrogenase

H: Short chain dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.5 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Short chain dehydrogenase

G: Short chain dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.149, 134.438, 117.216
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.041, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121
Space group name Hall	P2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 311))	A	A	9 - 49	29 - 69
1	2	THR	THR	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 311))	A	A	60 - 107	80 - 127
1	3	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 311))	A	A	119 - 311	139 - 331
2	4	ALA	ALA	ARG	ARG	chain 'B'	B	B	9 - 49	29 - 69
2	5	THR	THR	ASN	ASN	chain 'B'	B	B	60 - 107	80 - 127
2	6	ASP	ASP	ARG	ARG	chain 'B'	B	B	119 - 311	139 - 331
3	7	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'C' and (resid 9 through 108 or resid 120 through 311))	C	C	9 - 49	29 - 69
3	8	THR	THR	ASP	ASP	(chain 'C' and (resid 9 through 108 or resid 120 through 311))	C	C	60 - 108	80 - 128
3	9	LYS	LYS	ARG	ARG	(chain 'C' and (resid 9 through 108 or resid 120 through 311))	C	C	120 - 311	140 - 331
4	10	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'D' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	D	D	9 - 49	29 - 69
4	11	THR	THR	ASP	ASP	(chain 'D' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	D	D	60 - 108	80 - 128
4	12	LYS	LYS	ARG	ARG	(chain 'D' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	D	D	120 - 311	140 - 331
5	13	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'E' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	E	E	9 - 49	29 - 69
5	14	THR	THR	ASP	ASP	(chain 'E' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	E	E	60 - 108	80 - 128
5	15	LYS	LYS	ARG	ARG	(chain 'E' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	E	E	120 - 311	140 - 331
6	16	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'F' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	F	F	9 - 49	29 - 69
6	17	THR	THR	ASP	ASP	(chain 'F' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	F	F	60 - 108	80 - 128
6	18	LYS	LYS	ARG	ARG	(chain 'F' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	F	F	120 - 311	140 - 331
7	19	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'G' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	G	G	9 - 49	29 - 69
7	20	THR	THR	ASP	ASP	(chain 'G' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	G	G	60 - 108	80 - 128
7	21	LYS	LYS	ARG	ARG	(chain 'G' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	G	G	120 - 311	140 - 331
8	22	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'H' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	H	H	9 - 49	29 - 69
8	23	THR	THR	ASP	ASP	(chain 'H' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	H	H	60 - 108	80 - 128
8	24	LYS	LYS	ARG	ARG	(chain 'H' and (resid 9 through 49 or resid 60 through 108 or resid 120 through 311))	H	H	120 - 311	140 - 331

#1: タンパク質	Short chain dehydrogenase 分子量: 36253.398 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lusitanus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: S4TKM8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.74 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS propane, 0.1 M Betaine hydrochloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 216044 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.778
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / Num. unique obs: 10828 / CC_1/2: 0.725

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QQ5

2qq5

解像度: 2.08311646214→41.3323979114 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 168.656879542 / 位相誤差: 28.5271919643

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249100877677	11084	5.19906938347 %
R_work	0.210211875541	-	-
obs	0.215636045666	213192	98.5139181546 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.1661354539 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08311646214→41.3323979114 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17583	0	0	1379	18962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00922730460594	17930
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.930300394483	24395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0507640230166	2741
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00700883574	3199
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.4079550218	10540

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0839-2.1198	0.396203201844	539	0.311750055415	9180	X-RAY DIFFRACTION	84.6316953996
2.1198-2.1584	0.340222569812	494	0.282078095652	9849	X-RAY DIFFRACTION	91.8236061906
2.1584-2.1998	0.283392491956	530	0.280897819356	10079	X-RAY DIFFRACTION	93.1171470806
2.1998-2.2447	0.300629475762	504	0.256422889576	10087	X-RAY DIFFRACTION	94.0425135186
2.2447-2.2935	0.271267655141	641	0.254888394193	10007	X-RAY DIFFRACTION	92.8465392466
2.2935-2.3468	0.301605094073	558	0.248180436561	10189	X-RAY DIFFRACTION	94.1508039179
2.3468-2.4055	0.285930115959	511	0.250392028315	10169	X-RAY DIFFRACTION	94.8954833893
2.4055-2.4705	0.263241804168	518	0.235143931777	10202	X-RAY DIFFRACTION	94.9288173444
2.4705-2.5431	0.239941520715	579	0.222939796907	10219	X-RAY DIFFRACTION	94.3582640813
2.5431-2.6251	0.247994150703	588	0.221434898146	10123	X-RAY DIFFRACTION	94.0974158766
2.6251-2.7188	0.26732115714	509	0.211592364245	10214	X-RAY DIFFRACTION	94.9432980108
2.7188-2.8276	0.23847689067	521	0.210636439748	10188	X-RAY DIFFRACTION	94.6664188812
2.8276-2.9561	0.269233813165	597	0.205535357646	10199	X-RAY DIFFRACTION	94.2693409742
2.9561-3.1117	0.243904286426	508	0.207088413612	10242	X-RAY DIFFRACTION	95.0974930362
3.1117-3.3063	0.217320135975	619	0.194014648989	10182	X-RAY DIFFRACTION	94.1122100009
3.3063-3.561	0.223670460889	513	0.189378592911	10299	X-RAY DIFFRACTION	94.9216589862
3.561-3.9183	0.227382492896	515	0.180105934746	10241	X-RAY DIFFRACTION	94.8240740741
3.9183-4.4829	0.214611910417	603	0.173923345582	10201	X-RAY DIFFRACTION	93.9491619083
4.4829-5.6387	0.218709051794	610	0.180837214586	10117	X-RAY DIFFRACTION	93.2270549208
5.6387-26.1886	0.295159387066	522	0.255155997046	10173	X-RAY DIFFRACTION	92.3558783477

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