PDB-7btl: Mevo lectin complex with mannopentose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7btl

タイトル

Mevo lectin complex with mannopentose

要素

lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism I fold lectin / Archeal lectin / heptamer / ring shape structure

機能・相同性

Jacalin-like lectin domain superfamily / 6alpha-alpha-mannobiose / alpha-D-mannopyranose / Jacalin-type lectin domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Methanococcus voltae (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Sivaji, N. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Structural and related studies on Mevo lectin from Methanococcus voltae A3: the first thorough characterization of an archeal lectin and its interactions.
著者: Sivaji, N. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.

履歴

登録	2020年4月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7btl.cif.gz	204.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7btl.ent.gz	163.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7btl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7btl_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7btl_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	7btl_validation.xml.gz	41 KB	表示
CIF形式データ	7btl_validation.cif.gz	55.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7btl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7btl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bsbC 7bsmC 7bsnC 7bt8SC 7bt9C 7bthC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bt8-d 7bsm-1 7bsn-2 7bsn-1 7bsb-1 7bt9-2 7bt9-1 7ded-d 7bsb-2 7bsm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

B: lectin

G: lectin

A: lectin

D: lectin

E: lectin

F: lectin

C: lectin

ヘテロ分子

110 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.830, 168.940, 169.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 7分子 BGADEFC

#1: タンパク質	lectin 分子量: 15210.124 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus voltae (strain ATCC BAA-1334 / A3) (古細菌) 株: ATCC BAA-1334 / A3 / 遺伝子: Mvol_0737 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7DTD6

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a3-b1_a6-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1/a3-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose / 6alpha-alpha-mannobiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6alpha-alpha-mannobiose

#5: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 2種, 164分子

#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: 6%(v/v) Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 25%(w/v) polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→85.04 Å / Num. obs: 71908 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 10315 / CC_1/2: 0.75 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BT8

7bt8

解像度: 2.25→85.034 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2949	3567	4.966 %
R_work	0.2527	68258	-
all	0.255	-	-
obs	-	71825	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.851 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.726 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.886 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→85.034 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7396	0	244	163	7803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	7784
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.018	7107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.124	1.686	10531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.515	1.636	16578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.721	5	971
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.595	24.713	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.821	15	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.301	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.569	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	8445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.226	0.2	6667
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	3745
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	3574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.164	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.254	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.254	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.44	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.052	3.412	3908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.05	3.412	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.356	5.101	4871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.355	5.102	4872
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.3	3.835	3876
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.3	3.835	3877
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.53	5.621	5660
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.529	5.621	5661
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.553	66.051	31437
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.553	66.055	31405
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.104	0.05	3908
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.072	0.05	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.087	0.05	4132
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.085	0.05	4133
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.07	0.05	4208
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.085	0.05	4118
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.112	0.05	3864
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.108	0.05	3915
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.099	0.05	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.101	0.05	3940
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.094	0.05	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.097	0.05	4075
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.09	0.05	4102
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.079	0.05	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.091	0.05	4073
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.095	0.05	4100
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.082	0.05	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.081	0.05	4135
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.071	0.05	4170
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.081	0.05	4101
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.075	0.05	4130

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.308	0.343	251	0.333	4936	X-RAY DIFFRACTION	99.9422
2.308-2.372	0.394	263	0.328	4852	X-RAY DIFFRACTION	99.9414
2.372-2.44	0.347	231	0.312	4732	X-RAY DIFFRACTION	99.9597
2.44-2.515	0.362	241	0.312	4564	X-RAY DIFFRACTION	99.9376
2.515-2.598	0.318	248	0.288	4493	X-RAY DIFFRACTION	99.9578
2.598-2.689	0.336	208	0.297	4309	X-RAY DIFFRACTION	99.9336
2.689-2.791	0.374	240	0.291	4110	X-RAY DIFFRACTION	99.9081
2.791-2.904	0.347	207	0.275	4051	X-RAY DIFFRACTION	99.9765
2.904-3.033	0.353	196	0.272	3878	X-RAY DIFFRACTION	99.9755
3.033-3.181	0.308	182	0.257	3692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.181-3.353	0.314	201	0.267	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
3.353-3.557	0.288	173	0.264	3330	X-RAY DIFFRACTION	99.9715
3.557-3.802	0.313	154	0.267	3167	X-RAY DIFFRACTION	100
3.802-4.106	0.275	139	0.228	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
4.106-4.498	0.213	155	0.19	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.498-5.028	0.209	149	0.178	2461	X-RAY DIFFRACTION	100
5.028-5.804	0.276	124	0.206	2212	X-RAY DIFFRACTION	100
5.804-7.104	0.231	90	0.192	1890	X-RAY DIFFRACTION	100
7.104-10.029	0.162	80	0.189	1497	X-RAY DIFFRACTION	99.9366
10.029-14.754	0.383	35	0.265	905	X-RAY DIFFRACTION	99.8937

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 7分子 BGADEFC

-
糖 , 4種, 8分子

-
非ポリマー , 2種, 164分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 7分子 BGADEFC

-糖 , 4種, 8分子

-非ポリマー , 2種, 164分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 7分子 BGADEFC

-
糖 , 4種, 8分子

-
非ポリマー , 2種, 164分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)