PDB-7ded: Mevo lectin complex with mannoheptose (Man7)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ded

タイトル

Mevo lectin complex with mannoheptose (Man7)

要素

lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism I fold / Mevo lectin / heptamer / ring shape structure

機能・相同性

Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta / alpha-D-mannopyranose / Jacalin-type lectin domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Methanococcus voltae (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.228 Å

データ登録者

Sivaji, N. / Surolia, A. / Vijayan, M.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Mevo lectin specificity toward high-mannose structures with terminal alpha Man(1,2) alpha Man residues and its implication to inhibition of the entry of Mycobacterium tuberculosis into macrophages.
著者: Sivaji, N. / Harish, N. / Singh, S. / Singh, A. / Vijayan, M. / Surolia, A.

履歴

登録	2020年11月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ded.cif.gz	199.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ded.ent.gz	161.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ded.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7ded ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7ded	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bsbS 7bsm 7bsn 7bt8 7bt9 7bth 7btl S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7btl-d 7bsm-1 7bt8-d 7bsn-2 7bsb-1 7bsn-1 7bt9-2 7bt9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

D: lectin

E: lectin

A: lectin

B: lectin

C: lectin

G: lectin

F: lectin

ヘテロ分子

111 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.350, 168.350, 104.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質

lectin

分子量: 15210.124 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanococcus voltae (strain ATCC BAA-1334 / A3) (古細菌)
株: ATCC BAA-1334 / A3 / 遺伝子: Mvol_0737 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7DTD6

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1/a3-b1_a6-e1_b2-c1_c2-d1_e3-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 25 % (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年4月14日
放射	モノクロメーター: Cu K / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→61.18 Å / Num. obs: 73523 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.6 Å² / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.39 / R_pim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.23→2.35 Å / 冗長度: 17.6 % / R_merge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 10366 / CC_1/2: 0.524 / R_pim(I) all: 0.196 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BSB

7bsb

解像度: 2.228→59.592 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.897 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / WR_factor R_free: 0.238 / WR_factor R_work: 0.217 / Average fsc free: 0.8348 / Average fsc work: 0.841 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2667	3622	4.929 %
R_work	0.2465	69860	-
all	0.248	-	-
obs	-	73482	99.383 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.837 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.494 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.494 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.988 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.228→59.592 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7427	0	273	127	7827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	7831
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.018	7224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.689	1.685	10558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.405	1.628	16854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.597	5	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.082	24.606	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.75	15	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.407	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.002	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	8471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	6387
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	3776
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.094	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.124	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.355	2.018	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.355	2.017	3908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.837	3.016	4874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.837	3.017	4875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.542	2.284	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.542	2.284	3923
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.972	3.331	5684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.972	3.331	5685
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.588	23.279	7825
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.588	23.284	7822

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.228-2.286	0.396	220	0.383	4746	X-RAY DIFFRACTION	91.8439
2.286-2.348	0.375	257	0.347	4968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.348-2.416	0.348	243	0.337	4873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.416-2.491	0.378	239	0.339	4735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.491-2.572	0.315	242	0.319	4590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.572-2.662	0.324	215	0.316	4447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.662-2.763	0.344	211	0.3	4328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.763-2.876	0.293	226	0.276	4112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.876-3.003	0.285	188	0.25	3998	X-RAY DIFFRACTION	99.9284
3.003-3.15	0.256	222	0.243	3770	X-RAY DIFFRACTION	99.9499
3.15-3.32	0.235	191	0.214	3613	X-RAY DIFFRACTION	99.9474
3.32-3.521	0.218	192	0.191	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
3.521-3.764	0.221	161	0.196	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
3.764-4.066	0.23	132	0.175	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
4.066-4.453	0.19	151	0.164	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
4.453-4.978	0.163	153	0.141	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
4.978-5.746	0.167	118	0.16	2257	X-RAY DIFFRACTION	100
5.746-7.034	0.233	110	0.194	1936	X-RAY DIFFRACTION	100
7.034-9.93	0.213	98	0.213	1519	X-RAY DIFFRACTION	100
9.93-11.9041	0.342	53	0.333	903	X-RAY DIFFRACTION	99.2731

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)