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万見
- PDB-7bsk: Crystal structure of human ME2 R67Q mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bsk
タイトルCrystal structure of human ME2 R67Q mutant
要素NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / malate dehydrogenase / NAD-dependent malic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / Pyruvate metabolism / Mitochondrial protein degradation ...malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / Pyruvate metabolism / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / electron transfer activity / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Chen, W.L. / Tai, S.C. / Hung, H.C. / Ho, M.C.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Single nucleotide variants lead to dysregulation of the human mitochondrial NAD(P) + -dependent malic enzyme.
著者: Hsieh, J.Y. / Yang, H.P. / Tewary, S.K. / Cheng, H.C. / Liu, Y.L. / Tai, S.C. / Chen, W.L. / Hsu, C.H. / Huang, T.J. / Chou, C.J. / Huang, Y.N. / Peng, C.T. / Ho, M.C. / Liu, G.Y. / Hung, H.C.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,6086
ポリマ－126,9542
非ポリマー2,6544
水1,67593
1
A: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子

A: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,21512
ポリマ－253,9084
非ポリマー5,3078
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
Buried area19390 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area83810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.848, 191.411, 58.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial / NAD-ME / Malic enzyme 2


分子量: 63476.922 Da / 分子数: 2 / 変異: R67Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ME2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P23368, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG20000 6.575% MPD(v/v) 5% MES (pH=6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→30 Å / Num. obs: 44503 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 213224
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.54-2.634.90.70843920.8340.3530.7930.96299.5
2.63-2.744.90.54244350.8910.270.6060.961100
2.74-2.864.90.37244290.9420.1850.4170.979100
2.86-3.014.90.25944100.9710.1290.2910.978100
3.01-3.24.90.16544660.9870.0820.1850.987100
3.2-3.454.90.10744610.9940.0540.120.95100
3.45-3.794.90.06444730.9970.0320.0721.036100
3.79-4.344.70.04644960.9970.0240.0521.25499.6
4.34-5.464.60.03345070.9980.0170.0370.92798.9
5.46-304.30.02244340.9990.0120.0250.54792.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1efl

1efl


解像度: 2.55→29.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 13.293 / SU ML: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.143 / ESU R Free: 0.36
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2778 1999 5 %RANDOM
Rwork0.2261 ---
obs0.2287 38081 90.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.57 Å2 / Biso mean: 40.933 Å2 / Biso min: 18.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8624 0 176 94 8894
Biso mean--85.29 31.19 -
残基数----1094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0138999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0178420
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3781.67912215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1781.58819544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.58551092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.84422.149456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.341151546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5721560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021890
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 90 -
Rwork0.315 1709 -
all-1799 -
obs--55.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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