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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bsb | ||||||
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タイトル | Mevo lectin- Native form-2 | ||||||
![]() | lectin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism I fold lectin / Archeal lectin / heptamer / ring shape structure | ||||||
機能・相同性 | Jacalin-like lectin domain superfamily / Jacalin-type lectin domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sivaji, N. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and related studies on Mevo lectin from Methanococcus voltae A3: the first thorough characterization of an archeal lectin and its interactions. 著者: Sivaji, N. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 373.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 304.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 554.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 571.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 92.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15783.812 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-1334 / A3 / 遺伝子: Mvol_0737 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 6%(v/v) Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 25%(w/v) polyethylene glycol 4000 PH範囲: 5.8-7.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→96.12 Å / Num. obs: 102790 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 14786 / CC1/2: 0.828 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ZNO 解像度: 2.45→70.599 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / WRfactor Rfree: 0.27 / WRfactor Rwork: 0.231 / Average fsc free: 0.8751 / Average fsc work: 0.8953 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.266 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.684 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→70.599 Å
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拘束条件 |
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