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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bs5 | ||||||
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タイトル | Bovine Pancreatic Trypsin with 6-Methoxytryptamine (Cryo) | ||||||
![]() | Cationic trypsin | ||||||
![]() | HYDROLASE / microfluidic device / crystal sorting / room temperature | ||||||
機能・相同性 | ![]() trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maeki, M. / Ito, S. / Takeda, R. / Funakubo, T. / Ueno, G. / Ishida, A. / Tani, H. / Yamamoto, M. / Tokeshi, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Room-temperature crystallography using a microfluidic protein crystal array device and its application to protein-ligand complex structure analysis. 著者: Maeki, M. / Ito, S. / Takeda, R. / Ueno, G. / Ishida, A. / Tani, H. / Yamamoto, M. / Tokeshi, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 682.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 683.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7brvC ![]() 7brwC ![]() 7brxC ![]() 7bryC ![]() 7brzC ![]() 7bs0C ![]() 7bs1C ![]() 7bs2C ![]() 7bs3C ![]() 7bs4C ![]() 7bs6C ![]() 7bs7C ![]() 7bs8C ![]() 7bs9C ![]() 7bsaC ![]() 1s0qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-F5X / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.17→39.49 Å / Num. obs: 134160 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.223 % / Biso Wilson estimate: 15.448 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 15.39 / Num. measured all: 969101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1s0q 解像度: 1.17→39.49 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.19
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 47.79 Å2 / Biso mean: 15.061 Å2 / Biso min: 6.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.17→39.49 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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