PDB-7bru: Crystal structure of human RTN3 LIR fused to human GABARAP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bru

タイトル

Crystal structure of human RTN3 LIR fused to human GABARAP

要素

Reticulon-3,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / autophagy / endoplasmic reticulum

機能・相同性

機能・相同性情報

endoplasmic reticulum tubular network formation / endoplasmic reticulum tubular network organization / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / Synaptic adhesion-like molecules / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.149 Å

データ登録者

Yamasaki, A. / Noda, N.N.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Super-assembly of ER-phagy receptor Atg40 induces local ER remodeling at contacts with forming autophagosomal membranes.
著者: Mochida, K. / Yamasaki, A. / Matoba, K. / Kirisako, H. / Noda, N.N. / Nakatogawa, H.

履歴

登録	2020年3月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bru.cif.gz	184.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bru.ent.gz	148.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/7bru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/7bru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7brnC 7brqC 7brtC 1gnuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jps-d 5gjc-d 5vi7-d 5rhk-d 5rhy-d 7ay4-d 5ffm-d 7jno-d 2gr0-d 1yks-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reticulon-3,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

B: Reticulon-3,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

C: Reticulon-3,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

ヘテロ分子

49.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.418, 137.418, 67.444
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-93- ARG
2	1	B-201- PO4

#1: タンパク質	Reticulon-3,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Homolog of ASY protein / HAP / Neuroendocrine-specific protein-like 2 / NSP-like protein 2 / ...Homolog of ASY protein / HAP / Neuroendocrine-specific protein-like 2 / NSP-like protein 2 / Neuroendocrine-specific protein-like II / NSPLII / GABA(A) receptor-associated protein / MM46 分子量: 16225.479 Da / 分子数: 3 / 変異: F3S,V4T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RTN3, GABARAP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95197, UniProt: O95166
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8 M potassium phosphate monobasic, 0.8 M sodium phosphate monobasic, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.149→48.131 Å / Num. obs: 35698 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 47.13 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.07233 / R_pim(I) all: 0.02083 / R_rim(I) all: 0.07533 / Net I/σ(I): 20.14
反射シェル	解像度: 2.149→2.226 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.8381 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique obs: 3473 / CC_1/2: 0.935 / CC star: 0.983 / R_pim(I) all: 0.2356 / R_rim(I) all: 0.8711 / % possible all: 99.28

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GNU

1gnu

解像度: 2.149→48.131 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.77

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2299	1785	5 %
R_work	0.2062	-	-
obs	0.2074	35689	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.149→48.131 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3272	0	30	96	3398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3381
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.866	4583
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.386	2017
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	481
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	596

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.149-2.2067	0.3391	132	0.2805	2522	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2067-2.2717	0.2841	135	0.2498	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2717-2.345	0.2831	136	0.2405	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.345-2.4288	0.2676	135	0.2319	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4288-2.5261	0.2689	136	0.2395	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5261-2.641	0.2621	136	0.2441	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.641-2.7802	0.251	136	0.235	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7802-2.9544	0.2316	136	0.2345	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9544-3.1825	0.2547	138	0.2326	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1825-3.5026	0.2294	137	0.2079	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5026-4.0093	0.2271	139	0.1996	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0093-5.0504	0.1934	140	0.1633	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0504-48.131	0.2131	149	0.1976	2813	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6128	-0.3473	-3.273	4.6244	0.4027	5.6442	0.0732	0.2392	0.3342	-0.1354	0.0258	-0.576	-0.1496	0.1262	-0.0361	0.4315	-0.0511	-0.0103	0.302	0.0395	0.4977	31.3814	-57.9389	1.4234
2	3.6383	-3.0084	-5.9963	2.4475	4.9387	9.9272	-0.4635	-0.9923	-0.8174	-0.5162	-0.0495	0.3553	2.2727	0.1319	0.3642	0.7851	-0.0396	0.091	0.5302	0.1494	0.6304	21.7106	-56.2208	18.9865
3	9.0583	-1.2658	2.87	4.0659	-0.7441	4.4743	0.0476	-0.2203	-0.8116	0.1161	-0.0196	0.3361	0.4542	0.0276	-0.0072	0.4385	-0.0385	-0.0091	0.4203	0.0871	0.5774	6.3106	-59.496	25.059
4	4.4228	1.3036	-2.5388	3.0429	-0.7279	1.3216	0.3503	-0.1787	0.2362	0.0394	-0.1553	0.2208	-0.1553	0.0434	-0.1896	0.3141	0.0124	-0.0081	0.3579	0.0425	0.34	9.0501	-45.873	22.0785
5	8.927	1.8238	5.3903	2.1646	1.4785	3.3455	0.314	0.3279	1.1107	0.3528	-0.6415	0.1441	-0.0611	0.9549	0.4146	0.4757	-0.0438	0.0348	0.4553	0.0349	0.5427	9.4409	-36.8599	18.9555
6	3.5049	-0.6428	-0.1495	2.5277	4.4059	8.1986	0.5025	0.3954	1.8261	0.174	-0.6135	-0.2952	-0.753	-0.1244	0.0253	0.5392	-0.0841	0.0755	0.5635	0.0622	0.9246	17.6211	-34.58	19.89
7	4.1758	1.6148	-0.3219	5.0287	-0.8662	3.6	-0.039	0.27	-0.4055	-0.4922	0.162	-0.1607	0.1009	0.2346	-0.1257	0.3719	0.0047	0.0197	0.3527	-0.0388	0.3944	13.678	-49.7444	14.6981
8	5.5764	0.5317	3.6252	1.298	-1.8973	6.3832	-0.6957	0.083	0.7081	0.1762	0.6924	0.2741	0.1183	0.4993	-0.0451	1.8945	0.3102	-0.7648	1.2366	0.2432	1.2142	12.6677	-20.8877	-12.0448
9	4.1561	5.1612	0.5803	6.4401	1.0892	4.7284	-1.0447	1.751	-0.3197	-2.1303	1.5154	-0.0675	-3.0228	-0.0483	-0.2299	1.8485	-0.0857	-0.3165	1.1537	-0.1703	1.1553	23.7335	-31.639	-14.6167
10	4.8267	-0.256	-3.8587	4.9235	2.9017	5.6704	-0.2376	0.6783	0.0814	-0.3163	-0.091	-0.1311	-0.5786	0.0423	0.2902	0.7302	-0.3198	0.0046	0.7107	0.0673	0.4152	38.822	-40.6315	-10.1856
11	5.9326	7.1976	-3.9705	9.4607	-4.2016	3.5383	-0.3599	0.506	0.0718	-0.7225	0.3971	0.0209	-0.0658	0.1859	-0.0336	0.6513	-0.1968	0.0627	0.5645	-0.0487	0.352	34.486	-53.5243	-16.1109
12	3.0484	1.7553	-0.5332	4.7713	1.848	3.0173	-0.2112	0.1289	0.1902	-0.3084	0.1388	0.2796	-0.1528	-0.0065	0.0507	0.3869	-0.0646	-0.0197	0.3357	0.0479	0.3352	29.869	-45.2589	-0.1132
13	2.9432	-0.5659	1.398	8.6177	-5.6385	6.5505	0.2013	-0.1422	-0.0487	0.1784	-0.2502	0.2348	-0.1906	0.3135	-0.058	0.3264	0.0234	0.0438	0.4938	0.0345	0.4757	-0.3679	-42.0335	21.6425
14	1.1116	0.8643	-0.7963	0.8776	-1.098	1.6425	0.6022	0.8496	1.5482	-0.0407	-0.342	0.9057	-0.6126	0.2567	-0.4302	0.8085	0.2285	-0.0843	0.7547	-0.2475	1.9649	2.8507	-24.0531	12.2605
15	2.0779	0.2829	0.1979	0.3907	0.2452	1.9973	-0.407	0.3467	1.5294	-0.8222	0.2117	1.1973	-0.3589	0.0569	0.0983	1.2144	0.2111	-0.5124	1.085	0.0701	1.9875	-1.3705	-17.4542	-3.7064
16	5.035	-1.583	1.6323	5.3113	0.6482	5.0352	-0.649	0.0355	0.1396	-0.8385	0.1151	1.2455	-0.6303	-0.3208	0.2968	0.9678	0.0699	-0.3106	0.7262	0.0831	1.1606	11.332	-20.9272	-0.6689
17	4.5474	-2.9655	1.0357	4.4437	1.3095	2.2818	-0.5112	-0.1261	0.1011	-1.4351	-0.0095	2.5171	-0.5563	-0.2623	0.3732	0.8442	0.0479	-0.334	0.5625	0.1008	1.2451	17.2849	-27.9912	-0.6287
18	1.6217	-1.0328	-0.8464	1.0471	-0.1429	1.6623	-0.11	-0.2328	0.2492	-0.1233	0.1917	1.3355	0.3846	-1.0817	-0.0461	0.957	-0.039	-0.5561	1.1752	0.2693	2.1073	4.3784	-33.284	-3.335
19	3.7324	-0.3541	-1.3389	0.2572	0.2086	0.9447	-0.1886	-0.2468	-1.0846	0.2071	0.6024	2.9313	-0.061	-0.3175	-0.3994	0.8912	0.2322	-0.071	0.7592	0.2899	1.8964	8.0248	-25.0539	4.9008

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 25 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 46 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 47 through 78 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 79 through 90 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 91 through 101 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 102 through 138 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 4 through 11 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 12 through 19 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 32 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 33 through 46 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 47 through 138 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 18 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 19 through 25 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 26 through 46 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 47 through 69 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 70 through 112 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 113 through 120 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 121 through 138 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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