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- PDB-7bqg: Complex structure of SAV1 and Dendrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bqg
タイトルComplex structure of SAV1 and Dendrin
要素Protein salvador homolog 1,Dendrin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Hippo pathway (Hippoシグナル伝達経路) / WW domain (WWドメイン) / SAV1 / Dendrin
機能・相同性
機能・相同性情報


keratinocyte apoptotic process / Signaling by Hippo / intestinal epithelial cell differentiation / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / lung epithelial cell differentiation / hippo signaling / regulation of organ growth / dendritic spine membrane ...keratinocyte apoptotic process / Signaling by Hippo / intestinal epithelial cell differentiation / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / lung epithelial cell differentiation / hippo signaling / regulation of organ growth / dendritic spine membrane / cardiac muscle cell proliferation / ventricular septum morphogenesis / hair follicle development / positive regulation of fat cell differentiation / keratinocyte differentiation / epithelial cell proliferation / cell projection / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / postsynaptic membrane / perikaryon / molecular adaptor activity / protein stabilization / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / 樹状突起 / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dendrin / Scaffold protein salvador / Nephrin and CD2AP-binding protein, Dendrin / SARAH domain / SARAH domain profile. / WWドメイン / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WWドメイン
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Dendrin / Protein salvador homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55010861961 Å
データ登録者Lin, Z. / Zhang, M.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC) 香港
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: A WW Tandem-Mediated Dimerization Mode of SAV1 Essential for Hippo Signaling.
著者: Lin, Z. / Xie, R. / Guan, K. / Zhang, M.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein salvador homolog 1,Dendrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4384
ポリマ－10,3201
非ポリマー1173
水1,65792
1
A: Protein salvador homolog 1,Dendrin
ヘテロ分子

A: Protein salvador homolog 1,Dendrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8758
ポリマ－20,6412
非ポリマー2356
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z+1/21
Buried area4230 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.803, 43.084, 99.385
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

K

21A-303-

K

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要素

#1: タンパク質 Protein salvador homolog 1,Dendrin / 45 kDa WW domain protein / mWW45


分子量: 10320.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sav1, Ww45, Wwp3, Ddn, Gm748, Kiaa0749 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VEB2, UniProt: Q80TS7
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.88 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2% w/v PEG 2000 MME and 100 mM BIS-TRIS propane (pH 9.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 11875 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 12.8744218645 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 39.1
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Num. unique obs: 599 / CC1/2: 0.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BQF

7bqf


解像度: 1.55010861961→49.6925 Å / SU ML: 0.149561517705 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.1462025962
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216578983246 1189 10.0126315789 %
Rwork0.177694973739 --
obs0.181655015371 11875 95.220912517 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.5003240728 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55010861961→49.6925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数696 0 3 92 791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00624081380489753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03131247291043
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037720092214297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521105024004139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1452183019271
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5502-1.62070.2697638954351240.2261281519721096X-RAY DIFFRACTION79.2722547109
1.6207-1.70610.271494715081390.192501708671272X-RAY DIFFRACTION92.3429319372
1.7061-1.8130.2463161694041480.1761827590481318X-RAY DIFFRACTION95.5671447197
1.813-1.9530.2244942620831510.1739210871671349X-RAY DIFFRACTION97.0245795602
1.953-2.14950.2008243821431530.1611185123741370X-RAY DIFFRACTION99.3476842792
2.1495-2.46060.2079246788061540.1883167573051387X-RAY DIFFRACTION98.7820512821
2.4606-3.10.2477124739731560.2003697294591412X-RAY DIFFRACTION99.872611465
3.1-490.1871014137221640.1595662675121482X-RAY DIFFRACTION99.0969295605
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.4734067236 Å / Origin y: 12.2274488768 Å / Origin z: 17.0675130407 Å
111213212223313233
T0.0918675070246 Å20.0108181817598 Å2-0.0053059500598 Å2-0.106702545478 Å20.00328914767923 Å2--0.120246215607 Å2
L0.0921946759338 °2-0.0694245414299 °2-0.337143663745 °2-0.206491020959 °20.157191144039 °2--1.22545382743 °2
S0.0316861378955 Å °-0.0101535419496 Å °-0.0383063312652 Å °-0.00596067531414 Å °-0.0116562721868 Å °0.00915819934473 Å °-0.0468093238617 Å °-0.0844047060775 Å °-0.024930326036 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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