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- PDB-7bpi: The crystal structue of PDE10A complexed with 14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bpi
タイトルThe crystal structue of PDE10A complexed with 14
要素cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
キーワードHYDROLASE / PDE10A inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP binding / cAMP-mediated signaling / G alpha (s) signalling events / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain ...3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DZU / cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.40008632403 Å
データ登録者Yang, Y. / Zhang, S. / Zhou, Q. / Huang, Y.-Y. / Guo, L. / Luo, H.-B.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21572279 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21708052 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21877134 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81602955 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81703341 中国
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2020
タイトル: Discovery of highly selective and orally available benzimidazole-based phosphodiesterase 10 inhibitors with improved solubility and pharmacokinetic properties for treatment of pulmonary ...タイトル: Discovery of highly selective and orally available benzimidazole-based phosphodiesterase 10 inhibitors with improved solubility and pharmacokinetic properties for treatment of pulmonary arterial hypertension.
著者: Yang, Y. / Zhang, S. / Zhou, Q. / Zhang, C. / Gao, Y. / Wang, H. / Li, Z. / Wu, D. / Wu, Y. / Huang, Y.Y. / Guo, L. / Luo, H.B.
履歴
登録2020年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2777
ポリマ－74,5802
非ポリマー6975
水2,126118
1
A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8974
ポリマ－37,2901
非ポリマー6073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14180 Å2
手法PISA
2
B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3803
ポリマ－37,2901
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.941, 81.683, 162.493
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A


分子量: 37289.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-DZU / 8-[(E)-2-[5-methyl-1-[3-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]phenyl]benzimidazol-2-yl]ethenyl]quinoline


分子量: 517.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H35N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes (pH 7.5), 0.2 M MgCl2, 18% PEG 3350, 50 mM 2-mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION NOVA / 波長: 1.5405 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5405 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.26 Å / Num. obs: 26047 / % possible obs: 97.46 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2585 / CC1/2: 0.862 / Rpim(I) all: 0.238 / Rrim(I) all: 0.448 / % possible all: 98.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
CrysalisPro38.41データ削減
CrysalisPro38.41データスケーリング
PHASER1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OUP

2oup


解像度: 2.40008632403→19.2569261677 Å / SU ML: 0.509610378013 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02337049618 / 位相誤差: 33.7416997652
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325599406744 1305 5.01017391638 %
Rwork0.251830445571 --
obs0.255562701596 26047 97.463049579 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.8247858795 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.40008632403→19.2569261677 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5078 0 43 118 5239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00909817401375247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.110916692237109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0556693357668779
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00869472596215936
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.31798697143132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.4960.4127140763691560.3460694741482719X-RAY DIFFRACTION98.8992088063
2.496-2.60930.4174054230381360.3116060054112761X-RAY DIFFRACTION99.587487109
2.6093-2.74650.3615962460141270.3078585523422785X-RAY DIFFRACTION99.3517570795
2.7465-2.91810.348672080091360.2931841332712781X-RAY DIFFRACTION99.2176870748
2.9181-3.14250.3893207237771540.2887773820232782X-RAY DIFFRACTION99.2898207643
3.1425-3.45710.3370970989481490.2640507768082737X-RAY DIFFRACTION98.7004103967
3.4571-3.95350.3084721709481520.2308277565472733X-RAY DIFFRACTION96.8445787177
3.9535-4.96690.2933477910571470.2024660591152729X-RAY DIFFRACTION95.200264813
4.9669-19.2550.235682226741480.1855193608842715X-RAY DIFFRACTION90.7160963245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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