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- PDB-7bph: Crystal structure of GppNHp-bound GNAS in complex with the cyclic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bph
タイトルCrystal structure of GppNHp-bound GNAS in complex with the cyclic peptide inhibitor GN13
要素
  • GN13
  • Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein / GNAS / adenylyl cyclase / active state / inhibitor / mRNA display / RaPID / cyclic peptide / GsIN-1
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / mu-type opioid receptor binding / developmental growth / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / intracellular transport / D1 dopamine receptor binding / Hedgehog 'off' state / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway ...PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / mu-type opioid receptor binding / developmental growth / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / intracellular transport / D1 dopamine receptor binding / Hedgehog 'off' state / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / insulin-like growth factor receptor binding / ionotropic glutamate receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / bone development / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / cognition / platelet aggregation / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / GPER1 signaling / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of smell / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / GTPase activity / GTP binding / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
G-protein alpha subunit, group S / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GsIN-1 peptide / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Hu, Q. / Dai, S. / Shokat, K.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: State-selective modulation of heterotrimeric G alpha s signaling with macrocyclic peptides.
著者: Dai, S.A. / Hu, Q. / Gao, R. / Blythe, E.E. / Touhara, K.K. / Peacock, H. / Zhang, Z. / von Zastrow, M. / Suga, H. / Shokat, K.M.
履歴
登録2020年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end
改定 1.22022年3月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / entity / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _struct.title
改定 1.32022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
B: GN13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3986
ポリマ－45,7242
非ポリマー6744
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, SPR experiment showed that the binding affinity (Kd) between GNAS and GN13 was 57.6 nM.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.905, 78.332, 80.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / Polypeptide(D) , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 44090.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAS, GNAS1, GSP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63092
#2: Polypeptide(D) GN13


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1632.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: GsIN-1 peptide

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非ポリマー , 5種, 136分子

#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1M HEPES 7.2, 20% PEG 4000, 10% v/v 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999965 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 58703 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 12.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 57627 / Rpim(I) all: 0.405 / Rrim(I) all: 0.972

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AU6

6au6


解像度: 1.57→43.45 Å / SU ML: 0.1614 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6543
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 2631 5.14 %
Rwork0.197 48529 -
obs0.1987 51160 84.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→43.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3083 0 40 132 3255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01413186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38744311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0764463
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.25281192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.60.3048340.2332711X-RAY DIFFRACTION23.5
1.6-1.630.2713480.22571038X-RAY DIFFRACTION34.63
1.63-1.670.2885540.22011292X-RAY DIFFRACTION42.89
1.67-1.70.24891040.2291633X-RAY DIFFRACTION55.16
1.7-1.740.28711170.21792095X-RAY DIFFRACTION69.85
1.74-1.790.25781300.22372461X-RAY DIFFRACTION82.28
1.79-1.830.27071390.22822791X-RAY DIFFRACTION92.87
1.83-1.890.25151560.23032980X-RAY DIFFRACTION99.15
1.89-1.950.24371720.21412988X-RAY DIFFRACTION99.84
1.95-2.020.25321610.20933024X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.10.24941330.2033046X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.20.22552280.19882964X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.310.22031660.19433015X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.460.25171430.20723059X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.650.27431760.19913021X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.910.20331510.23061X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.330.22051600.19453078X-RAY DIFFRACTION99.97
3.33-4.20.21221980.17133085X-RAY DIFFRACTION100
4.2-43.450.18641610.17683187X-RAY DIFFRACTION97.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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