PDB-7bob: Exo-beta-1,4-mannosidase Op5Man5 from Opitutaceae bacterium strai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bob

タイトル

Exo-beta-1,4-mannosidase Op5Man5 from Opitutaceae bacterium strain TAV5

要素

Endo-beta-mannanase

キーワード

HYDROLASE / Exo-beta-1 / 4-mannosidase / Termite hindgut / Reticulitermes flavipes / Glycosyl hydrolase family 5 / Verrucomicrobia / Opitutaceae

機能・相同性

: / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Class I glutamine amidotransferase-like / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / Endo-beta-mannanase

機能・相同性情報

生物種

Opitutaceae bacterium TAV5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kalyani, D.C. / Reichenbach, T. / Keskitalo, M.M. / Conrad, J. / Aspeborg, H. / Divne, C.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of a homotrimeric verrucomicrobial exo - beta -1,4-mannosidase active in the hindgut of the wood-feeding termite Reticulitermes flavipes .
著者: Kalyani, D.C. / Reichenbach, T. / Keskitalo, M.M. / Conrad, J. / Aspeborg, H. / Divne, C.

履歴

登録	2021年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bob.cif.gz	332.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bob.ent.gz	270.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bob.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bob_validation.pdf.gz	324.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bob_full_validation.pdf.gz	334.1 KB	表示
XML形式データ	7bob_validation.xml.gz	56.2 KB	表示
CIF形式データ	7bob_validation.cif.gz	78.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/7bob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/7bob	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4uzs-d 4ucf-d 5gma-d 1vlq-1 3fvr-2 1odt-1 3fyt-1 1ods-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-beta-mannanase

B: Endo-beta-mannanase

C: Endo-beta-mannanase

201 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking, Oligomeric state confirmed by crystal structure, size-exclusion chromatography, cross-linking, PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.140, 162.450, 168.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endo-beta-mannanase 分子量: 67032.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The following regions are flexible and not modeled: residues 213-221; residues 367-380, 588-601 由来: (組換発現) Opitutaceae bacterium TAV5 (バクテリア) 遺伝子: OPIT5_10225 / プラスミド: pNIC-CH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -T1R / 参照: UniProt: W0J1H8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Endo-beta-mannanase

分子量: 67032.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The following regions are flexible and not modeled: residues 213-221; residues 367-380, 588-601
由来: (組換発現)

Opitutaceae bacterium TAV5 (バクテリア)
遺伝子: OPIT5_10225 / プラスミド: pNIC-CH2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -T1R / 参照: UniProt: W0J1H8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1 M phosphorus citrate (pH 4.2), 30 % (v/v) ethanol, and 5 % (w/v) polyethylene glycol 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.826561 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月20日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.826561 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49.15 Å / Num. obs: 141664 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 45.16 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.107 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 12.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 17459 / CC_1/2: 0.768 / R_sym value: 1.865 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2-3472	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.15.2-3472	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Cryo-EM model (3.7 A)

解像度: 2.2→48.867 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2273	2012	1.42 %
R_work	0.201	-	-
obs	0.2013	141625	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.867 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13303	0	0	189	13492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13715
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.913	18720
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.03	9092
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1983
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2454

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2549	0.4165	135	0.3941	9829	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2549-2.3159	0.3907	147	0.3596	9899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3159-2.384	0.432	151	0.3288	9777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.384-2.461	0.3157	133	0.2951	9910	X-RAY DIFFRACTION	99
2.461-2.5489	0.3642	138	0.2821	9897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5489-2.651	0.3179	147	0.2673	9857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.651-2.7716	0.2853	147	0.2492	9951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7716-2.9177	0.2917	140	0.2396	9897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9177-3.1005	0.2609	143	0.2327	9962	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1005-3.3399	0.2478	143	0.2311	9976	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3399-3.6759	0.2402	141	0.1999	10018	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6759-4.2075	0.1826	144	0.1627	10066	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2075-5.3	0.1601	147	0.1445	10145	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3-48.867	0.172	156	0.1482	10429	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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