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万見
- PDB-7bnx: Archeal holliday junction resolvase from Thermus thermophilus pha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bnx
タイトルArcheal holliday junction resolvase from Thermus thermophilus phage 15-6
要素Holliday junction resolvase
キーワードRECOMBINATION / archeal holliday junction resolvase helicase DNA binding enzyme phage 15-6 thermus thermophilus
機能・相同性Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus phage 15-6 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.551 Å
データ登録者Hakansson, M. / Ahlqvist, J. / Linares Pasten, J.A. / Jasilionis, A. / Nordberg Karlsson, E. / Al-Karadaghi, S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)685778European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Crystal structure and initial characterization of a novel archaeal-like Holliday junction-resolving enzyme from Thermus thermophilus phage Tth15-6.
著者: Ahlqvist, J. / Linares-Pasten, J.A. / Hakansson, M. / Jasilionis, A. / Kwiatkowska-Semrau, K. / Friðjonsson, O.H. / Kaczorowska, A.K. / Dabrowski, S. / Aevarsson, A. / Hreggviðsson, ...著者: Ahlqvist, J. / Linares-Pasten, J.A. / Hakansson, M. / Jasilionis, A. / Kwiatkowska-Semrau, K. / Friðjonsson, O.H. / Kaczorowska, A.K. / Dabrowski, S. / Aevarsson, A. / Hreggviðsson, G.O. / Al-Karadaghi, S. / Kaczorowski, T. / Nordberg Karlsson, E.
履歴
登録2021年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Holliday junction resolvase
B: Holliday junction resolvase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,12210
ポリマ－37,3532
非ポリマー7698
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.71, 104.17, 84.86
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-314-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Holliday junction resolvase


分子量: 18676.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus phage 15-6 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 1.8 M Ammoniumsulphate and 0.1 M sodiumacetate pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.7701 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7701 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→29 Å / Num. obs: 14269 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 50.9 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 47.2
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.698 / Num. unique obs: 1682 / CC1/2: 0.953

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BGS

7bgs


解像度: 2.551→28.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.334 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.334 / SU Rfree Blow DPI: 0.241 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.243
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2536 703 -RANDOM
Rwork0.2287 ---
obs0.23 14253 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 89.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5696 Å20 Å20 Å2
2--17.4659 Å20 Å2
3----13.8963 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.551→28.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1958 0 40 32 2030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092041HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.972776HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d656SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes324HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2041HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion255SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1509SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.96
LS精密化 シェル解像度: 2.551→2.58 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3453 24 -
Rwork0.2986 --
obs--95.6 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.10825.4946-1.302610.5832-1.49715.21720.48390.78220.26830.7822-0.579-0.24860.2683-0.24860.0951-0.0031-0.1999-0.02830.08060.19460.10737.03339.439173.8956
26.83594.91491.440616.63095.82089.75730.48790.7989-0.43950.79890.11280.525-0.43950.525-0.6006-0.045-0.15530.0328-0.0019-0.1595-0.00989.3225-13.325475.0462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|149 }A5 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|5 - B|150 }B5 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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