PDB-7bnk: Crystal structure of ParB from Myxococcus xanthus bound to CDP an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bnk

タイトル

Crystal structure of ParB from Myxococcus xanthus bound to CDP and Monothiophosphate

要素

ParB family protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA-binding protein / CTP / Myxococcus / DNA-segregation

機能・相同性

機能・相同性情報

chromosome segregation / chromosome / hydrolase activity / nucleotide binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Myxococcus xanthus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Altegoer, F. / Bange, G.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: The CTPase activity of ParB determines the size and dynamics of prokaryotic DNA partition complexes.
著者: Osorio-Valeriano, M. / Altegoer, F. / Das, C.K. / Steinchen, W. / Panis, G. / Connolley, L. / Giacomelli, G. / Feddersen, H. / Corrales-Guerrero, L. / Giammarinaro, P.I. / Hanssmann, J. / ...

履歴

登録	2021年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7bnk.ent.gz	139.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	7bnrC 7o0nC 6sdkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3upq-d 5dkw-2 3uq0-d 5d4b-1 3hwt-d 4s0u-d 2cin-d 2cjg-d 2xal-2 2jjh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ParB family protein

B: ParB family protein

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.243, 80.706, 143.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	ParB family protein 分子量: 23550.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (strain DK 1622) (バクテリア) 株: DK 1622 / 遺伝子: MXAN_7476 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1CVJ4

-
非ポリマー , 6種, 169分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-TS6 / Monothiophosphate / phosphorothioic O,O,S-acid / チオりん酸分子量: 114.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃O₃PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP 分子量: 403.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₃O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% (v/v) Glycerol 0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5, 25 % (v/v) 1,2-Propanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→42.28 Å / Num. obs: 41375 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.36 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.1961 / Net I/σ(I): 9.21
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / R_merge(I) obs: 2.221 / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 4071 / CC_1/2: 0.457

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6SDK

6sdk

解像度: 1.9→42.28 Å / SU ML: 0.2755 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6499
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2366	2071	5 %
R_work	0.2034	39347	-
obs	0.2051	41372	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3005	0	89	159	3253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	3160
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8419	4273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0493	491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	554
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.9081	446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.94	0.3864	130	0.3809	2464	X-RAY DIFFRACTION	95.33
1.94-1.99	0.3665	135	0.3356	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.99-2.04	0.3335	136	0.2988	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.04-2.1	0.3556	138	0.2941	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.1-2.17	0.2981	135	0.2611	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.17-2.25	0.2647	138	0.237	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.25-2.34	0.2749	136	0.224	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.34-2.45	0.2456	138	0.2227	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.57	0.2673	137	0.209	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.74	0.2569	138	0.2034	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.74-2.95	0.2372	139	0.1972	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.24	0.2164	139	0.2042	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.71	0.2076	141	0.1788	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.71-4.67	0.1969	141	0.1591	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.68-42.28	0.2082	150	0.1838	2837	X-RAY DIFFRACTION	99.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.35124717202	0.311923174659	0.956296571104	3.10946517607	0.955300980045	6.50769204955	0.01052269426	0.0907790664635	0.305603063553	-0.361834934677	0.0383101350638	0.128106436578	-0.325567959625	0.00536428754334	-0.0926518844644	0.285085468961	-0.00603910047883	-0.00984776603143	0.223932052598	0.0259656810372	0.298022348276	-9.125	29.117	-37.367
2	4.02807064022	3.77222669497	5.95794847316	3.78667488266	5.66287663105	8.73566439134	0.130559782745	0.372815222041	-0.292282480556	-0.229346554331	0.154762861974	-0.568030488197	0.156975184164	0.656684984249	-0.203907698028	0.272157403257	0.0489493563279	0.0240228150767	0.293218088205	0.00222938379529	0.351885956197	-2.632	15.017	-34.948
3	4.79295056977	0.146113978217	-1.22450832025	1.1399680455	-1.36957258438	4.86851065029	0.070697991691	0.583327976738	0.448628143133	-0.0287892380507	0.282152875834	0.476935930839	-0.491117076112	-0.18481388579	-0.286253733039	0.273116644204	0.0107732237131	-0.0169949581566	0.242010952641	0.0272736039788	0.247354110382	-16.452	26.513	-38.515
4	5.17309406604	-2.62986532136	-0.500269725146	5.63128644682	0.112681145822	1.29141644872	0.199751289628	0.197968753409	0.136775788583	-0.592260996648	-0.110886512888	-0.040544997863	-0.142524533367	-0.00476482824538	-0.065829540576	0.279487263881	-0.00978227409656	-0.0297222278733	0.240046619412	0.0460697004531	0.214106547856	-12.558	26.05	-39.406
5	2.07462507624	-1.31534192874	0.622314063286	3.57328493954	-0.437421311568	1.26203257401	-0.044249811242	-0.148839676255	-0.0474258315746	0.313832525096	0.0156937899002	-0.0636823341323	0.0125585038874	0.0434860125359	0.0401796873427	0.215401352476	-0.00557819096135	-0.00159619698036	0.270934376826	0.0320212090385	0.237868851148	-11.817	17.32	-23.121
6	3.17949497523	-0.981334404707	0.594069845357	5.11624047865	-0.764968666979	7.42067665377	0.0715484641026	0.062445415374	-0.343379523637	0.036366882362	-0.126424121786	-0.606421053142	0.204408566045	0.579539249513	0.0617533095177	0.243176268644	0.0215851924085	-0.0386370415224	0.236075028537	0.0310444017534	0.410558492835	-1.866	2.343	-26.816
7	2.0415344219	-0.460154298297	-1.08040566792	3.91879196775	2.89942788276	2.61271022751	-0.285934072408	-0.474457114034	-0.481549279978	0.393096427811	0.100842047489	-0.0276505628907	-0.710763868837	0.354677352073	0.154152107969	0.599561196963	-0.00158145774562	-0.0778808501006	0.597905170971	0.120566002139	0.367097444732	1.255	6.501	-8.317
8	9.80702696413	1.34564761315	0.00686389445841	2.34148919423	1.80339787302	1.91205774994	-0.0528511957894	-1.38816239088	-0.613904691127	2.23966668329	-0.112224658711	-0.118046691743	-0.476154687048	1.32565831993	0.0314756447333	0.993034120711	-0.0352211213876	-0.0887332852988	0.943589544261	0.160568622201	0.451629211934	3.638	5.315	0.116
9	0.889522290476	0.71229579155	0.0430623937694	0.702968049299	-0.486633577647	1.91294812697	0.387067596899	-0.489561692964	0.478358756361	0.777847528919	-0.634113229457	-0.176295418429	-0.147914206576	1.00757820108	0.131419490575	0.723841623364	-0.162012935231	-0.171783353966	0.791793699814	0.00224581833838	0.207424684317	4.361	13.793	-11.445
10	7.11455256332	-0.764425656974	2.51127526073	3.49642917541	0.51663893063	3.54295499401	-0.0288337351649	-0.304969807146	-0.616928108134	0.252232142408	-0.0208482935431	0.143851673309	0.128528532848	-0.336150867055	0.0481671758184	0.249604935539	-0.0358946925665	0.0409507661851	0.305822780752	0.0512222149946	0.375253301719	-24.301	10.507	-22.566
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12	3.9717645815	1.76892182718	-0.326829659084	1.06764383239	0.398840665699	4.43600142318	-0.191100182503	0.114013310482	-0.755614153513	-0.444288370231	0.0763936066579	-0.45985774429	0.333822860567	-0.227591988412	0.0565125242213	0.23395273193	-0.000181684782535	-0.00342245216551	0.279065292214	-0.0442109761843	0.454403334379	-25.018	12.933	-30.033
13	1.2172765468	-0.0273638096781	0.188018180499	3.87090776584	2.62412681183	5.10745336237	0.0337065160897	-0.10371203691	-0.323880026231	0.0155840699593	-0.128651421421	0.445354387631	0.0978144814199	-0.324828621213	0.137933644818	0.165644741289	-0.0244881544769	-0.0242770631846	0.231093269076	0.0061059335509	0.343501291825	-26.112	13.329	-26.302
14	1.35649610338	-0.392761364366	0.244408793492	4.48730182214	1.21571838149	1.36426548348	-0.0502344496891	-0.177176217491	0.176683471145	0.182385115373	0.09696475357	-0.107013253819	-0.111502773602	0.0570997816022	-0.0271831471579	0.234766112154	-0.00894087315857	-0.00481551361852	0.269486499906	-0.01495241284	0.242305709468	-13.088	27.965	-22.642
15	5.95464021696	4.14945391722	0.66927341016	5.02171681705	-1.9727332104	2.95654158966	-0.127007628933	-1.31914967199	0.223240729827	0.538500056739	-0.120069632789	-0.169174943398	-0.434191310472	0.157359120705	0.118261278663	0.435636151358	0.0219178874314	-0.0633578423691	0.46076256711	-0.195627837487	0.311897372617	-9.355	37.095	-11.355
16	5.51465191136	-1.0972005322	0.153439172881	9.86796612471	1.16987602712	9.37839470738	-0.25699537354	-0.659700171952	0.28584111547	0.636241066245	0.441050574877	0.639221988568	0.210929891473	-0.0538927350012	-0.113366387082	0.296590433896	0.00933259629851	-0.0203912511178	0.601104055685	-0.0974148683596	0.410860131139	2.949	34.398	-10.758
17	2.91319719992	-0.728176323587	-2.77526217801	2.45762525093	3.28008633707	6.05806732039	-0.181908837394	-0.935745954225	1.19833312498	0.311367500971	0.622866561752	-1.5314311807	-0.164865002986	1.35827186946	-0.345450649119	0.461606078382	-0.103697356614	-0.0648109796053	0.984819126041	-0.270039774821	0.768201728663	10.835	35.92	-7.82
18	4.05720605525	1.9281551554	-2.30697990195	4.89057736516	2.83288476451	5.30239648114	0.415886290341	-2.257162142	-0.868758304208	1.04462750936	0.0616572772085	-0.367772442372	0.745292486794	-0.976319971637	-0.492543008494	0.737985477793	0.0559953944066	-0.184283443079	1.365177604	0.0211375415023	0.414184224289	7.124	29.797	0.065

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 37:58 )	A	37 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 59:72 )	A	59 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 73:85 )	A	73 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 86:115 )	A	86 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 116:147 )	A	116 - 147
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 148:175 )	A	148 - 175
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 176:202 )	A	176 - 202
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 203:215 )	A	203 - 215
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 216:230 )	A	216 - 230
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 37:58 )	B	37 - 58
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 59:72 )	B	59 - 72
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 73:85 )	B	73 - 85
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 86:115 )	B	86 - 115
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 116:163 )	B	116 - 163
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 164:175 )	B	164 - 175
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 176:202 )	B	176 - 202
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 203:215 )	B	203 - 215
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 216:229 )	B	216 - 229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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