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万見
- PDB-7bmz: p62PH in potassium chloride -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bmz
タイトルp62PH in potassium chloride
要素RNA polymerase II transcription factor B 73 kDa subunit-like protein
キーワードTRANSCRIPTION / Cesium / Phasing / Pleckstrin homology domain
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / transcription by RNA polymerase I / nucleotide-excision repair / transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA polymerase II transcription factor B 73 kDa subunit-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Koelmel, W. / Kuper, J. / Kisker, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)KI 562/11-2 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Cesium based phasing of macromolecules: a general easy to use approach for solving the phase problem.
著者: Koelmel, W. / Kuper, J. / Kisker, C.
履歴
登録2021年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase II transcription factor B 73 kDa subunit-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2593
ポリマ－15,1841
非ポリマー752
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7670 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)34.736, 106.174, 76.209
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-336-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B 73 kDa subunit-like protein / p62 pleckstrin homology domain


分子量: 15184.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0001260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZ08
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.9 M potassium chloride, 19 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43.56 Å / Num. obs: 5119 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.66.91.17636045210.6330.4731.2721.693
9.02-43.5611.40.07515341350.9970.0230.07932.899.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
REFMAC位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→43.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 11.352 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.518 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2657 262 5.1 %RANDOM
Rwork0.2024 ---
obs0.2057 4844 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.89 Å2 / Biso mean: 41.74 Å2 / Biso min: 22.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.68 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.03 Å2-0 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→43.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数894 0 2 51 947
Biso mean--56.67 35.3 -
残基数----115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.991296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96432090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1575121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.16324.540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.84915157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.647156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0221037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02173
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 18 -
Rwork0.227 309 -
all-327 -
obs--88.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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