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- PDB-7bm6: Structure-function analysis of a new PL17 oligoalginate lyase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bm6
タイトルStructure-function analysis of a new PL17 oligoalginate lyase from the marine bacterium Zobellia galactanivorans DsijT
要素Alginate lyase, family PL17
キーワードHYDROLASE / alginate lyase / delta-guluronate complex / family PL17 / exo-acting marine enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #70 / Alginate lyase domain / Alginate lyase / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel ...Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #70 / Alginate lyase domain / Alginate lyase / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Alginate lyase, family PL17
類似検索 - 構成要素
生物種Zobellia galactanivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Czjzek, M. / Roret, T. / Jouanneau, D. / Le Duff, N. / Jeudy, A.
資金援助 フランス, European Union, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-BTBR-04 フランス
European CommissionFP7-NMP, project 604530European Union
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Structure-function analysis of a new PL17 oligoalginate lyase from the marine bacterium Zobellia galactanivorans DsijT.
著者: Jouanneau, D. / Klau, L.J. / Larocque, R. / Jaffrennou, A. / Duval, G. / Le Duff, N. / Roret, T. / Jeudy, A. / Aachmann, F.L. / Czjzek, M. / Thomas, F.
履歴
登録2021年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate lyase, family PL17
B: Alginate lyase, family PL17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,09311
ポリマ－170,1192
非ポリマー9749
水16,430912
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area49410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.132, 164.132, 168.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Alginate lyase, family PL17


分子量: 85059.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The active site tyrosine Y274 was mutated to alanine Y247A The N-terminal peptide (1-23) was not included in recombinant construction defined by electron density
由来: (組換発現) Zobellia galactanivorans (strain DSM 12802 / CCUG 47099 / CIP 106680 / NCIMB 13871 / Dsij) (バクテリア)
株: DSM 12802 / CCUG 47099 / CIP 106680 / NCIMB 13871 / Dsij
遺伝子: alyA3, zobellia_2624 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G0LCA3, mannuronate-specific alginate lyase
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-mannopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 352.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122A-1a_1-5][a11eEA-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-ManpA]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-AllpA]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 919分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 912 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein solution at 13.4 mg.ml-1, supplemented with 1.6 mM of oligo-mannuronate of DP3, was mixed with 0.2 micro-l of crystallization solution that contained 2.4 M sodium malonate (dibasic ...詳細: protein solution at 13.4 mg.ml-1, supplemented with 1.6 mM of oligo-mannuronate of DP3, was mixed with 0.2 micro-l of crystallization solution that contained 2.4 M sodium malonate (dibasic monohydrate) and equilibrated against a reservoir containing 100 micro-l.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→45 Å / Num. obs: 137171 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 21.16 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.054 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.16→2.21 Å / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 7343 / CC1/2: 0.641 / Rpim(I) all: 0.356 / % possible all: 99.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BJT

7bjt


解像度: 2.16→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 6.495 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1822 6752 4.9 %RANDOM
Rwork0.1532 ---
obs0.1547 130343 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.27 Å2 / Biso mean: 33.489 Å2 / Biso min: 17.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.16→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11619 0 60 912 12591
Biso mean--36.52 37.99 -
残基数----1454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01912030
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0211180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6881.95216299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.013325770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.28451482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80225.032616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.809152044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.841548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022879
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.216 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 495 -
Rwork0.248 9390 -
all-9885 -
obs--97.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26890.0298-0.11840.1836-0.02960.18690.0021-0.00020.01690.0248-0.0063-0.0004-0.0168-0.03220.00410.00490.0027-0.00360.03080.00550.0362103.81391.28817.274
20.13330.05160.00390.09070.0770.16140.0089-0.0018-0.0322-0.0011-0.0056-0.0298-0.01050.041-0.00320.0013-0.0032-0.00210.03010.02240.058138.99787.4060.57
31.3828-0.6551-0.05730.9067-0.67060.8379-0.0728-0.0018-0.04430.0180.0251-0.00780.0253-0.00240.04770.0236-0.0094-0.01420.05330.01750.0304120.74577.9329.472
44.3081.29853.93890.43281.143.6592-0.06510.13830.0132-0.00710.04850.0085-0.07950.12520.01660.0222-0.01990.00540.028-0.00360.0574129.19495.911-23.726
50.21660.0688-0.09860.2154-0.07550.1733-0.01240.0099-0.0091-0.01710.00670.0165-0.04-0.00080.00580.0377-0.0167-0.00090.0129-0.00290.0319119.677101.13-42.138
60.33630.01860.36990.50760.13250.43860.0071-0.0497-0.03380.07540.00540.03580.0361-0.0621-0.01250.0334-0.01680.03450.0214-0.01620.0476108.53867.675-25.088
70.0579-0.25660.0133.5456-1.01110.4249-0.0230.0306-0.0005-0.0638-0.0247-0.17150.0129-0.030.04770.0857-0.03490.01860.042-0.03020.0583125.64779.991-53.89
82.11351.97342.28952.71633.46954.52290.0742-0.0771-0.03390.0484-0.088-0.00760.0493-0.12460.01380.0031-0.0025-0.00050.03630.00440.0482104.78880.235-0.922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 226
2X-RAY DIFFRACTION1A253 - 400
3X-RAY DIFFRACTION2A401 - 672
4X-RAY DIFFRACTION2A688 - 751
5X-RAY DIFFRACTION3A227 - 252
6X-RAY DIFFRACTION4A673 - 687
7X-RAY DIFFRACTION5B25 - 226
8X-RAY DIFFRACTION5B253 - 400
9X-RAY DIFFRACTION6B401 - 672
10X-RAY DIFFRACTION6B688 - 751
11X-RAY DIFFRACTION7B227 - 252
12X-RAY DIFFRACTION8B673 - 687

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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