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- PDB-7bjt: Structure-function analysis of a new PL17 oligoalginate lyase fro... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bjt | |||||||||
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Title | Structure-function analysis of a new PL17 oligoalginate lyase from the marine bacterium Zobellia galactanivorans DsijT | |||||||||
![]() | Alginate lyase, family PL17 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / alginate lyase / delta-guluronate complex / family PL17 / exo-acting marine enzyme | |||||||||
Function / homology | ![]() mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / periplasmic space Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Czjzek, M. / Roret, T. / Jouanneau, D. / Le Duff, N. / Jeudy, A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-function analysis of a new PL17 oligoalginate lyase from the marine bacterium Zobellia galactanivorans DsijT. Authors: Jouanneau, D. / Klau, L.J. / Larocque, R. / Jaffrennou, A. / Duval, G. / Le Duff, N. / Roret, T. / Jeudy, A. / Aachmann, F.L. / Czjzek, M. / Thomas, F. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 570.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 469.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 61 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 93.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7bm6C ![]() 4ojzS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 85151.430 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: DSM 12802 / CCUG 47099 / CIP 106680 / NCIMB 13871 / Dsij Gene: alyA3, zobellia_2624 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: G0LCA3, mannuronate-specific alginate lyase |
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-Non-polymers , 5 types, 1338 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MLT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MLT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.91 Å3/Da / Density % sol: 68.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: protein solution of 11.3 mg.ml-1 concentration. Drops of 2 micro-l volume of this protein solution were mixed with 1 micro-l of crystallization solution that contained 2.1 M DL-Malic acid pH ...Details: protein solution of 11.3 mg.ml-1 concentration. Drops of 2 micro-l volume of this protein solution were mixed with 1 micro-l of crystallization solution that contained 2.1 M DL-Malic acid pH 7.0, and equilibrated against a reservoir containing 500 micro-l. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 100K-M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.42→43.7 Å / Num. obs: 444259 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.66 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 4.74 |
Reflection shell | Resolution: 1.42→1.47 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 32662 / CC1/2: 0.656 / Rpim(I) all: 0.183 / % possible all: 99.9 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4OJZ Resolution: 1.42→43.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.368 / SU ML: 0.028 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.042 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 65.52 Å2 / Biso mean: 18.766 Å2 / Biso min: 8.46 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.42→43.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.424→1.461 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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