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- PDB-7bl5: pre-50S-ObgE particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bl5
タイトルpre-50S-ObgE particle
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • GTPase ObgE/CgtA
  • Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D
  • Ribosomal silencing factor RsfS
  • UPF0307 protein YjgA
キーワードRIBOSOME / pre-50S / ribosome biogenesis / ribosome assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA pseudouridine1911/1915/1917 synthase / 23S rRNA pseudouridine(1911/1915/1917) synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / guanyl ribonucleotide binding / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / dormancy process / pseudouridine synthase activity / negative regulation of ribosome biogenesis / guanosine tetraphosphate binding / negative regulation of cytoplasmic translational initiation ...23S rRNA pseudouridine1911/1915/1917 synthase / 23S rRNA pseudouridine(1911/1915/1917) synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / guanyl ribonucleotide binding / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / dormancy process / pseudouridine synthase activity / negative regulation of ribosome biogenesis / guanosine tetraphosphate binding / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / translational termination / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / chromosome segregation / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / GDP binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase, RluC/RluD / Ribosome-associated, YjgA / PSPTO4464-like domain superfamily / Dual-action ribosomal maturation protein DarP / Pseudouridine synthase, RluA-like, conserved site / Rlu family of pseudouridine synthase signature. / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal Protein L9; domain 2 / : / GTP1/OBG, conserved site ...Pseudouridine synthase, RluC/RluD / Ribosome-associated, YjgA / PSPTO4464-like domain superfamily / Dual-action ribosomal maturation protein DarP / Pseudouridine synthase, RluA-like, conserved site / Rlu family of pseudouridine synthase signature. / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal Protein L9; domain 2 / : / GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / OBG-type GTPase / GTP1/OBG / Obg domain profile. / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal silencing factor during starvation / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Ribosomal protein L6 / RNA-binding S4 domain / Outer Surface Protein A; domain 3 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L31 type A / Nucleotidyltransferase superfamily / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L28 / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Dual-action ribosomal maturation protein DarP / Large ribosomal subunit protein uL13 / Ribosomal silencing factor RsfS / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D / GTPase ObgE/CgtA / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hilal, T. / Nikolay, R. / Spahn, C.M.T. / Schmidt, S.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FOR1805 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB740 ドイツ
Human Frontier Science Program (HFSP)RPG0008/2014 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Snapshots of native pre-50S ribosomes reveal a biogenesis factor network and evolutionary specialization.
著者: Rainer Nikolay / Tarek Hilal / Sabine Schmidt / Bo Qin / David Schwefel / Carlos H Vieira-Vieira / Thorsten Mielke / Jörg Bürger / Justus Loerke / Kazuaki Amikura / Timo Flügel / Takuya ...著者: Rainer Nikolay / Tarek Hilal / Sabine Schmidt / Bo Qin / David Schwefel / Carlos H Vieira-Vieira / Thorsten Mielke / Jörg Bürger / Justus Loerke / Kazuaki Amikura / Timo Flügel / Takuya Ueda / Matthias Selbach / Elke Deuerling / Christian M T Spahn /
要旨: Ribosome biogenesis is a fundamental multi-step cellular process that culminates in the formation of ribosomal subunits, whose production and modification are regulated by numerous biogenesis factors. ...Ribosome biogenesis is a fundamental multi-step cellular process that culminates in the formation of ribosomal subunits, whose production and modification are regulated by numerous biogenesis factors. In this study, we analyze physiologic prokaryotic ribosome biogenesis by isolating bona fide pre-50S subunits from an Escherichia coli strain with the biogenesis factor ObgE, affinity tagged at its native gene locus. Our integrative structural approach reveals a network of interacting biogenesis factors consisting of YjgA, RluD, RsfS, and ObgE on the immature pre-50S subunit. In addition, our study provides mechanistic insight into how the GTPase ObgE, in concert with other biogenesis factors, facilitates the maturation of the 50S functional core and reveals both conserved and divergent evolutionary features of ribosome biogenesis between prokaryotes and eukaryotes.
履歴
登録2021年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年5月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年5月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年5月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年5月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12218
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
G: 50S ribosomal protein L6
J: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
W: 50S ribosomal protein L27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
0: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
B: 5S ribosomal RNA
I: 50S ribosomal protein L11
K: 50S ribosomal protein L14
P: 50S ribosomal protein L19
6: Ribosomal silencing factor RsfS
7: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D
8: UPF0307 protein YjgA
9: GTPase ObgE/CgtA
M: 50S ribosomal protein L16
A: 23S ribosomal RNA
H: 50S ribosomal protein L9
e: 50S ribosomal protein L10
F: 50S ribosomal protein L5
b: 50S ribosomal protein L31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,490,38039
ポリマ－1,489,82235
非ポリマー5574
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area170280 Å2
ΔGint-1415 kcal/mol
Surface area548840 Å2
手法PISA

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 CDEGJLNOQRSTUVWXYZ012IKPMHeFb

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P60422
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P60438
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P60723
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0AG55
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0AA10
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P02413
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0AG44
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0C018
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7L3
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0AG48
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P61175
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0ADZ0
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P60624
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P68919
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7L8
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7M2
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7M6
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0AG51
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MAVQQNKPTRSKRGMRRSHDALTAVTSLSVDKTSGEKHLRHHITADGYYRGRKVIAK
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7N4
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L33 / Large ribosomal subunit protein bL33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7N9
#21: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7P5
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L11 / Large ribosomal subunit protein uL11


分子量: 14894.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7J7
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0ADY3
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7K6
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0ADY7
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7R1
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L10 / 50S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein uL10


分子量: 17736.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7J3
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P62399
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL31-A


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7M9

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 BA

#22: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
#31: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 946433.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

-
タンパク質 , 4種, 4分子 6789

#26: タンパク質 Ribosomal silencing factor RsfS


分子量: 11594.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0AAT6
#27: タンパク質 Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D / 23S rRNA pseudouridine(1911/1915/1917) synthase / rRNA pseudouridylate synthase D / rRNA-uridine isomerase D


分子量: 37180.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P33643, 23S rRNA pseudouridine1911/1915/1917 synthase
#28: タンパク質 UPF0307 protein YjgA / x96 protein


分子量: 21395.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P0A8X0
#29: タンパク質 GTPase ObgE/CgtA / GTP-binding protein Obg


分子量: 43340.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P42641, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
非ポリマー , 4種, 31分子

#36: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#37: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#38: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#39: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Assembly intermediate complex 3 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#35 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 8468

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874+SVN精密化
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon3.3画像取得
4CTFFIND4CTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cisTEM最終オイラー角割当
12cisTEM分類
13cisTEM３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 287576
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22282 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 130.13 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0017107189
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4339159792
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.026720348
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0039010
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.2241173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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