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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bkx | ||||||
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タイトル | Diploptera punctata inspired lipocalin-like Milk protein expressed in Saccharomyces cerevisiae | ||||||
要素 | Milk protein | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Lipocalin-like protein / Milk protein / Beta-barrel / N-glycosylation | ||||||
機能・相同性 | Calycin / metal ion binding / PALMITOLEIC ACID / Milk protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Diploptera punctata (ゴキブリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Banerjee, S. / Kanagavijayan, D. / Subramanian, R. / Santhakumari, P.R. / Chavas, L.M.G. / Ramaswamy, S. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2022 タイトル: Structure of recombinantly expressed cockroach Lili-Mip protein in glycosylated and deglycosylated forms. 著者: KanagaVijayan, D. / Subramanian, R. / Santhakumari, P.R. / Chavas, L.M.G. / Banerjee, S. #1: ジャーナル: IUCrJ / 年: 2016 タイトル: Structure of a heterogeneous, glycosylated, lipid-bound, in vivo-grown protein crystal at atomic resolution from the viviparous cockroach Diploptera punctata. 著者: Banerjee, S. / Coussens, N.P. / Gallat, F.X. / Sathyanarayanan, N. / Srikanth, J. / Yagi, K.J. / Gray, J.S. / Tobe, S.S. / Stay, B. / Chavas, L.M. / Ramaswamy, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bkx.cif.gz | 84.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bkx.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7bkx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bkx_validation.pdf.gz | 932.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bkx_full_validation.pdf.gz | 940.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7bkx_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bkx_validation.cif.gz | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/7bkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/7bkx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA
#1: タンパク質 | 分子量: 20637.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Diploptera punctata (ゴキブリ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q6SVB5 |
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-糖 , 2種, 4分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 31分子
#4: 化合物 | ChemComp-PAM / | ||
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#5: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||
#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.43 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 15% of PEG MME 550, 100 mM MES pH 6.5, and 10 mM ZnSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→20.612 Å / Num. obs: 12200 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / Num. unique obs: 1224 / CC1/2: 0.3 / Rrim(I) all: 0.836 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4NYQ 解像度: 2.35→20.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 18.065 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.393 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→20.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 3.1056 Å / Origin y: 21.3104 Å / Origin z: 17.965 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |