PDB-7bkx: Diploptera punctata inspired lipocalin-like Milk protein expresse...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bkx

タイトル

Diploptera punctata inspired lipocalin-like Milk protein expressed in Saccharomyces cerevisiae

要素

Milk protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Lipocalin-like protein / Milk protein / Beta-barrel / N-glycosylation

機能・相同性

Calycin / metal ion binding / PALMITOLEIC ACID / Milk protein

機能・相同性情報

生物種

Diploptera punctata (ゴキブリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Banerjee, S. / Kanagavijayan, D. / Subramanian, R. / Santhakumari, P.R. / Chavas, L.M.G. / Ramaswamy, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2022
タイトル: Structure of recombinantly expressed cockroach Lili-Mip protein in glycosylated and deglycosylated forms.
著者: KanagaVijayan, D. / Subramanian, R. / Santhakumari, P.R. / Chavas, L.M.G. / Banerjee, S.

履歴

登録	2021年1月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bkx.cif.gz	85.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bkx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bkx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bkx_validation.pdf.gz	932.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bkx_full_validation.pdf.gz	940.2 KB	表示
XML形式データ	7bkx_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	7bkx_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/7bkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/7bkx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q02C 4nyqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kov-d 4kor-d 4kox-d 2yoy-1 4hj8-d 3pgp-d 2yox-2 7nuw-d 2pon-d 7cjx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Milk protein

ヘテロ分子

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.610, 135.662, 39.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-208- ZN

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Milk protein 分子量: 20637.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Diploptera punctata (ゴキブリ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q6SVB5

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 31分子

#4: 化合物	ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.43 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15% of PEG MME 550, 100 mM MES pH 6.5, and 10 mM ZnSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→20.612 Å / Num. obs: 12200 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / Num. unique obs: 1224 / CC_1/2: 0.3 / R_rim(I) all: 0.836

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2	5.8.0258	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.18.2-3874	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NYQ

4nyq

解像度: 2.35→20.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 18.065 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2782	573	4.712 %
R_work	0.2222	11588	-
all	0.225	-	-
obs	-	12161	99.77 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.393 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.572 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.942 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→20.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1234	0	97	26	1357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.101	1.739	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.35	1.64	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.401	5	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.272	22.174	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.236	15	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.394	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	296
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	641
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.302	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.283	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.063	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.121	4.17	624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.112	4.171	623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.793	6.263	780
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.79	6.262	781
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.519	4.899	756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.517	4.903	757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.767	7.2	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.764	7.205	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.876	52.373	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.864	52.369	1500

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.411	0.3	39	0.3	814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.411-2.477	0.292	33	0.281	843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.477-2.549	0.405	31	0.302	774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.549-2.627	0.322	45	0.289	786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.627-2.713	0.278	42	0.26	764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.713-2.808	0.432	43	0.28	703	X-RAY DIFFRACTION	99.8661
2.808-2.914	0.349	52	0.266	683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.914-3.033	0.398	26	0.254	701	X-RAY DIFFRACTION	99.8626
3.033-3.167	0.38	28	0.262	648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.167-3.321	0.26	25	0.256	635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.321-3.501	0.281	34	0.242	597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.501-3.712	0.25	35	0.215	567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.712-3.968	0.276	22	0.191	551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.968-4.285	0.262	28	0.176	497	X-RAY DIFFRACTION	100
4.285-4.692	0.178	18	0.15	471	X-RAY DIFFRACTION	100
4.692-5.242	0.165	19	0.164	427	X-RAY DIFFRACTION	100
5.242-6.047	0.237	14	0.204	382	X-RAY DIFFRACTION	100
6.047-7.392	0.322	16	0.257	334	X-RAY DIFFRACTION	100
7.392-10.392	0.272	14	0.22	272	X-RAY DIFFRACTION	100
10.392-20.6	0.31	9	0.237	139	X-RAY DIFFRACTION	85.5491

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.1056 Å / Origin y: 21.3104 Å / Origin z: 17.965 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1738 Å²	-0.0326 Å²	-0.026 Å²	-	0.0318 Å²	-0.0158 Å²	-	-	0.046 Å²
L	1.4963 °²	1.414 °²	-0.1814 °²	-	7.9653 °²	3.0573 °²	-	-	1.6309 °²
S	-0.186 Å °	-0.1009 Å °	0.258 Å °	-0.1264 Å °	0.1641 Å °	0.3363 Å °	0.1231 Å °	0.1126 Å °	0.0219 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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