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- PDB-2pon: Solution structure of the Bcl-xL/Beclin-1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pon
タイトルSolution structure of the Bcl-xL/Beclin-1 complex
要素
  • Apoptosis regulator Bcl-X
  • Beclin-1
キーワードAPOPTOSIS INHIBITOR / Apoptosis / Autophagy / Bcl-2 family proteins / Beclin-1
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to aluminum ion / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / engulfment of apoptotic cell / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation of stress granule assembly / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization ...cellular response to aluminum ion / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / engulfment of apoptotic cell / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation of stress granule assembly / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / positive regulation of autophagosome assembly / dendritic cell proliferation / negative regulation of autophagosome assembly / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / positive regulation of mononuclear cell proliferation / receptor catabolic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / SMAD protein signal transduction / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / late endosome to vacuole transport / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / phagophore assembly site / fertilization / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / cellular response to nitrogen starvation / negative regulation of programmed cell death / response to iron(II) ion / Bcl-2 family protein complex / lysosome organization / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / mitotic metaphase chromosome alignment / apoptotic mitochondrial changes / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / Macroautophagy / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RSV-host interactions / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / p38MAPK cascade / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / germ cell development / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / autophagosome assembly / response to vitamin E / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / autophagosome maturation / amyloid-beta metabolic process / regulation of macroautophagy / ectopic germ cell programmed cell death / neuron development / negative regulation of protein localization to plasma membrane / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular defense response / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to glucose starvation / mitophagy / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phagocytic vesicle / JNK cascade / cellular response to copper ion / positive regulation of autophagy / response to cytokine / cellular response to epidermal growth factor stimulus / negative regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / autophagosome / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to amino acid stimulus / macroautophagy / trans-Golgi network / response to lead ion / cellular response to gamma radiation / autophagy / ISG15 antiviral mechanism / cellular response to hydrogen peroxide / synaptic vesicle membrane
類似検索 - 分子機能
Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX ...Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1 / Beclin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Feng, W. / Huang, S. / Wu, H. / Zhang, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular Basis of Bcl-xL's Target Recognition Versatility Revealed by the Structure of Bcl-xL in Complex with the BH3 Domain of Beclin-1.
著者: Feng, W. / Huang, S. / Wu, H. / Zhang, M.
履歴
登録2007年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beclin-1
B: Apoptosis regulator Bcl-X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3992
ポリマ－20,3992
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #18minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Beclin-1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein / Protein GT197


分子量: 2500.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BECN1, GT197 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14457
#2: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-X / Bcl-2-like 1 protein


分子量: 17897.723 Da / 分子数: 1 / Fragment: deletion of 45-84 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1333D 13C-separated NOESY
144HNCO, HNCA, HN(CO)CA, HN(CA)CB and CBCA(CO)NH
1553D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM unlabelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 99.9% D2O; 50mM potassium phosphate99.9% D2O
21.5mM uniformly 15N labelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 90% H2O/10% D2O; 50mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
31.5mM uniformly 15N/13C labelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 99.9% D2O; 50mM potassium phosphate99.9% D2O
41.5mM 80% deuterated, uniformly 15N/13C labelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 90% H2O/10% D2O; 50mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
51.5mM 100% deuterated, uniformly 15N labelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 90% H2O/10% D2O; 50mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50mM potassium phosphate / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, A.T.構造決定
CNS1.1Brunger, A.T.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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