PDB-7bk5: PfCopC mutant - E27A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bk5

タイトル

PfCopC mutant - E27A

要素

Putative copper resistance protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Copper binding / copper transport

機能・相同性

機能・相同性情報

copper ion transport / response to copper ion / periplasmic space / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Muderspach, S.J. / Ipsen, J. / Rollan, C.H. / Bertelsen, A.B. / Norholm, M.H.H. / Johansen, K.S. / Lo Leggio, L.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2021
タイトル: Copper binding and reactivity at the histidine brace motif: insights from mutational analysis of the Pseudomonas fluorescens copper chaperone CopC.
著者: Ipsen, J.O. / Hernandez-Rollan, C. / Muderspach, S.J. / Brander, S. / Bertelsen, A.B. / Jensen, P.E. / Norholm, M.H.H. / Lo Leggio, L. / Johansen, K.S.

履歴

登録	2021年1月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bk5.cif.gz	37.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bk5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bk5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/7bk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/7bk5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bk6C 7bk7C 6nfqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nfs-d 7bk6-2 6nfq-3 6nfq-2 7bk6-1 6dg6-6 3tqm-1 3zzp-d 2w2u-2 2ywq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Putative copper resistance protein

ヘテロ分子

10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.000, 76.910, 81.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-332- HOH
2	1	AAA-365- HOH

#1: タンパク質	Putative copper resistance protein / CopC from Pseudomonas fluorescens 分子量: 10052.258 Da / 分子数: 1 / 変異: E27A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain SBW25) (バクテリア) 株: SBW25 / 遺伝子: PFLU_3946 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: C3JYL7
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.52 M ammonium phosphate dibasic, 0.09 M Tris, 3% (w/v) D-sorbitol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 13059 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.47 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.01011 / Net I/σ(I): 10.11
反射シェル	解像度: 1.54→1.58 Å / Num. unique obs: 1822 / CC_1/2: 0.525 / R_rim(I) all: 0.1753

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	VERSION Jan 31, 2020	データ削減
XSCALE	VERSION Jan 31, 2020	データスケーリング
MOLREP	Vers 11.7.03; 13.07.2020	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NFQ

6nfq

解像度: 1.54→40.975 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.781 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2339	647	4.954 %
R_work	0.2055	12412	-
all	0.207	-	-
obs	-	13059	99.939 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.664 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.918 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.915 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→40.975 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	708	0	10	92	810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	780
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	743
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.748	1.644	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.291	1.587	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.143	5	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	46.238	25	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.149	15	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.732	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	893
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	149
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.269	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.256	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.178	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.28	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.785	2.819	416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.772	2.818	415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.981	4.205	527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.982	4.208	528
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.553	3.138	364
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.489	3.107	361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.368	4.563	544
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.274	4.517	539
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.771	36.042	808
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.564	35.263	779

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.54-1.58	0.415	53	0.417	897	0.417	950	0.556	0.629	100	0.405
1.58-1.623	0.307	38	0.356	867	0.354	905	0.751	0.724	100	0.338
1.623-1.67	0.338	50	0.31	844	0.312	894	0.811	0.817	100	0.291
1.67-1.722	0.3	42	0.285	839	0.286	881	0.858	0.852	100	0.259
1.722-1.778	0.335	43	0.27	821	0.273	864	0.844	0.879	100	0.245
1.778-1.84	0.339	40	0.266	765	0.269	805	0.848	0.876	100	0.24
1.84-1.909	0.306	41	0.268	759	0.27	800	0.861	0.877	100	0.242
1.909-1.987	0.293	31	0.273	734	0.274	765	0.871	0.88	100	0.259
1.987-2.075	0.378	44	0.243	706	0.25	750	0.825	0.893	100	0.235
2.075-2.176	0.339	26	0.249	661	0.252	687	0.864	0.904	100	0.241
2.176-2.294	0.275	32	0.248	657	0.249	690	0.938	0.909	99.8551	0.243
2.294-2.432	0.267	28	0.214	608	0.217	636	0.925	0.919	100	0.219
2.432-2.6	0.349	35	0.221	558	0.227	593	0.886	0.924	100	0.226
2.6-2.807	0.189	22	0.191	543	0.191	565	0.953	0.945	100	0.213
2.807-3.074	0.269	22	0.191	502	0.194	525	0.912	0.948	99.8095	0.219
3.074-3.434	0.219	35	0.174	449	0.177	485	0.947	0.959	99.7938	0.203
3.434-3.961	0.15	23	0.153	402	0.153	425	0.973	0.97	100	0.185
3.961-4.839	0.138	17	0.142	348	0.142	365	0.982	0.978	100	0.192
4.839-6.797	0.184	21	0.162	282	0.164	303	0.974	0.973	100	0.223
6.797-40.975	0.135	4	0.189	170	0.188	179	0.97	0.965	97.2067	0.303

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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