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- PDB-7bk4: Crystal structure of RXRalpha ligand binding domain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bk4
タイトルCrystal structure of RXRalpha ligand binding domain in complex with a fragment of the TIF2 coactivator
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear Receptor / Ligand binding domain / coactivator
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear steroid receptor activity / LBD domain binding / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / response to retinoic acid / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / hormone-mediated signaling pathway / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / peptide binding / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / nervous system development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LG2 / Nuclear receptor coactivator 2 / Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者le Maire, A. / Bourguet, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into the Interaction of the Intrinsically Disordered Co-activator TIF2 with Retinoic Acid Receptor Heterodimer (RXR/RAR).
著者: Senicourt, L. / le Maire, A. / Allemand, F. / Carvalho, J.E. / Guee, L. / Germain, P. / Schubert, M. / Bernado, P. / Bourguet, W. / Sibille, N.
履歴
登録2021年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3956
ポリマ－60,6684
非ポリマー7272
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.132, 64.659, 48.514
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.283, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 27269.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2


分子量: 3064.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E7EWM1
#3: 化合物 ChemComp-LG2 / 6-[1-(3,5,5,8,8-PENTAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALEN-2-YL)CYCLOPROPYL]PYRIDINE-3-CARBOXYLIC ACID / LG-100268


分子量: 363.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Na Hepes, 0.2 M sodium acetate pH 7.5, 27% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.31 Å / Num. obs: 13251 / % possible obs: 96.11 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 30.15 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.0686 / Net I/σ(I): 16.52
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.1866 / Num. unique obs: 1338 / CC1/2: 0.678

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.1.005精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KWY

3kwy


解像度: 2.8→48.31 Å / SU ML: 0.3485 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 31.2188
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 1958 7.9 %
Rwork0.2456 22826 -
obs0.2473 13243 92.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3641 0 54 69 3764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01513780
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37235125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1153583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.97151413
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.32431630.29471654X-RAY DIFFRACTION95.08
2.87-2.950.33611220.28331680X-RAY DIFFRACTION95.24
2.95-3.030.32671510.27961654X-RAY DIFFRACTION95.1
3.03-3.130.24241230.26891679X-RAY DIFFRACTION95.24
3.13-3.240.34611400.28261738X-RAY DIFFRACTION94.99
3.24-3.370.29941410.28751580X-RAY DIFFRACTION91.88
3.37-3.530.26531390.26941651X-RAY DIFFRACTION93.91
3.53-3.710.23721310.23761642X-RAY DIFFRACTION93.61
3.71-3.950.23491310.23291648X-RAY DIFFRACTION93.53
3.95-4.250.20891670.2131575X-RAY DIFFRACTION91.54
4.25-4.680.23791740.2121546X-RAY DIFFRACTION90.53
4.68-5.350.22781200.22641585X-RAY DIFFRACTION88.43
5.35-6.740.31271250.26081612X-RAY DIFFRACTION91.32
6.75-48.310.27521310.20911582X-RAY DIFFRACTION89.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.40689483752-0.7302255000692.693482521290.690463571738-0.1648853825411.86294064771-0.6753932566650.398548002248-1.04236171054-0.01465045858230.374742721701-0.0324741603544-0.535274802980.2628578814040.2505212332690.394661397934-0.0739985187830.1593093802240.4513072673530.1406901864990.3302970269931.6558605644-18.92362308943.12229605004
25.00396754293-2.097252618752.366988727855.426941007080.1498821361365.57681452375-0.530664401398-0.05262868512940.416350737259-0.2409214419960.0287033079725-0.7705933227930.2592901302970.2238939268140.3056891958740.2903531644890.07929679627940.1749389677050.3488853421070.05586000404310.38153500867245.1405110376-15.101038860924.6992224902
30.853878865485-0.7515730591570.8940089650051.238413362880.3592698169714.592849498980.0182989225284-0.0275678790821-0.0356790769853-0.0336061095487-0.0584482431886-0.3593926941590.246894774189-0.02682239618590.02801563230770.246356185955-0.0279232665720.08321549536380.1454297380130.004304015836240.22172198330141.0752509902-6.306774853567.05445811223
40.7209861352150.1199997032661.075268063490.419001790020.2442237041141.856799518310.0734523723903-0.193996615114-0.03857790800530.111582805003-0.03183315817280.1949913054640.198833028748-0.1210049366260.03359110902080.1794401798280.001777336376520.110071033890.246483115950.006667434488510.24434396923532.6174158827-5.4499531018420.8905017071
52.691380351290.507491945344-1.063424560712.88259780091-0.3851136721423.670535034470.2551663755130.0988579473586-0.1198288071310.108958998461-0.1255019634710.3173445973260.000469308180975-0.119127424853-0.1508108531860.185201125559-0.03478764522130.06748039106210.277551208786-0.01499470901410.22020609682924.7548152035-9.00658203780.465002863721
62.440306397751.652600352410.9839399920883.017947942640.3339297896641.768164181440.2096947665340.6616912140080.2969692257630.8005328905130.034802859530.136596086740.1449274374390.0133277316671-0.09933828371610.1361868006430.02176940061530.06421015539170.1955019666750.02686159902560.25592119157931.29168418172.1800292001312.8962814192
72.0144892462-1.22003257064-2.072049767175.608073708132.864843096564.134434566380.3494583998120.202286092130.2985552651480.2299757735150.268956476036-1.128754293920.04516100860140.543550296523-0.3983544060410.126312364440.04696109601270.05003841190050.283778926835-0.06812687773140.38433159934950.63288505354.2909474823311.7920911286
82.302743766021.81316019072.113610988263.27682857507-1.007606629775.79967056062-0.1053345702990.2631399381320.362706441274-0.5995047821970.201608288566-0.2829792524560.07571319601120.699230807712-0.1398775965720.1882967307050.05296015846540.1385727791610.272506007267-0.03271295975450.34946550021451.0146157008-3.12096812157-0.984046109318
92.659334961070.05151896386530.6117020968694.90549285844-2.22500299883.01444426619-0.2216583005210.430676702773-0.4193387938071.02427805363-0.11073709061-0.9288836715471.0263962270.3046516383070.06276659561650.6222421967710.06342055605780.02780007674470.288400252692-0.08058143306630.41874154694944.9826812998-12.9827532974-11.0179269528
102.692616630351.24177819507-1.013165439861.845456791860.3819218989221.231835095350.141831792795-0.0459159752810.1929718685150.180589940412-0.05845290068420.242227930348-0.323277150809-0.6524679071510.01822161465390.182753005146-0.01933977808930.005223770875970.3903296715310.1158857762030.4905800353029.5023951499117.58336418376.00209909008
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132.753904135861.186267567640.6515120991783.715828311812.205586504416.544711633560.50120685065-0.426832333806-0.5227991448970.31191449253-0.4513894613110.04666246297330.602346883613-0.8160334400150.06719182741010.2476198598880.004221963883290.1014254763960.3191231296490.05789775782340.3553294782411.444617198-0.62967207076310.2927817626
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157.886125030810.765816291699-0.7776450780373.665718501630.2741961585023.06185538075-0.350210511168-0.8136960810491.001928122950.2899335795060.09712462368750.0282174286615-0.1029875566520.1478004940480.2873773456080.3347147097170.09282684247780.06571726773630.478842306418-0.05889913041980.44093690192422.664698699728.053532659112.6725765226
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 226 through 242 )AA226 - 2421 - 17
22chain 'A' and (resid 243 through 263 )AA243 - 26318 - 31
33chain 'A' and (resid 264 through 317 )AA264 - 31732 - 85
44chain 'A' and (resid 318 through 375 )AA318 - 37586 - 145
55chain 'A' and (resid 376 through 411 )AA376 - 411146 - 181
66chain 'A' and (resid 412 through 441 )AA412 - 441182 - 211
77chain 'A' and (resid 442 through 456 )AA442 - 456212 - 226
88chain 'B' and (resid 686 through 694 )BC686 - 6941 - 9
99chain 'B' and (resid 695 through 705 )BC695 - 70510 - 20
1010chain 'C' and (resid 229 through 285 )CD229 - 2851 - 38
1111chain 'C' and (resid 286 through 330 )CD286 - 33039 - 83
1212chain 'C' and (resid 331 through 375 )CD331 - 37584 - 130
1313chain 'C' and (resid 376 through 413 )CD376 - 413131 - 168
1414chain 'C' and (resid 414 through 442 )CD414 - 442169 - 197
1515chain 'C' and (resid 443 through 458 )CD443 - 457198 - 212
1616chain 'D' and (resid 687 through 694 )DF687 - 6941 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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