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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bjv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ligand-binding domains of the heterodimer EcR/USP bound to the synthetic agonist BYI09181 | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / Nuclear Receptor / Ligand-Binding Domain / Ecdysone receptor / dibenzoylhydrazine | ||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear steroid receptor activity / sequence-specific DNA binding / zinc ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Browning, C. / McEwen, A.G. / Billas, I.M.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Nonsteroidal ecdysone receptor agonists use a water channel for binding to the ecdysone receptor complex EcR/USP. 著者: Browning, C. / McEwen, A.G. / Mori, K. / Yokoi, T. / Moras, D. / Nakagawa, Y. / Billas, I.M.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 588.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 489.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 29951.760 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand-Binding domain / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 30319.781 Da / 分子数: 3 / Mutation: W303Y, A316S, L456S, C483S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand-Binding domain / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 102分子 








#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, and 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7749 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→49.79 Å / Num. obs: 37522 / % possible obs: 95.86 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 60.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 27.48 |
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.159 Å / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 5.49 / Num. unique obs: 3604 / % possible all: 93.97 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1R20 解像度: 3.05→49.79 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 219.41 Å2 / Biso mean: 66.7194 Å2 / Biso min: 20.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.05→49.79 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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