+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7biz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a B12 binding lipoprotein from Bacteroides thetaiotaomicron | ||||||
![]() | Cell surface protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / B12 binding protein / lipoprotein | ||||||
機能・相同性 | Bacteroidetes PKD-like domain / PKD-like domain / CYANOCOBALAMIN / Cell surface protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Abellon-Ruiz, J. / van den Berg, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Gut Commensal Bacteroidetes Encode a Novel Class of Vitamin B 12 -Binding Proteins. 著者: Putnam, E.E. / Abellon-Ruiz, J. / Killinger, B.J. / Rosnow, J.J. / Wexler, A.G. / Folta-Stogniew, E. / Wright, A.T. / van den Berg, B. / Goodman, A.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 509.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 338.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 56154.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BSIG_2898, Btheta7330_04243, DW011_18555, EH213_03063, F9Z91_12155, GAG59_23440, GAN91_25070, GAO00_20505, GAO05_10290, GAO06_11895, GAO10_09605, GAO29_13430, GAO30_12715, GAO37_11355, ...遺伝子: BSIG_2898, Btheta7330_04243, DW011_18555, EH213_03063, F9Z91_12155, GAG59_23440, GAN91_25070, GAO00_20505, GAO05_10290, GAO06_11895, GAO10_09605, GAO29_13430, GAO30_12715, GAO37_11355, GAO39_13880, GAO40_04505, GAO43_13395, GAO49_11265, GAO54_08270, GAO55_10400, GAO58_08100, GAO60_13260 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 6種, 1417分子 ![](data/chem/img/CNC.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/15P.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/15P.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MES / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: Molecular dimensions. Morpheus condition B1 (0.1M Halogens (NaF, NaBr and NaI) 0.1M imidazole, 0.1 MES monohydrate acid pH6.5 and 30% precipitant mix 1 (40% v/v PEG500 MME, 20%W/V PEG 20000)) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96864 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→85.74 Å / Num. obs: 191916 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 20.85 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 0.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.58 Å / Num. unique obs: 19009 / CC1/2: 0.582 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: In-house structure 解像度: 1.53→85.7 Å / SU ML: 0.1749 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 20.3513 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→85.7 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|