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- PDB-7biz: Structure of a B12 binding lipoprotein from Bacteroides thetaiota... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7biz
タイトルStructure of a B12 binding lipoprotein from Bacteroides thetaiotaomicron
要素Cell surface protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / B12 binding protein / lipoprotein
機能・相同性Bacteroidetes PKD-like domain / PKD-like domain / CYANOCOBALAMIN / Cell surface protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Abellon-Ruiz, J. / van den Berg, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust214222/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Gut Commensal Bacteroidetes Encode a Novel Class of Vitamin B 12 -Binding Proteins.
著者: Putnam, E.E. / Abellon-Ruiz, J. / Killinger, B.J. / Rosnow, J.J. / Wexler, A.G. / Folta-Stogniew, E. / Wright, A.T. / van den Berg, B. / Goodman, A.L.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell surface protein
B: Cell surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,01314
ポリマ－112,3092
非ポリマー7,70412
水25,3111405
1
A: Cell surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6747
ポリマ－56,1551
非ポリマー4,5196
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cell surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3397
ポリマ－56,1551
非ポリマー3,1856
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.052, 128.052, 135.051
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cell surface protein / PKD domain protein / PKD-like domain protein


分子量: 56154.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BSIG_2898, Btheta7330_04243, DW011_18555, EH213_03063, F9Z91_12155, GAG59_23440, GAN91_25070, GAO00_20505, GAO05_10290, GAO06_11895, GAO10_09605, GAO29_13430, GAO30_12715, GAO37_11355, ...遺伝子: BSIG_2898, Btheta7330_04243, DW011_18555, EH213_03063, F9Z91_12155, GAG59_23440, GAN91_25070, GAO00_20505, GAO05_10290, GAO06_11895, GAO10_09605, GAO29_13430, GAO30_12715, GAO37_11355, GAO39_13880, GAO40_04505, GAO43_13395, GAO49_11265, GAO54_08270, GAO55_10400, GAO58_08100, GAO60_13260
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N7IAT3

-
非ポリマー , 6種, 1417分子

#2: 化合物 ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN


分子量: 1356.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H89CoN14O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Molecular dimensions. Morpheus condition B1 (0.1M Halogens (NaF, NaBr and NaI) 0.1M imidazole, 0.1 MES monohydrate acid pH6.5 and 30% precipitant mix 1 (40% v/v PEG500 MME, 20%W/V PEG 20000))

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96864 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→85.74 Å / Num. obs: 191916 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 20.85 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 0.9
反射 シェル解像度: 1.53→1.58 Å / Num. unique obs: 19009 / CC1/2: 0.582

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIXv1.18_3855精密化
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: In-house structure

解像度: 1.53→85.7 Å / SU ML: 0.1749 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 20.3513
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 9275 4.83 %
Rwork0.1649 355801 -
obs0.1662 191893 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→85.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7449 0 247 1405 9101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00897894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.515810786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.14781139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00631373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.65172791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.550.3226400.298511761X-RAY DIFFRACTION99.15
1.55-1.570.29796180.283611853X-RAY DIFFRACTION99.88
1.57-1.580.28445410.27411836X-RAY DIFFRACTION99.85
1.58-1.60.29226400.266311936X-RAY DIFFRACTION99.9
1.6-1.630.28045920.258311776X-RAY DIFFRACTION99.94
1.63-1.650.27546080.258711879X-RAY DIFFRACTION99.97
1.65-1.670.2755700.250611854X-RAY DIFFRACTION99.94
1.67-1.70.27635850.24811922X-RAY DIFFRACTION99.97
1.7-1.720.26765860.236511851X-RAY DIFFRACTION99.97
1.72-1.750.22866360.218311763X-RAY DIFFRACTION99.96
1.75-1.780.24896580.202811891X-RAY DIFFRACTION99.98
1.78-1.810.21336060.194511833X-RAY DIFFRACTION99.96
1.81-1.850.19365660.183211901X-RAY DIFFRACTION99.99
1.85-1.890.19435280.170711902X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.930.19326720.166411838X-RAY DIFFRACTION99.93
1.93-1.970.17315480.162411919X-RAY DIFFRACTION99.96
1.97-2.020.19355180.162211931X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.080.19236300.161611876X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.140.18225780.157611858X-RAY DIFFRACTION99.98
2.14-2.210.18865940.155711857X-RAY DIFFRACTION99.99
2.21-2.290.17765880.152811933X-RAY DIFFRACTION99.98
2.29-2.380.1845620.160211889X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.480.20956640.158411791X-RAY DIFFRACTION99.99
2.48-2.620.19915940.163111873X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.780.19016280.16511874X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.990.20876060.164111830X-RAY DIFFRACTION99.99
2.99-3.30.17955860.160811884X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.770.17916450.143911827X-RAY DIFFRACTION100
3.77-4.750.15086670.127311799X-RAY DIFFRACTION100
4.75-85.70.16556050.14911864X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.464094494253-0.0536362651404-0.2262192542810.193734882760.1572286130190.2383222989560.3264489038690.6552333043710.214276666395-0.361359116758-0.368152229328-0.354183441756-0.4098489025480.548709143213-0.2377644323310.3807429133670.03070881511120.1866511435130.7425461670220.1180638631130.429072763731-22.189066811720.3091056202-22.198391932
20.904501530033-0.1610357767370.2496876268970.890248935898-0.3175974095350.3323156458780.03836467416510.135612163317-0.0648599925561-0.173619935371-0.0869833400523-0.2068880172530.01603955152190.0717424882933-0.00242662176770.186399990293-0.04077074559510.04119711548850.2218006022670.01344805888520.216952550303-37.26013536529.5849194457-4.22144764227
30.8998183861220.2830670388580.08851549152790.567975889664-0.07412267842490.4492729760390.029947394278-0.1019249669850.09600914823020.0697165224535-0.05624764518320.0569705267924-0.0500225919765-0.05261420948282.42272561828E-50.163515177323-0.03207737795050.01237625141460.18362380478-0.03017085501490.142985153677-62.792002808641.30941638578.83156835651
40.417138647855-0.1805008671140.1071655597380.168762362086-0.2457674136760.396662828495-0.07023591141020.3408429502490.176616950305-0.270518138984-0.280997918290.696892449582-0.0955801479248-0.144573560046-0.4603918806930.2058028002990.0197695730423-0.2092607718310.329183242759-0.2334762605710.884737073547-95.70767769416.7521718628-0.667714000603
50.0317024169549-0.01270841755930.01663238425340.0556876435476-0.01674182849180.00896196399687-0.04958653832930.009277110033040.05427324735890.0327742723467-0.2720737176590.7125737485290.172845979085-0.270887311133-0.3249047864920.162124989349-0.1013557563420.01678047575020.437814646043-0.2879592052090.867484476894-96.475017569811.88451117526.37063127439
60.246458162739-0.0924670388167-0.0887852433860.3559556153670.1690775593820.0610546821328-0.0538900240166-0.0404998275748-0.09965846161440.14582426854-0.03004726533010.1550928213270.0351289144161-0.11635938350.0001352167139070.232925326031-0.05650295302440.02786780535220.2237973767410.01230713387320.215476539893-66.32771566234.6252378948312.388666891
70.2946957923320.0405800080312-0.09401532797390.9257926911580.3317347759610.272782145493-0.0131483460836-0.0414154834196-0.05925825524590.00954107950698-0.01933651811150.335434845302-0.0235541554285-0.0828626475803-0.001406265356720.201372596965-0.04891778040310.03230060806920.2604118101070.009148211978690.259906612554-75.975464267914.258084010611.8355641503
80.378861234650.131098083944-0.07450821857751.00943165851-0.01907365723420.5503868576860.0124626902373-0.060332221764-0.07236978423630.0615972358472-0.0326761701444-0.15762291890.03676733136860.0457038110807-2.591829187E-50.177836642205-0.03468548723430.002086592811060.1793228834140.02937060032930.215630459311-45.91824655790.5953428210318.07902231759
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 115 through 188 )AA115 - 1881 - 74
22chain 'A' and (resid 189 through 303 )AA189 - 30375 - 189
33chain 'A' and (resid 304 through 592 )AA304 - 592190 - 478
44chain 'B' and (resid 118 through 148 )BB118 - 1481 - 27
55chain 'B' and (resid 149 through 200 )BB149 - 20028 - 74
66chain 'B' and (resid 201 through 235 )BB201 - 23575 - 109
77chain 'B' and (resid 236 through 304 )BB236 - 304110 - 178
88chain 'B' and (resid 305 through 593 )BB305 - 593179 - 467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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