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- PDB-7bht: Crystal structure of MAT2a with quinazolinone fragment 5 bound in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bht
タイトルCrystal structure of MAT2a with quinazolinone fragment 5 bound in the allosteric site
要素S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
キーワードTRANSFERASE / allosteric inhibitor / fragment-based drug design / synthetic lethal therapy / oncology
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / Methylation / protein heterooligomerization / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / positive regulation of TORC1 signaling ...methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / Methylation / protein heterooligomerization / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Chem-TO8 / S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.052 Å
データ登録者Schimpl, M. / De Fusco, C. / Borjesson, U. / Cheung, T. / Collie, I. / Evans, L. / Narasimhan, P. / Stubbs, C. / Vazquez-Chantada, M. / Wagner, D.J. ...Schimpl, M. / De Fusco, C. / Borjesson, U. / Cheung, T. / Collie, I. / Evans, L. / Narasimhan, P. / Stubbs, C. / Vazquez-Chantada, M. / Wagner, D.J. / Grondine, M. / Tentarelli, S. / Underwood, E. / Argyrou, A. / Bagal, S. / Chiarparin, E. / Robb, G. / Scott, J.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Fragment-Based Design of a Potent MAT2a Inhibitor and in Vivo Evaluation in an MTAP Null Xenograft Model.
著者: De Fusco, C. / Schimpl, M. / Borjesson, U. / Cheung, T. / Collie, I. / Evans, L. / Narasimhan, P. / Stubbs, C. / Vazquez-Chantada, M. / Wagner, D.J. / Grondine, M. / Sanders, M.G. / ...著者: De Fusco, C. / Schimpl, M. / Borjesson, U. / Cheung, T. / Collie, I. / Evans, L. / Narasimhan, P. / Stubbs, C. / Vazquez-Chantada, M. / Wagner, D.J. / Grondine, M. / Sanders, M.G. / Tentarelli, S. / Underwood, E. / Argyrou, A. / Smith, J.M. / Lynch, J.T. / Chiarparin, E. / Robb, G. / Bagal, S.K. / Scott, J.S.
履歴
登録2021年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6725
ポリマ－43,9361
非ポリマー7364
水7,188399
1
A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,34310
ポリマ－87,8722
非ポリマー1,4718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area24280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.873, 93.926, 116.965
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-591-

HOH

21A-804-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II


分子量: 43935.828 Da / 分子数: 1 / 断片: full length protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 403分子

#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-TO8 / 7-chloranyl-4-(dimethylamino)-1~{H}-quinazolin-2-one


分子量: 223.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10ClN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 8-12 % PEG8000, 8-12 % ethylene glycol, 0.1 M HEPES pH 8.0; soaked with 0.01 M compound (10 % DMSO)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.89685 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89685 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→19.817 Å / Num. obs: 120837 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 7.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル

Num. unique obs: 6042 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.052-1.14214.41.506867050.7360.411.5611.872.3
3.265-19.81713.10.041791580.9990.0120.04250.7100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal model

解像度: 1.052→15.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU R Cruickshank DPI: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.034 / SU Rfree Blow DPI: 0.036 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.035
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 5942 4.92 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.157 120799 70.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 63.51 Å2 / Biso mean: 13.11 Å2 / Biso min: 6.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1831 Å20 Å20 Å2
2--0.3167 Å20 Å2
3----0.1336 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.12 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.052→15.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2941 0 47 399 3387
Biso mean--10.8 23.4 -
残基数----380
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1087SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes535HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3093HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion400SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4145SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3093HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4204HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.43
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.11 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1945 106 4.39 %
Rwork0.191 2310 -
all0.1911 2416 -
obs--9.33 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.979 Å / Origin y: 38.7598 Å / Origin z: 32.4956 Å
111213212223313233
T0 Å2-0.0046 Å2-0.0045 Å2-0.0014 Å2-0.0018 Å2---0.003 Å2
L0.1203 °2-0.062 °20.0216 °2-0.2331 °2-0.01 °2--0.1229 °2
S-0.0009 Å °0.0078 Å °-0.0215 Å °-0.0294 Å °0.0057 Å °0.0287 Å °0.0148 Å °-0.0139 Å °-0.0047 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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