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万見
- PDB-7bgh: Solution structure of the chloroplast outer envelope channel OEP21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bgh
タイトルSolution structure of the chloroplast outer envelope channel OEP21
要素Outer envelope pore protein 21, chloroplastic
キーワードMEMBRANE PROTEIN / anion channel beta-barrel triosephosphate ATP
機能・相同性etioplast membrane / Outer envelope pore protein 21 / : / voltage-gated monoatomic anion channel activity / porin activity / pore complex / regulation of monoatomic anion transport / Outer envelope pore protein 21, chloroplastic
機能・相同性情報
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hagn, F. / Haeusler, E.
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
組織認可番号国
Helmholtz AssociationVG-NG-1035 ドイツ
European Commission291763European Union
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of metabolite transport by the chloroplast outer envelope channel OEP21.
著者: Gunsel, U. / Klopfer, K. / Hausler, E. / Hitzenberger, M. / Bolter, B. / Sperl, L.E. / Zacharias, M. / Soll, J. / Hagn, F.
履歴
登録2021年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer envelope pore protein 21, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0991
ポリマ－22,0991
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, Homodimerization or higher oligomers
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Outer envelope pore protein 21, chloroplastic / Chloroplastic outer envelope pore protein of 21 kDa / gOEP21


分子量: 22098.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-terminal His-10 Tag with a two-amino-acid spacer (LE).
由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: OEP21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SM57

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic32D 1H-15N TROSY HSQC
121isotropic33D HNCA
131isotropic33D HN(CA)CB
141isotropic33D HNCO
1101isotropic33D HN(CA)CO
151isotropic33D HN(CO)CA
161isotropic33D 1H-15N NOESY
1133isotropic22D 1H-15N TROSY HSQC
1113isotropic22D 1H-13C HMQC
173isotropic23D 1H-15N NOESY
183isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
193isotropic33D 13C-13C NOESY aliphatic
1123isotropic33D 13C-15N NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
micelle10.4 mM [U-13C; U-15N; U-2H] OEP21, 300 mM [U-100% 2H] LDAO, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.5 mM EDTA, 95% H2O/5% D2O2H,13C,15N-labeled OEP21 in deuterated LDAO micellesDCN95% H2O/5% D2O
micelle30.4 mM [ U-15N; U-2H],ILVAFY OEP21, 300 mM [U-100% 2H] LDAO, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.5 mM EDTA, 95% H2O/5% D2O2H,15N-labeled OEP21 with stereospecific ILVA 1H,13C-methyl labeled amino acids: pro-S for Leu and Val, delta1 for Ile, beta for Ala, including 1H,15N-labeled aromatic amino acids Phe and Tyr in deuterated LDAO micellesILVAFY95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMOEP21[U-13C; U-15N; U-2H]1
300 mMLDAO[U-100% 2H]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
0.5 mMEDTAnatural abundance1
0.4 mMOEP21[ U-15N; U-2H],ILVAFY3
300 mMLDAO[U-100% 2H]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
5 mMDTTnatural abundance3
0.5 mMEDTAnatural abundance3
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: condition_1 / pH: 7.0 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9002
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
hmsISTWagner Lab, Harvard Medical School解析
NMRFAM-SPARKYUniv of Wisconsinchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYUniv of Wisconsinpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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