PDB-7beu: Human glutathione transferase M1-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7beu

タイトル

Human glutathione transferase M1-1

要素

Glutathione S-transferase Mu 1

キーワード

TRANSFERASE / Glutathione / Detoxification / Xenobiotics / Ligand binding

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / Glutathione conjugation / Paracetamol ADME / Azathioprine ADME / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Papageorgiou, A.C. / Poudel, N.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Ligandability Assessment of Human Glutathione Transferase M1-1 Using Pesticides as Chemical Probes.
著者: Bodourian, C.S. / Poudel, N. / Papageorgiou, A.C. / Antoniadi, M. / Georgakis, N.D. / Abe, H. / Labrou, N.E.

履歴

登録	2020年12月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7beu.ent.gz	322.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7beu_validation.pdf.gz	444.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7beu_full_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示
XML形式データ	7beu_validation.xml.gz	45.1 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7beu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7beu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1gtuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gtu-1 7beu-2 1gtu-2 1xwk-2 6gsu-d 1yj6-2 1xwk-1 1b4p-1 6gsy-d 4gtu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (11) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase Mu 1

B: Glutathione S-transferase Mu 1

C: Glutathione S-transferase Mu 1

D: Glutathione S-transferase Mu 1

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase Mu 1

D: Glutathione S-transferase Mu 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutathione S-transferase Mu 1

C: Glutathione S-transferase Mu 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.118, 211.188, 49.435
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.232, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase Mu 1 / GST HB subunit 4 / GST class-mu 1 / GSTM1-1 / GSTM1a-1a / GSTM1b-1b / GTH4 分子量: 25746.842 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTM1, GST1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09488, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.92 % / 解説: Rods
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: HEPES 0.1 M (pH: 7.2), PEG 6000 18% (w/v) and ammonium chloride 0.2 M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→52.8 Å / Num. obs: 112127 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.74 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.59→1.65 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8772 / CC_1/2: 0.78 / R_rim(I) all: 0.47 / % possible all: 73.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		data processing
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1gtu

1gtu

解像度: 1.59→52.8 Å / SU ML: 0.2188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.3944
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2258	5544	4.94 %
R_work	0.1877	106571	-
obs	0.1896	112115	93.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→52.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7248	0	7	1149	8404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	7456
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8569	10060
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0525	1043
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	1283
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.1228	964

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.61	0.3243	79	0.2978	1448	X-RAY DIFFRACTION	38.17
1.61-1.63	0.3092	188	0.2826	3285	X-RAY DIFFRACTION	87.02
1.63-1.65	0.2987	228	0.2549	3544	X-RAY DIFFRACTION	93.92
1.65-1.67	0.2927	183	0.2402	3698	X-RAY DIFFRACTION	98.08
1.67-1.69	0.274	185	0.2403	3768	X-RAY DIFFRACTION	98.19
1.69-1.71	0.2937	228	0.2328	3682	X-RAY DIFFRACTION	98.27
1.71-1.74	0.3	169	0.2255	3778	X-RAY DIFFRACTION	98.16
1.74-1.77	0.2376	174	0.2245	3742	X-RAY DIFFRACTION	97.88
1.77-1.79	0.2842	180	0.2126	3693	X-RAY DIFFRACTION	97.88
1.79-1.82	0.2658	228	0.2164	3754	X-RAY DIFFRACTION	98.35
1.82-1.85	0.2472	203	0.2084	3686	X-RAY DIFFRACTION	98.01
1.85-1.89	0.2514	178	0.203	3730	X-RAY DIFFRACTION	97.82
1.89-1.92	0.2701	217	0.208	3714	X-RAY DIFFRACTION	98.3
1.92-1.96	0.2871	188	0.2045	3747	X-RAY DIFFRACTION	98.18
1.96-2.01	0.2331	207	0.2016	3720	X-RAY DIFFRACTION	98.22
2.01-2.05	0.2345	191	0.2005	3708	X-RAY DIFFRACTION	97.84
2.05-2.1	0.2425	194	0.201	3696	X-RAY DIFFRACTION	97.06
2.1-2.16	0.2249	212	0.1919	3624	X-RAY DIFFRACTION	95.66
2.16-2.22	0.2311	204	0.1873	3602	X-RAY DIFFRACTION	95.2
2.22-2.3	0.225	184	0.1827	3558	X-RAY DIFFRACTION	94.47
2.3-2.38	0.2468	177	0.187	3676	X-RAY DIFFRACTION	95.82
2.38-2.47	0.2294	189	0.1843	3655	X-RAY DIFFRACTION	94.56
2.47-2.59	0.224	169	0.1862	3546	X-RAY DIFFRACTION	93.51
2.59-2.72	0.2332	177	0.1882	3562	X-RAY DIFFRACTION	93.64
2.72-2.89	0.2214	180	0.1889	3531	X-RAY DIFFRACTION	91.88
2.89-3.12	0.204	172	0.178	3495	X-RAY DIFFRACTION	92.34
3.12-3.43	0.1971	196	0.1805	3481	X-RAY DIFFRACTION	92.16
3.43-3.93	0.2024	175	0.1643	3495	X-RAY DIFFRACTION	91.57
3.93-4.94	0.1791	172	0.1591	3479	X-RAY DIFFRACTION	89.95
4.95-52.8	0.218	117	0.1813	3474	X-RAY DIFFRACTION	89.02

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.123443355738	0.00877184392332	-0.00256701505842	0.183515601889	0.0434407464607	0.0720024268175	0.172702714174	-0.0539635196652	-0.211789570755	-0.00843868197335	-0.053471062929	-0.249993854278	0.193000983578	0.122615753743	0.0055922397394	0.141311277756	0.00752669148512	-0.0299532517593	0.167950893005	0.0131930991579	0.179224901241	59.4925339471	129.481292637	15.0651539149
2	0.116253559396	-0.0899008899965	-0.157185130498	0.290345540441	-0.0869273308909	0.42773230999	0.153835765917	-0.344640354393	-0.0978348772465	0.159368709354	-0.00301638719791	-0.110241738362	0.323938854049	-0.28656648494	0.686643329886	0.218883137848	-0.0940292285106	-0.399763996502	0.353101179462	0.142744179839	-0.0570901607171	63.8083477297	135.2564266	32.5485977901
3	0.179552110551	0.0570587773042	0.0918506028947	0.41458113926	-0.27749061132	0.314704737894	-0.108003579579	0.0507683689174	0.0973025856906	-0.122786419149	-0.033025114805	-0.181544646753	-0.0370246766805	0.0819605134298	-0.0078551610987	0.114433087119	-0.01477904932	0.029867742919	0.150231404764	0.0138003321927	0.153740895491	59.6096284918	140.049526445	11.242988218
4	0.265065600574	0.330750007662	0.0559182961996	0.354045076636	0.0494901961306	0.0538103168849	-0.0563696941604	-0.0817333139728	0.103257126206	0.0637884979122	-0.101801601661	-0.00872764659448	-0.177264247427	0.13305545773	-0.00106329204525	0.181309695696	-0.0120446261228	-0.0121784519276	0.161154391262	0.00591072571978	0.155965767303	42.9528077352	140.313705388	15.3569825138
5	0.131288318592	0.141362307106	0.0443913590529	0.27479662347	-0.0773761959893	0.110043744315	0.0117840764436	-0.249958904156	0.0757877799673	0.19882342883	-0.0501864103718	0.228225317315	-0.228269042693	-0.191339360187	-0.00984845209108	0.218882666537	-0.0117716359686	0.0433601835379	0.276263085746	0.0010441916369	0.180083856074	34.4012421333	134.992780615	25.3975988035
6	0.355853505018	0.044279970494	0.15151065023	0.459924788878	0.292930016468	0.222045744014	0.02136031456	-0.085338902465	0.00323599066635	-0.0282698642015	-0.0504696658557	0.111448147282	0.0998098182955	-0.0538985987582	-0.00083640323584	0.136943655313	-0.023184350154	-0.016310926535	0.124126915692	-0.00979131408155	0.128689354574	39.2703906273	128.125600422	11.7710615265
7	0.44803367667	0.169973484285	-0.0892480715398	0.0717255320915	-0.11503649015	0.297424640541	0.032487166279	-0.167100355822	-0.27017447549	0.175341867687	-0.0648441218456	-0.0343905026894	0.247325011591	-0.00716622302691	-0.119621410501	0.196594016928	-0.0163815960735	-0.049005732907	0.201295239734	0.0551934490718	0.169343095503	51.7060956842	123.654081871	20.7788870193
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29	0.74047843886	0.0527680139579	-0.131886894738	0.412532193673	-0.321153556911	0.348216278627	-0.137918393361	-0.0395472232321	0.272870529069	0.14978549048	0.106722656933	-0.202994782171	-0.225505902233	-0.0514451543641	0.0180385662968	0.192827373085	0.0021556061777	-0.00215312329237	0.118715232139	-0.0426660221141	0.269591159411	55.787494442	163.667830723	19.5693303148
30	0.480809460647	0.084008551828	0.359502205718	0.0410901359487	0.104105934609	0.30893359838	-0.363713979713	-0.246103936927	0.222545082995	0.314568547657	0.0211552921084	0.0331056881255	-0.101669628688	-0.129097491252	-0.330261793738	0.342932603557	0.0851950893248	0.0874589057429	0.251936493644	-0.0088743354334	0.26858060253	42.0337054049	166.556984346	19.8270625319

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 89 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 90 through 115 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 116 through 141 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 142 through 189 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 190 through 217 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 22 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 23 through 48 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 49 through 89 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 90 through 114 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 115 through 141 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 142 through 153 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 154 through 189 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 190 through 217 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 0 through 32 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 33 through 46 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 47 through 89 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 90 through 114 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 115 through 141 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 142 through 189 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 190 through 217 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 0 through 32 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 33 through 48 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 49 through 89 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 90 through 115 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 116 through 141 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 142 through 153 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 154 through 189 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 190 through 217 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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